Questions sur la diversité des virus sur Terre

[invite6e0b26aa]

Bonjour,

Je me pose pas mal de questions en ce moment sur les virus, et j'ai besoin de réponses, donc je me suis dit qu'il n'y avait rien de tel qu'un forum de passionés!!

1)un virus est il forcément pathogène? ou bien peut on imaginer qu'il existe sur Terre des virus dont l'intrusion dans notre corps n'aurait pas de conséquence grave, si ce n'est des symptômes issus de réactions immunitaires?

2)combien existe t il de virus connus sur Terre?combien de régions dans le monde n'ont pas été encore été explorées, à la recherche de virus (comme les abysses, etc.)?
et d'ailleurs, comment repère t on l'existence d'un virus: faut il nécessairement qu'il y ait syndrome chez l'espèce infectée??et,tant qu'on y est, y a t il des virus propres aux plantes, voire aux champignons??

3)en tenant compte de ce qui vient d'être dit, en considérant un virus imaginaire simple, à ARN, composés de pas plus d'une dizaine de protéines différentes, quelle serait la probabilité (à peu près) pour qu'un tel virus existe?


mes questions sont, je le sais, un peu
mais ça me tracasse alors si vous pouviez me tirer de ma solitude dans cette réflexion svp...merci...
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[aquilegia]

Non, tous les virus ne sont pas pathogènes. On trimbale dans notre génôme une belle quantité de bouts d'ADN qui ne sont que des reliques de virus. Techniquement ce ne sont plus des virus, mais des transposons. Cela dit, on peu dire que ces virus ont trouvé un moyen de reproduction n'entraînant aucune réaction pathogène de l'hôte.

[John78]

1)un virus est il forcément pathogène? ou bien peut on imaginer qu'il existe sur Terre des virus dont l'intrusion dans notre corps n'aurait pas de conséquence grave, si ce n'est des symptômes issus de réactions immunitaires?

En fait tout les virus se dévelloppe aux détriments de leurs hôtes, mais sans forcément engendrer des nuisances, voire tuer leurs hôtes. Le meilleure exemple c'est les phages (virus de bactéries) qui sont lysogène et qui persiste sur leur hôte sans les tuer en intégrant leur génome dans le génome hôte et en y restant sous cette forme sauf stress ou condition particulière.

2)combien existe t il de virus connus sur Terre?combien de régions dans le monde n'ont pas été encore été explorées, à la recherche de virus (comme les abysses, etc.)?

Si tu prends un échantillions d'eau de mer, numériquement il y a environs 10 fois plus de particule virale que de cellules (bactérie, petits eucaryotes). La quasi totalité de cette diversité virale est complètement inconnue, et seul une toutes partie des biotopes terrestres ont été étudiés pour les virus, et souvent tres tres partiellement. Dis plus vite on ne connait presque rien de la diversité des virus.

et d'ailleurs, comment repère t on l'existence d'un virus: faut il nécessairement qu'il y ait syndrome chez l'espèce infectée??et,tant qu'on y est, y a t il des virus propres aux plantes, voire aux champignons??

A ma connaissance tout les organismes vivant sur terre sont infecté par des virus. Mais la plupart sont inconnus. Il n'existe pas de technique standard pour détecter un virus, c'est une des grandes limitations techniques pour les détecter et ce qui explique en partie leurs grandes méconaissances.

3)en tenant compte de ce qui vient d'être dit, en considérant un virus imaginaire simple, à ARN, composés de pas plus d'une dizaine de protéines différentes, quelle serait la probabilité (à peu près) pour qu'un tel virus existe?

Théoriquement un génome de virus a minima c'est un gene codant pour une capside et une origine de réplication de son génome. Le reste, on peut tout imaginer

A+
J

[MaliciaR]

Johnny, c'est vrai qu'on a découvert un virus de Mimi-cracra, pardon, Mimivirus?

