comme logiciel, je peux te conseiller Chemdraw (payant). Chem3D, payant lui aussi, permet de dessiner des molécules en 3D. De mémoire, on peut télécharger des versions d'essais de ces 2 logiciels, versions qui sont valables 1 mois.
Sinon, tu as Chemsketch, qui est lui gratuit.
Tous ces logiciels sont en anglais, mais en cherchant sur Google on trouve de nombreux tuto en français qui expliquent leur utilisation.