introns et exons

[imy lî]

bonjour,

à propos de la transcription des gènes;
à l'étape de l'excision des introns et épissage des exons, est-ce qu'il n'arrive jamais que le codon stop soit situé au niveau d'un intron et sera ,par conséquent, éliminé? si oui, quelle en est le résultat? comment la traduction se terminera-t-elle?

merci.

[Edelweiss68]

à propos de la transcription des gènes;
à l'étape de l'excision des introns et épissage des exons, est-ce qu'il n'arrive jamais que le codon stop soit situé au niveau d'un intron et sera ,par conséquent, éliminé? si oui, quelle en est le résultat? comment la traduction se terminera-t-elle?

C'est l'épissage des introns.

Il peut y avoir trois nucléotides correspondant à un codon STOP au niveau d'un intron (qui ne sera donc plus présent de toute façon sur l'ARNm mature) mais le "vrai" codon STOP sera dans un exon. Si jamais il y a une mutation dans ce codon STOP, la traduction continue jusqu'au prochain codon STOP de l'ARNm!

[kamor]

Moyen mnémotechnique qu'un prof m'avait donné, intron = intrus
La définition même de l'intron indique qu'il n'est pas traduit.
Il peut y avoir des "codons stop" du moins 3 nucléotides codant pour un codon stop, mais ce n'est pas pour autant qu'ils ont ce rôle. Un triplet de nucléotides codent pour quelque chose, donc on ne regarde leur signification que dans les parties codantes, les exons.

[ananda]

Moyen mnémotechnique qu'un prof m'avait donné, intron = intrus
La définition même de l'intron indique qu'il n'est pas traduit.
Il peut y avoir des "codons stop" du moins 3 nucléotides codant pour un codon stop, mais ce n'est pas pour autant qu'ils ont ce rôle. Un triplet de nucléotides codent pour quelque chose, donc on ne regarde leur signification que dans les parties codantes, les exons.

Hello

Sans vouloir jouer mon Maître Capello, à la lumière de l'épissage alternatif, la notion d'intro/exon est assez permissive !

[kamor]

Désolé maitre Capello mais je ne vous suis pas
Plus sérieusement je ne vois pas en quoi cela peut être permissif. A moins que vous considériez les parties codantes du point de vue d'une protéine et non de toutes les possibilités que peut offrir le gène en question.

[ananda]

Hello

La vision canonique de l'épissage alternatif est bien representée ici sur wikipedia. Mais il existe au moins 5 modes d'épissage pouvant conduire au raccourcissement ou à l'allongement des exons (sur l'ARNm mature) : du coup comment appeler les séquences des exons qui ont été enlevées/rajoutées après cet épissage alternatif ? Des exons/introns à temps partiel ?

Il y a même un mode d'épissage ou des "introns" se retrouvent dans l'ARNm mature, on parle de "retention d'intron", et parfois cet intron est codant et en phase avec la phase ouverte de lecture !

Mon idée est juste de montrer que la situation est beaucoup moins rigide, et que la vision intron/intrus est disons "alternativement" juste

[kamor]

Il y a même un mode d'épissage ou des "introns" se retrouvent dans l'ARNm mature, on parle de "retention d'intron", et parfois cet intron est codant et en phase avec la phase ouverte de lecture !

Mon idée est juste de montrer que la situation est beaucoup moins rigide, et que la vision intron/intrus est disons "alternativement" juste

Je dois avouer que c'est la première fois que j'entends parler de ce type de mécanisme (chuis qu'un microbiologiste après tout ) mais ça me surprend : un intron est considéré comme non codant, s'il code, il serait plus juste de revoir sa définition et l'appeler exon non ?

[ananda]

En effet, une récente s'est plongée sur la question (pas lue). Mais les auteurs indiquent avec étonnement le peu d'attention portée la communauté scientfique sur la question de cette nomenclature intron/exon.

De la lecture (en anglais) : Multiple Intron Retention Occurs in Tumor Cell CD44 mRNA Processing, Sequence features responsible for intron retention in human

[Jean-Luc P]

Des introns facultatifs ? alternatifs ? optionnels ?

[kamor]

Mais c'est la définition des exons dans l'épissage alternatif : les exons peuvent être ou ne pas être lus.
C'est pour ça que je comprends pas ce mécanisme indiqué de rétention d'introns

[ananda]

Mais c'est la définition des exons dans l'épissage alternatif : les exons peuvent être ou ne pas être lus.
C'est pour ça que je comprends pas ce mécanisme indiqué de rétention d'introns

J'espère comprendre ta remarque: introns/exons, ce sont des mots, voire des concepts qui n'ont de sens que dans une théorie. Pour faire simple, les études ont étudié initialement un mécanisme d'épissage alternatif (et qui a conduit à cette vision du fameux "intron/intrus")...alors que, les études s'accumulant sur le sujet, on observe en réalité une plus grande diversité d'épissage (y compris du trans-épissage !).

C'est comme si l'on s'étonnait tout à coup que les objets scientifiques ne se comportaient pas selon les étiquettes qu'ils ont reçues ! Et donc oui, on retrouve parfois des introns codants dans un ARNm mature !

[Edelweiss68]

C'est comme si l'on s'étonnait tout à coup que les objets scientifiques ne se comportaient pas selon les étiquettes qu'ils ont reçues. Et donc oui, on retrouve parfois des introns codants dans un ARNm mature !

Dans ce cas là, pourquoi s'obstiner à garder le nom "d'intron" puisqu'il existe déjà le mot "exon" pour qualifier une séquence transcrite et traduite ?

[ananda]

Sûrement par commodité d'usage, question de nomenclature. C'est un sujet étudié (cf mon précédent lien). Je suis entrain d'essayer de comprendre leur nomenclature !

[Edelweiss68]

Sûrement par commodité d'usage, question de nomenclature. C'est un sujet étudié (cf mon précédent lien). Je suis entrain d'essayer de comprendre leur nomenclature !

Bon courage !

[LXR]

Vous l'avez peut-être déjà vu sur le forum, mais au cas où je le remet vu que l'épissage est bien abordé ici : Articles importants dans Nature, Science ou Cell