Sinon, pour une cellule bactérienne dans le sol il y a 10 particules phagiques (à comprendre, 10 phages infectant spécifiquement l'espèce bactérienne en question). Ca fait un paquet


Cordialement,

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite6e0b26aa]

Merci beaucoup pour toutes ces précisions.Mais une réponse amenant forcément une question:

1)"On trimbale dans notre génôme une belle quantité de bouts d'ADN qui ne sont que des reliques de virus"

Comment ce fait il que cela n'engendre aucune réponse immunitaire?Et, dans ce cas, quel est le signal indiquant au corps qu'il doit se défendre, si ce n'est pas la présence seule du corps étranger?


2)"Le meilleure exemple c'est les phages (virus de bactéries) qui sont lysogène et qui persiste sur leur hôte sans les tuer en intégrant leur génome dans le génome hôte et en y restant sous cette forme sauf stress ou condition particulière."

Cela ne modifie pas la séquence nucléotidique de l'hôte?Il me semblait pourtant que le VIH faisait ainsi, en intégrant son génome dans celui des LT4 hôtes,ce qui entraîne une rupture de la séquence de l'ADN empêchant la cellule infectée de synthétiser la (ou les) protéines censée être fabriquées...D'ailleurs en parlant de VIH,pourquoi dans ce cas précis le système immunitaire réagit il ICI à sa présence et pas à celle d'autres virus, si l'intégration de son génome dans les cellules cibles n'a aucun effet nuisible à l'organisme?

3)"Théoriquement un génome de virus a minima c'est un gene codant pour une capside et une origine de réplication de son génome. Le reste, on peut tout imaginer "

Donc, fais moi plaisir: dis-moi que la probabilité d'existence d'un virus quelconque (et composé de protéines qui ne se "contredisent" pas) est de 100% ou très proche!!

[Squalor]

Johnny, c'est vrai qu'on a découvert un virus de Mimi-cracra, pardon, Mimivirus?

salut!

En effet, mimivirus existe ! et voici une petite explication du pourquoi et du comment (trouvable au milieu de bien d'autres! )
http://www.automatesintelligents.com...mimivirus.html

un monstre de 400 nm, plus grand que certaines bactéries et génétiquement "amusant" !

bien des choses,

cordialement,

Greg

[MaliciaR]

Hello, Squalor,

Merci pour la référence, mais ma question était très différente Je connais Mimivirus Mais je demandais s'il est vrai qu'on aurait trouvé un virus de Mimivirus


Cordialement,

[invite217f3aaa]

1)"On trimbale dans notre génôme une belle quantité de bouts d'ADN qui ne sont que des reliques de virus"

Comment ce fait il que cela n'engendre aucune réponse immunitaire?Et, dans ce cas, quel est le signal indiquant au corps qu'il doit se défendre, si ce n'est pas la présence seule du corps étranger?

Pour comprendre il faut considérer les être vivant au regard de leur histoire évolutive. Si l'infection de cellules s'est soldée par un avantage ou un non désavantage ou encore une impossibilité de se débarasser du virus alors il reste dans les cellules. Donc le virus apporte une structure supplémentaire à l'hôte. Après le bricolage de l'évolution pourra, ou pas, s'en servir.
Par exemple le gène rag qui code pour une enzyme nécessaire à la fabrication des anticorps est une séquence d'origine virale (intégrée il y aurait 400 millions d'années )! Une grande part de notre génome est d'origine virale.

Enfin il y a toujours de "vrais" virus dans nos cellules mais qui ne cause pas de désavantage( j'ai oublié les noms de ces virus...) et je ne parle pas des virus dormant type Herpès .
Par exemple les singes verts vivent maintenant infectés par le SIV sans que celui ci cause un SIDA.

[Squalor]

oups, pardon !

il me semblait étrange (il est vrai) que tu ne connaisses pas cette bestiole!

Néenmoins, je n'ai rien trouvé sur ces "virus de mimivirus" ou même sur un potentiel nuisible à ce virus... mais en posant cette question, tu subordonnes que les virus sont vivant, mais on ne va pas repartir sur ce bon vieux débat !

autant pour moi et bonne journée,

Greg

[John78]

Comment ce fait il que cela n'engendre aucune réponse immunitaire?Et, dans ce cas, quel est le signal indiquant au corps qu'il doit se défendre, si ce n'est pas la présence seule du corps étranger?

