Recherche de gènes orthologues

[Arabido]

Bonjour à tous !


J'aurais besoin de petis renseignements de personnes plus compétentes que moi.

J'aurais aimé savoir comment peut-on rechercher un gène d'une espèce séqucné chez une autre espèce séquencé afin d'éventuellement trouvé un gène orthologue.

Si quelqu'un a la possibilité de m'expliquer la procédure car je suis pas du tout biologiste moléculaire.


Merci d'avance.

[Annaick_R]

Bonjour,

il faut faire une comparaison de séquence entre ton gène séquencé et le génome de l'autre espèce.

En général, on utilise le logiciel BLAST (www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/ ou http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/blast/).

En pratique, tu copies-colles la séquence de ton gène dans la case prévue à cet effet puis tu choisis la base de données de séquences (tout, seulement l'homme, seulement les plantes, etc...) avec laquelle tu veux comparer ta séquence et tu valides.
On obtient une liste d'identifiant de séquence classés par degré de proximité avec la séquence initiale. Quand tu cliques dessus, tu as accès à l'alignement des 2 séquences ce qui de te permet de valider ou non s'il s'agit de gènes orthologues ou pas.

Bon courage

Annaïck.

[Arabido]

Merci beaucoup, c'est très gentil d'avoir répondu.

Bonne journée

[Arabido]

J'ai une autre question qui me veint à l'instant.

Si je veux connaître le pourcentage d'homologie et d'identité entre deux séquences, commment je peux le faire ?


Je sais ca fait un peu boulet pour vous biologiste moléculaire mais moi je patoge un peu dans ce nouveau monde.


Merci d'avance