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Bonjour,
Je souhaiterais savoir comment isoler et étudier des bactéries non cultivables d'un échantillon de sol. J'ai entendu parler de l'hybridation in situ en fluorescence mais cela nécessite une connaissance préalable de la bactérie recherchée. Ce que je voudrais c'est obtenir une bonne méthodologie pour étudier l'ensemble des bactéries non cultivable d'un échantillon de sol. Merci.
Salut,
[QUOTE=Bertrand;1681582]Bonjour,
Je souhaiterais savoir comment isoler et étudier des bactéries non cultivables d'un échantillon de sol. J'ai entendu parler de l'hybridation in situ en fluorescence mais cela nécessite une connaissance préalable de la bactérie recherchée. Ce que je voudrais c'est obtenir une bonne méthodologie[B] pour étudier [/B]l'ensemble des bactéries non cultivable d'un échantillon de sol. Merci.[/QUOTE]
Quel genre d'etudes? De cette reponse va dependre les methodes que tu peux utiliser ou pas.
A+
Salut,
pour étudier [U][B]l'ensemble[/B][/U] tu as toutes les techniques de PCR utilisées pour la phylogénie : ARDRA, amplification-séquençage de gènes conservés (16s), etc...
Cela te permettra de différencier les espèces en présence.
Quand à l'hybridation, elle va te permettre de visualiser une "absence-présence" de ta cible au sein de tes populations. Cela s'appelle de la métagenomique, il y a moyen de trouver de nombreux papiers là dessus.
Bonne recherche!
Tcho!
[QUOTE=rouskaou;1681807]Salut,
pour étudier [U][B]l'ensemble[/B][/U] tu as toutes les techniques de PCR utilisées pour la phylogénie : ARDRA, amplification-séquençage de gènes conservés (16s), etc...
Cela te permettra de différencier les espèces en présence.
Quand à l'hybridation, elle va te permettre de visualiser une "absence-présence" de ta cible au sein de tes populations. Cela s'appelle de la métagenomique, il y a moyen de trouver de nombreux papiers là dessus.
Bonne recherche!
Tcho![/QUOTE]
La métagénomique c'est du séquencage en masse et aléatoirement d'ADN provenant d'échantillions naturels.
[url]http://www.futura-sciences.com/fr/comprendre/glossaire/definition/t/medecine-2/d/metagenome_5153/[/url]
L'hybridation in situ genre FISH c'est autre chose, c'est pas de la métagénomique car on cible une fraction de la diversité microbienne avec une sonde plus ou moins spécifique. ;-)
A+
J
salut
désolé mais tu ne pourras jamais isoler des bactéries non cultivables. Je dirais presque "par definition". La seule chose estefectivement des approches de métagénomique et encore ca ne te donnera qu'un petit appercu de ce qu'il y a dans ton sol.
Il ne faut pas perdre de vue que plus que des bactéries ce sont les champignons (pas de Paris) qui sont tres abondants dans les sols.
Yoyo
[QUOTE=Yoyo;1682404]
Il ne faut pas perdre de vue que plus que des bactéries ce sont les champignons (pas de Paris) qui sont tres abondants dans les sols.
Yoyo[/QUOTE]
Sans oublier la quantité délirante d'Archées... lesquelles ne sont pas des Bactéries ;)
Cordialement,
Les virus sont encore bien plus nombreux et plus divers que vos champi et que vos archea :S:
A+
J
Bonjour Gorben,
En un premier temps je souhaite connaître quelles sont les espèces présentent dans dans la rhysospère. J'ai déjà identifié certaines espèces cultivables sur base de leur profil ITS et de leur gène 16S. L'approche qui me semble la plus simple est de réaliser une amplification ITS sur l'ADN total de la rhyzosphère et de voir si je retrouve des profils ITS différents de ceux que j'ai déjà identifié. Ensuite je clonerai ses séquences non encore observée afin de pouvoir les amplifier par PCR puis de les séquencer et les anaylser par Blast.
Effectivement, l'ARDRA me semble une bonne approche. Merci John78.
bonjour tlm
les 1er analyses de métagénome réalisés par PCR , en consisté à explorer la diversité des séquences ADN r extrait des communauté microbienne
les méthodes sont :
- prélèvement des échantillons
- l'extraction de l'ADN totale
-amplification des génes ADNr16S ou des gènes spécifiques
-clonage des gènes amplifiés dans le plasmides
-transformation des cellules compétentes par des plasmides recombinés
-étalement en surface sur un milieu solide sur boite contenant l'ATB de sélection
-purification des clonnes
-extraction des plasmides a partir des bacteries transformées
-amplification des gènes par PCR
-séquençage
-traitement les séquences par bio-informatique (BLAST)
lamine
Hi!
Juste une petite precision pour le post de lamine-bio, il n'y a pas vraiment besoin d'extraire les plasmides, tu peux faire une PCR directement sur les clones, c'est ce que je fais au quotidien.
Et pour Yoyo, il me semble qu'on peut isoler les bacteries non cultivables par [URL="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8250557"]FACS[/URL], non?
De plus, si certaines bacteries n'ont pas ete isolees en labo ca ne veut pas forcement dire qu'elles sont vraiment incultivables. Elles peuvent former des microcolonies que l'on ne detecte pas si on ne les vise pas [URL="http://aem.asm.org/cgi/content/full/75/10/3352"]expres[/URL]. Ou alors on n'utilise pas les bonnes [URL="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12460273"]conditions de culture[/URL]. Certaines bacteries peuvent neanmoins necessiter la presence d'autres membres de leur microbiome pour proliferer, pour les signaux du quorum sensing, par exemple. Mais on peut essayer de les cultiver en [URL="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12004133"]chambre de diffusion[/URL]. Et meme ensuite trouver precisement ce de quoi elles [URL="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18515474"]ont besoin[/URL].
Voila