Ces virus ne sortent pas des cellules, ils accomplissent leur cycles a l'interieur des cellules, sans démarrer le processus infectieux. La plupart de ces virus endogène n'ont pas de capside fonctionelle. Donc ls système immunitaire ne peut pas se mettre en marche car il n'y a pas de reconnaissance du non-sois.

Cela ne modifie pas la séquence nucléotidique de l'hôte?Il me semblait pourtant que le VIH faisait ainsi, en intégrant son génome dans celui des LT4 hôtes,ce qui entraîne une rupture de la séquence de l'ADN empêchant la cellule infectée de synthétiser la (ou les) protéines censée être fabriquées...D'ailleurs en parlant de VIH,pourquoi dans ce cas précis le système immunitaire réagit il ICI à sa présence et pas à celle d'autres virus, si l'intégration de son génome dans les cellules cibles n'a aucun effet nuisible à l'organisme?

A ma connaissance l'intégration du VIH n'induit pas de modification du génome hôte sauf cas particulier d'intégration dans une séquence codante ou régulatrice. J'ai récemment vu une conf qui montrait qu'il y avait une insertion préférentielle du VIH dans les séquences intergénique, a vérifier je n'en suis plus tres sur, j'ai peut etre mal compris....

Donc, fais moi plaisir: dis-moi que la probabilité d'existence d'un virus quelconque (et composé de protéines qui ne se "contredisent" pas) est de 100% ou très proche!!

Théoriquement on peut trouver tout et n'importe quoi dans un génome viral, surtout les plus gros a génome ADN qui trimballe un bon paquet de gènes. C'est plus difficile pour les génomes ARN qui sont contraint par le taux de mutabilité important de l'ARN et ont en général des petits génomes tres compact codant pour une poignée de gènes (40-50 gènes maxi).

Mais je demandais s'il est vrai qu'on aurait trouvé un virus de Mimivirus

T'a les oreilles qui trainent au bon endroit on dirait
Mais comme c'est pas publié... Et en plus ca a l'air un petit plus compliqué que ça...

A+
J

[MaliciaR]

Pour comprendre il faut considérer les être vivant au regard de leur histoire évolutive. Si l'infection de cellules s'est soldée par un avantage ou un non désavantage ou encore une impossibilité de se débarasser du virus alors il reste dans les cellules. Donc le virus apporte une structure supplémentaire à l'hôte. Après le bricolage de l'évolution pourra, ou pas, s'en servir.

Plus ou moins, oui En fait, au niveau des phages, par exemple, tu n'as pas cette notion d'avantage/désavantage si clairement posée. Tu as des séquences spécifiques de reconnaissance virale au sein du génome de coli par exemple, c'est là où lambda va s'insérer en tant que phage lysogène. Il y a d'autres cas où on n'a trouvé d'insertion phagique que parce que le %GC était différent de celui du génome hôte, mais rien d'autre...
Disons que les mécanismes sont plus connus que les explications du pourquoi c'est ainsi et pas autrement

Par exemple le gène rag qui code pour une enzyme nécessaire à la fabrication des anticorps est une séquence d'origine virale (intégrée il y aurait 400 millions d'années )! Une grande part de notre génome est d'origine virale.

Oui, tu en as un autre aussi, présent chez tous les Mammifères à mâchoires : ce serait grâce à lui qu'on a des mâchoires

On appelle ces virus endogènes, très célèbres sont les HERV (Human Endogenous RetroVirus).

Enfin il y a toujours de "vrais" virus dans nos cellules mais qui ne cause pas de désavantage( j'ai oublié les noms de ces virus...) et je ne parle pas des virus dormant type Herpès .
Par exemple les singes verts vivent maintenant infectés par le SIV sans que celui ci cause un SIDA.

Tu veux parler des HERV?

