Terminateur de transcription

[misoli]

Je recherche la séquence du terminateur de transcription bactérien du gène de la béta lactamase (gène bla) qui conferre la résistance à l'ampicilline et il n'est pas évident à mettre en évidence. Quelqu'un aurait-il une piste ? Autant le promoteur, pas de pb, autant le terminateur, c'est pas si simple....Merci d'avance à ceux qui voudront bien prendre un peu de temps pour me répondre.

[jmbowie]

Je recherche la séquence du terminateur de transcription bactérien du gène de la béta lactamase (gène bla) qui conferre la résistance à l'ampicilline et il n'est pas évident à mettre en évidence. Quelqu'un aurait-il une piste ? Autant le promoteur, pas de pb, autant le terminateur, c'est pas si simple....Merci d'avance à ceux qui voudront bien prendre un peu de temps pour me répondre.

- Le terme "bla" désigne l'ensemble des gènes de b-lactamases; or il en existe une bonne douzaine de types (blaGES, blaVEB, blaoxa, etc.), chacun présentant entre dix et cent allèles (sans compter les variants!). Il faudrait donc regarder de quel gène il s'agit, probablement un blaTEM car ils sont souvent utilisé dans les vecteurs (si tu ne le sais pas et que tu as la séquence, un petit Blast devrait t'informer)
- Pour les terminateurs de transcription, il y en a de deux types:
a) les sites Nut, qui une fois transcrits sont des sites de liaisons pour une hélicase (la fameuse Rho) qui migre sur l'ARN, rattrape l'ARN pol et dissocie le complexe ADN::ARN, si bien que l'ARN pol aussi est élaguée de l'ADN. Les sites Nut sont suivie de sites de pauses (des tiges-boucles) ce qui favorise Rho. Avec ces mots clés et la littérature, tu peux peut-être retrouver des séquences types du site Nut
b) La transcription de certains gènes s'achèvent par terminaison intrinsèque (Rho-indépendante) au passage d'une région palindromique structurée en tige-boucle immédiatement suivie d'une série de T. C'est un peu complexe mais en gros c'est la différence de stabilité entre la tige boucle ARN et le polyU qui conduit à dissocier le complexe. Pour le trouver, cherche un polyT (une dizaine) et regarde si la séquence en amont forme un palindrome (DotPlot)

[misoli]

Merci, jmbowie,
c'est effectivement un gène blaTEM, et quand j'utilise RibEx pour trouver le terminateur de transcription, le programme identifie à une trentaine de bases du STOP un antiterminateur et un terminateur de transcription qui se chevauchent. Est-ce correct ?

[jmbowie]

Merci, jmbowie,
c'est effectivement un gène blaTEM, et quand j'utilise RibEx pour trouver le terminateur de transcription, le programme identifie à une trentaine de bases du STOP un antiterminateur et un terminateur de transcription qui se chevauchent. Est-ce correct ?

Il est possible que la séquence terminateur ait été prise sur un modèle bien connu, tel le phage lambda, mais qu'il comporte aussi un site antiterminateur ; or pour qu'il y ait antiterminaison, il faut la présence d'une protéine (N chez lambda je crois), donc si ta souche ne le code pas, cela peut le faire.
Bon courage

[misoli]

Bonjour jmbowie,
la génétique bactérienne n'étant pas du tout mon domaine, j'envisage d'utiliser deux souches (DH10B et EL350) dont les génotypes sont les suivants:

F- endA1 recA1 galE15 galK16 nupG rpsL ΔlacX74 Φ80lacZΔM15 araD139 Δ(ara,leu)7697 mcrA Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC) λ-

F- mcrA Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC) Φ80dlacZ M15 ΔlacX74 deoR recA1 endA1 araD139 Δ(ara, leu) 7649 galU galK rspL nupG [ λcI857 (cro-bioA) <> araC-PBADcre]

Mon terminateur de transcription fonctionnera-t-il dans ces cas?

[jmbowie]

Bonjour jmbowie,
la génétique bactérienne n'étant pas du tout mon domaine, j'envisage d'utiliser deux souches (DH10B et EL350) dont les génotypes sont les suivants:

F- endA1 recA1 galE15 galK16 nupG rpsL ΔlacX74 Φ80lacZΔM15 araD139 Δ(ara,leu)7697 mcrA Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC) λ-

F- mcrA Δ(mrr-hsdRMS-mcrBC) Φ80dlacZ M15 ΔlacX74 deoR recA1 endA1 araD139 Δ(ara, leu) 7649 galU galK rspL nupG [ λcI857 (cro-bioA) <> araC-PBADcre]

Mon terminateur de transcription fonctionnera-t-il dans ces cas?

Je ne vois rien susceptible de l'empêcher a priori