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Housekeeping gene (gene de ménage)

  1. pGEM-T

    Date d'inscription
    avril 2013
    Localisation
    Paris-France et Franceville-Gabon
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    25

    Housekeeping gene (gene de ménage)

    Bonjour tous,
    J'aimerais comparer le nombre de cellules présentes dans un certain volume de sang au nombre de cellules présente dans un échantillon de selle de même volume. Pensez vous que je puisse utiliser un "housekeeping gene" pour cette quantification?
    En fait l'objectif de mon étude est de comparer le seuil de détection d'un parasite dans 3 fluides biologiques différents par PCR.

    Merci

    -----

     


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  2. Flyingbike

    Date d'inscription
    septembre 2009
    Localisation
    Viroflay
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    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    quantifiez l'adn génomique !
    La vie trouve toujours un chemin
     

  3. pGEM-T

    Date d'inscription
    avril 2013
    Localisation
    Paris-France et Franceville-Gabon
    Messages
    25

    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    Citation Envoyé par Flyingbike Voir le message
    quantifiez l'adn génomique !
    Oui mais est ce que justement on pourrait faire une normalisation, en se disant qu'une certaine quantité d'ADN génomoque correspondrait à une quantité de cellules donnée dans chaque échantillon?
     

  4. Flyingbike

    Date d'inscription
    septembre 2009
    Localisation
    Viroflay
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    32
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    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    Bah c'est ce qu'il y'a de moins pire
    Puisque compter les cellules est impossible
    Quantifier l'adn est impossible aussi (dans les selles il y a plein d'ADN non hôte)
    Ça me paraît être une bonne solution
    La vie trouve toujours un chemin
     

  5. pGEM-T

    Date d'inscription
    avril 2013
    Localisation
    Paris-France et Franceville-Gabon
    Messages
    25

    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    Ce que j'ai envie de faire c'est de d'amplifier un gène de ménage (spécifique à l'Homme) dans un volume d'échantillon de sang donné puis amplifier le même gène dans le même volume d'échantillon de selle, puis faire une normalisation par dilution des quantités d'ADN. Qu'en pensez vous?
     


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  6. Flyingbike

    Date d'inscription
    septembre 2009
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    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    Pourquoi un gène de ménage ? Prenez n'importe quel couple d'amorces génomiques, il fait quantifier l'ADN et pas les transcrits

    À votre place j'etalonnerai avec une gamme obtenue avec des quantités décroissantes d'ADN extrait d'une quantité de cellules connue (pour avoir une quantification en nombre de cellules)
    La vie trouve toujours un chemin
     

  7. pGEM-T

    Date d'inscription
    avril 2013
    Localisation
    Paris-France et Franceville-Gabon
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    25

    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    Merci, je vais faire cela.
    Si j'ai d'autres soucis je reviendrais vers le forum. Tout compte fait je vous tiens informé
     

  8. pGEM-T

    Date d'inscription
    avril 2013
    Localisation
    Paris-France et Franceville-Gabon
    Messages
    25

    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    Citation Envoyé par Flyingbike Voir le message
    Pourquoi un gène de ménage ?
    Le gène de ménage c'est parceque c'est un gène qui est exprimé dans tous les types cellulaires et ne subit pas de régulation. La transcription d'autres gènes autre que les housekeeping gene peuvent modulé et donc biaisé notre étude
     

  9. Flyingbike

    Date d'inscription
    septembre 2009
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    Viroflay
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    32
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    5 090

    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    oui, je sais bien ce que c'est

    Mais dans votre cas, vous ne mesurez pas un transcrit, mais une quantité de cellules. Mesurer un transcrit (que ce soit d'un housekeeping gene ou de n'importe quoi d'autre) introduit un biais, car (par expérience) même un gène considéré comme référence n'est pas utilisable quand on compare des tissus différents !

    Pour éviter cela, et vu que vous vous intéressez à la quantité de cellules, je propose de mesurer une quantité d'ADN génomique, qui ne varie pas et est toujours proportionnelle à la quantité de cellules (sauf exception). En mesurant n'importe quelle cible dans l'ADN génomique, on peut remonter a la quantité de génomes, et donc de cellules.

    On pourrait normaliser par la quantité totale d'ADN, bien plus facile a mesurer (pas besoin de qPCR par exemple), mais votre problème est que dans les selles il y a des cellules non eucaryotes pleines d'ADN qui sera quantifié en même temps.
    La vie trouve toujours un chemin
     

  10. minushabens

    Date d'inscription
    juillet 2014
    Messages
    5 216

    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    Et les vieilles techniques de comptage de cellules au microscope, elles sont totalement obsolètes?
     

  11. Flyingbike

    Date d'inscription
    septembre 2009
    Localisation
    Viroflay
    Âge
    32
    Messages
    5 090

    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    Toi t'as jamais essayé de compter des cellules dans du caca......
    La vie trouve toujours un chemin
     

  12. minushabens

    Date d'inscription
    juillet 2014
    Messages
    5 216

    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    non en effet, je n'ai même jamais approché un microscope à moins d'un mètre.

    attention au fait que dans le sang il y a beaucoup de cellules qui n'ont pas d'ADN, et qui peuvent être parasitées.
     

  13. pGEM-T

    Date d'inscription
    avril 2013
    Localisation
    Paris-France et Franceville-Gabon
    Messages
    25

    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    Citation Envoyé par minushabens Voir le message
    attention au fait que dans le sang il y a beaucoup de cellules qui n'ont pas d'ADN, et qui peuvent être parasitées.
    C'est vrai j'avais oublié c'est un des arguments pour lesquels je voulais utiliser un "housekeeping gene", les érythrocytes n'ont pas d'ADN génomique ce qui conforte mon idée de travaillé avec un "housekeeping gene".

    Merci
     

  14. minushabens

    Date d'inscription
    juillet 2014
    Messages
    5 216

    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    si c'est du sang humain les labos d'analyses médicales font en routine des "numérations" d'érythrocytes et de leucocytes (en distinguant plusieurs types je crois).
     

  15. Flyingbike

    Date d'inscription
    septembre 2009
    Localisation
    Viroflay
    Âge
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    Messages
    5 090

    Re : Housekeeping gene (gene de ménage)

    Citation Envoyé par pGEM-T Voir le message
    C'est vrai j'avais oublié c'est un des arguments pour lesquels je voulais utiliser un "housekeeping gene", les érythrocytes n'ont pas d'ADN génomique ce qui conforte mon idée de travaillé avec un "housekeeping gene".

    Merci
    Si vous voulez quantifier des cellules dans des tissus différents, c’est pas une bonne solution
    Comme vous voulez !

    Faudrait en dire plus dans ce cas là
    La vie trouve toujours un chemin
     


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