Il y a quand même une pitite différence entre les deux virus que tu cites en exemple
Herpes simplex est un virus produisant des particules virales à ses moments d'éveil : il suscite une infection chronique, càd qu'il y a une dormance avant la première production de virions et n'est pas éliminé par la cellule hôte. On peut dire que ce virus est très bien adapté à son hôte : il ne le tue pas, a développé un tas de leurres pour y rester tranquillou. En ce qui concerne les SIV, les singes verts sont leurs hôtes naturels chez qui il n'y a pas d'infection. Il y a des choses qui se produisent par ailleurs, ceci dit, c'est intéressant : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1...ubmed_RVDocSum

Ces virus ne sortent pas des cellules, ils accomplissent leur cycles a l'interieur des cellules, sans démarrer le processus infectieux. La plupart de ces virus endogène n'ont pas de capside fonctionelle. Donc ls système immunitaire ne peut pas se mettre en marche car il n'y a pas de reconnaissance du non-sois.

+1
Gun Fly, pense aux trucs qui alertent le système immunitaire (protéine/peptide). Ok, d'accord, il y a des senseurs d'ADN double-brin étranger se promenant aussi, mais là on rentre trop dans les détails...

T'a les oreilles qui trainent au bon endroit on dirait
Mais comme c'est pas publié... Et en plus ca a l'air un petit plus compliqué que ça...

A+
J

Cordialement,

[invite6e0b26aa]

A ma connaissance l'intégration du VIH n'induit pas de modification du génome hôte sauf cas particulier d'intégration dans une séquence codante ou régulatrice. J'ai récemment vu une conf qui montrait qu'il y avait une insertion préférentielle du VIH dans les séquences intergénique, a vérifier je n'en suis plus tres sur, j'ai peut etre mal compris....

Pourtant, les rétrovirus intègrent leur génome dans la séquence ADN de l'hôte...donc nécessairement ils modifient le génome de l'hôte?comment se fait il que des virus ayant infecté une cellule du corps humain ne modifient pas le génome de ce dernier, puisque c'est ainsi qu'ils se reproduisent (du moins ne le modifient ils que temporairement, à la limite...)?

A propos du VIH, il y a un très bon schéma décrivant son cycle de réplication sur l'article VIH de notre ami wikipédia.

Et je me demande aussi pourquoi c'est plus difficile pour une molécule d'ADN de muter que pour une molécule d'ARN? Je suppose que c'est grâce au double brin, oui mais encore?
Ah et puis une toute dernière question:moi qui sort d'une Terminale S,on nous apprend que les mutations génétiques sont des phénomènes aléatoires; pourtant,il existe plein de types de mutation il me semble (mutation spontanée, intégration d'une séquence virale dans le génome humain, en plus une mutation peut se produire sur ARN ou ADN,etc.) et chaque type de mutation a des chances différentes de se produire.Donc comment un phénomène aléatoire peut il avoir des probabilités différentes de se produire selon ce qui est considéré?Peut être y a t il déjà eu des études sur le sujet, avec des physiciens qui ont tenté de trouver une relation entre les aspects d'une mutation, le gène sur lequel elle s'est produite et les conditions dans lesquelles elle s'est réalisée...Si oui, quelles étaient elles?

Merci pour votre attention! Et je ne connaissait pas Mimivirus, je viens d'apprendre quelque chose (ça me semblerait logique que les virus soient à l'origine de la vie, la cellule étant elle même un assemblage protéique; après, je ne suis pas non plus spécialiste , mais qu'en pensez-vous?).

[MaliciaR]

Salut,

Pourtant, les rétrovirus intègrent leur génome dans la séquence ADN de l'hôte...donc nécessairement ils modifient le génome de l'hôte?comment se fait il que des virus ayant infecté une cellule du corps humain ne modifient pas le génome de ce dernier, puisque c'est ainsi qu'ils se reproduisent (du moins ne le modifient ils que temporairement, à la limite...)?

John voulait parler d'une modification fonctionnelle, me semble-t-il
Càd que modification de la séquence génomique globale sensu stricto adviendra, mais pas forcément une modification au niveau de l'expression (taux d'expression, moment, que sais-je encore).

Et je me demande aussi pourquoi c'est plus difficile pour une molécule d'ADN de muter que pour une molécule d'ARN? Je suppose que c'est grâce au double brin, oui mais encore?

Comment ça, plus difficile?
Si l'on suppose que tu as mutation au moment de la réplication, il est clair que l'ADN aura un taux de mutation moindre que l'ARN : les ARN-polymérases ARN-dépendantes sont les seules (pour l'instant) connues à ne pas avoir d'activité proof-reading. Ceci expliquant cela...

Ah et puis une toute dernière question:moi qui sort d'une Terminale S,on nous apprend que les mutations génétiques sont des phénomènes aléatoires; pourtant,il existe plein de types de mutation il me semble (mutation spontanée, intégration d'une séquence virale dans le génome humain, en plus une mutation peut se produire sur ARN ou ADN,etc.) et chaque type de mutation a des chances différentes de se produire.Donc comment un phénomène aléatoire peut il avoir des probabilités différentes de se produire selon ce qui est considéré?Peut être y a t il déjà eu des études sur le sujet, avec des physiciens qui ont tenté de trouver une relation entre les aspects d'une mutation, le gène sur lequel elle s'est produite et les conditions dans lesquelles elle s'est réalisée...Si oui, quelles étaient elles?

Veux-tu clarifier un peu ton propos? J'ai l'impression que tu fais des amalgames

(ça me semblerait logique que les virus soient à l'origine de la vie, la cellule étant elle même un assemblage protéique; après, je ne suis pas non plus spécialiste , mais qu'en pensez-vous?).

Qu'est-ce que "logique" pour toi? Perso, je ne me lance plus dans le débat "qui est à l'origine de la vie?" et "est-ce que les virus sont vivants ou non?"...


Cordialement,

[invite6e0b26aa]

+1
Gun Fly, pense aux trucs qui alertent le système immunitaire (protéine/peptide). Ok, d'accord, il y a des senseurs d'ADN double-brin étranger se promenant aussi, mais là on rentre trop dans les détails...

Non non, pour moi on ne rentre jamais trop dans les détails!! donc si je comprends bien une (grande?) majorité des virus qui nous infectent se logent directement à l'intérieur de nos cellules et c'est pour cela qu'on ne les remarque pas...intéressant, car d'autres virus fusionnent aussi avec leur cellule hôte et pourtant déclenchent des réactions immunitaires, non?le VIH, justement, encore lui, fusionne sa membrane avec celle des lymphocytes ciblés.alors qu'à l'inverse, tu me dis qu'il y a de l'ADN étranger qui se ballade sans visa ni autorisation dans notre sang sans que nos globules blancs ne s'en mêlent...
Késako?

[invite6e0b26aa]

Càd que modification de la séquence génomique globale sensu stricto adviendra, mais pas forcément une modification au niveau de l'expression (taux d'expression, moment, que sais-je encore).

Si la séquence de l'ADN est modifiée par le génome du virus, l'ARN polymérase ADN dépendant ne synthétisera plus l'ARNm correspondant au génome de l'hôte, mais un ARNm modifié, et donc à l'issue du processus de synthèse protéique la protéine formée sera soit différente, soit inexistante, ce qui peut avoir de graves conséquences sur le corps de l'organisme hôte: c'est comme ça que je vois les choses.Donc je ne comprend pas forcément en quoi ce que tu me dis peut être logique: j'ai sûrement une erreur de raisonnement, mais où?


Comment ça, plus difficile?

Je voulais dire moins probable.

Si l'on suppose que tu as mutation au moment de la réplication, il est clair que l'ADN aura un taux de mutation moindre que l'ARN : les ARN-polymérases ARN-dépendantes sont les seules (pour l'instant) connues à ne pas avoir d'activité proof-reading. Ceci expliquant cela...

Voilà la réponse à ma question! merci.


Veux-tu clarifier un peu ton propos? J'ai l'impression que tu fais des amalgames

En une phrase: quelles sont les origines des mutations?


Qu'est-ce que "logique" pour toi? Perso, je ne me lance plus dans le débat "qui est à l'origine de la vie?" et "est-ce que les virus sont vivants ou non?"...

Bon, si ce débat vous semble trop récurrent, et surtout trop flou, alors je n'entrerai pas dedans.Mais quand même [mode je-me-mêle-de-tout ON]je pensais simplement que les cellules étant finalement des emballages de protéines ayant toutes un lien entre elles, et capables ainsi de "fonctionner" seules, forcément il y eu un emballage de protéines incapables de fonctionner seules à l'origine de la cellule, jusqu'à ce qu'une autre protéine vienne s'ajouter à cet ensemble complexe pour former une cellule[mode je-me-mêle-de-tout OFF].Mais je clos ce débat ici et maintenant, d'autant que mon avis n'a rien de rigoureux ni de scientifique et ne s'appuie que sur des connaissances primaires pour ne pas dire basiques!!!

Merci à tous en tous cas pour ces explications!

[MaliciaR]

donc si je comprends bien une (grande?) majorité des virus qui nous infectent se logent directement à l'intérieur de nos cellules et c'est pour cela qu'on ne les remarque pas...

A ton avis, comment est-ce qu'un virus peut se répliquer si ce n'est au sein d'une cellule? Certains virus entrent par fusion avec la membrane cellulaire, d'autres - sans fusion, mais ils entrent. La machinerie dont ils ont besoin ne se promène pas comme ça, dans le sang ou je ne sais où

alors qu'à l'inverse, tu me dis qu'il y a de l'ADN étranger qui se ballade sans visa ni autorisation dans notre sang sans que nos globules blancs ne s'en mêlent...
Késako?

Je n'ai jamais dit ça... Il y a des senseurs dans la cellules qui détectent l'ADN double-brin, pas dans le sang.


Sinon, je n'ai rien compris à ton dernier post, tu as mis des quotes partout... A ta place, je prendrais le temps de réfléchir à une vision synthétisée globale des choses : tes questions ici montrent bien que tu n'as pas cette vision justement, ce qui ne rend que très difficile ta compréhension. Ce n'est aucunement un reproche, entendons-nous bien, juste un conseil pour que tu puisses mieux comprendre des choses complexes avec tes connaissances actuelles , tentative très louable de ta part.


Cordialement,

[invite6e0b26aa]

C'est dommage, mon dernier post était pourtant le plus compréhensible...autant je m'étais embrouillé avant mais pas dans celui là...le véritable problème c'est que je n'ai fait qu'une seule citation et que j'ai écrit dedans (c'est moi qui ait écrit ce qui est souligné), donc peut être qu'on ne s'y retrouve plus maintenant...je vais tout d'abord éditer mon précédent message, pour voir si c'est à cause de ça que ça n'était pas clair.

à propos des virus qui infectent les cellules en entrant dedans, j'entends bien que les virus ne balancent pas à tout hasard leur matériel génétique dans le sang (ce que je disait sur l'ADN qui se balade dans le sang était d'ailleurs ironique c'était pour montrer que je n'avais pas compris ce qui avait été dit plus haut). Mais je pensais que les virus procédaient TOUS par fusion des membranes avec les cellules cibles, ce qui laisse (il me semble) des traces sur la membrane de la cellule infectée.

EDIT: j'aimerai éditer mon message d'avant, mais je ne peux pas, quelqu'un peut me dire comment on fait?

[Greg'z]

Gun Fly, je suis pas du tout un connaisseur en virus, je peux juste te conseiller un hors série de la revue "pour la science" d'avril/juin 2007 intitulé "les virus ennemis utiles". (je me risquerai pas a en parler, au vu de ce que je lis sur ce post, j'ai peur d'avoir mal compris le fond.)
Il traite en partie justement de leur place dans le vivant et dans l'évolution. D'ailleurs j'avais a l'époque pris ces information comme argent comptant alors qu'il semblerait que ca soit sujet a polémique. Merci d'avoir lancé le sujet .

[Zellus]

Salut,

combien existe t il de virus connus sur Terre?

D'après la base de données ICTV, il y a plus de 5450 virus connus à ce jour.

En une phrase: quelles sont les origines des mutations?

Elles sont dues en grande partie aux erreurs que font les ADN et ARN polymérases.

EDIT: j'aimerai éditer mon message d'avant, mais je ne peux pas, quelqu'un peut me dire comment on fait?

Une fois que tu as écrit un message, tu n'as que 5 minutes pour l'éditer. Passé ce délais, il ne te reste plus qu'à en écrire un autre.