la disparition des especes (bis)

[invitec9f0f895]

Bonsoir,
Suite a plusieurs demande de réagir a certain messages postés dans la rubrique "mois de l'environnement", je reposte les messages concernes ici, afin de pouvoir débattre.
yoyo


Bonjour,

la disparition d'un grand nombre d'especes vegetales et animales est une preocupation majeure. Mais on est aussi en droit de se demander si vouloir les sauver a tout prix n'est pas aller justement contre le cours des choses.
En effet de tout temps (et meme bien avant l'apparition de l'Homme sur terre) des especes ont disparu laissant la place a de nouvelles. Les activités Humaines par la population et le remodelage de l'environnement a probablement accelerer la disparition de certaines especes, mais est-ce systematiquement une mauvaise chose ?
Biensur il est possible que de telles disparitions entraine des ruptures de la chaine alimentaire... mais je me dis aussi que parfois la disparition de 99% des individus d'une population est le meilleur moyen pour sauver cette population.
Qu'en pensez-vous?

Merci d'avance pour votre reponse.

Yoyo

[invite36366388]

Est-ce que le problème n'est pas plus dans la disparition des habitats que dans la disparition des espèces elles-mêmes?

V

[invitea4a042cf]

parfois la disparition de 99% des individus d'une population est le meilleur moyen pour sauver cette population.

Il y a des études tendant à prouver ça ?
A priori, je me dis que la disparition des individus les plus faibles dans une population peut être salutaire, mais 99 %, ça me semble beaucoup. et puis ce ne sont pas forcément les plus faibles qui disparaissent de par les activités humaines. Mais je ne suis pas écologue.

Les activités Humaines par la population et le remodelage de l'environnement a probablement accelerer la disparition de certaines especes, mais est-ce systematiquement une mauvaise chose ?

Je crois qu'une disparition apauvrit forcément le monde. Alors il faut les éviter au maximum, même si certaines disparitions sont inévitables. Or, il me semble que le rythme de disparition des espèces s'est beaucoup accru depuis quelques siècles.

[kinette]

Hello John,

Toutes les réintroductions d'espèces ou sauvegarde des populations tombée très bas sont récente et personne n'a de recul suffisant sur le long terme

Je suis d'accord...
Enfin on a des cas de bestioles quasiment exterminées dont les effectifs sont pas mal remontés (bon, faudra que je "révise" un peu les cas, mais il me semble qu'un exemple peut être le bison d'Amérique, pas en très bon point mais nettement mieux que ça a été... et là on a déjà un peu de recul. Je pense que ça a été aussi le cas pour certains oiseaux de mer...). Enfin un recul sur quelques siècles ça reste assez peu.

C'est artificiel

De toute façon il n'y a quasiment pas de milieu en Europe qu'on puisse qualifier de "naturel".
Bon pour les marmottes, je ne suis pas sûre que les effectifs soient beaucoup plus hauts que ce qui existerait avec des prédateurs supplémentaires (et de toute façon cette espèce a un fort dynamisme démographique qui fait qu'elle ne me semble pas menacée).
Le bouquetin est une espèce qui il me semble souffrirait de peu de prédation même si les grands prédateurs étaient présents. La mortalité de ces animaux est surtout liée à leur conditions de vie (les grand prédateurs préfèrent certainement des espèces bien plus accessibles et moins défendues).

Il y aurait mieux valus prendre il y a des décenies des mesures pour protéger les milieux plutôt que le triomphalisme actuel sur des réintroductions dont on peut se poser des questions sur le long terme.

On est d'accord.
Mais à mon avis ça vaut toujours le coup de tenter le coup.
De plus, je pense qu'on en est revenu des réintroductions sans travail de fond préalable, sans études sur les milieux où relâcher, etc...
Et je pense que certaines expériences sont de grand succès: la réintroduction du castor d'Europe à partir de population du Rhône dans la vallée de la Loire est un grand succès (discret mais efficace). Sa réintroduction en Suisse (les précurseurs de sa réintroduction) a aussi été une belle histoire (je conseille la lecture du bouquin de Maurice Blanchet "le Castor et son Royaume sur ce sujet).
La loutre a aussi été réintroduite avec succès dans certains endroits.
Bien sûr ce ne sont pas des espèces très "spectaculaires" alors on en parle peu...
Sinon il ne faut pas se voiler la face, la présence d'espèce emblématique est aussi souvent utilisé comme une bonne raison pour protéger un milieu naturel (c'est hélas souvent un "argument" qui a plus de poids que l'argument de la diversité biologique elle-même, ou de la rareté d'un milieu naturel.

Merci pour les explications sur l'effet de fondation et bise à tes mouches colonisatrices

De rien (zut faut que je m'occupe des sales bêtes avant de partir en vacances... :? ).

K.store

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitea34bacf8]

... mais je me dis aussi que parfois la disparition de 99% des individus d'une population est le meilleur moyen pour sauver cette population.

Voici quelques souvenirs de mes années facs pour réagir à cette réflexion de Yoyo.
En dehors de toute pression de sélection, deux phénomènes aléatoires, mutation et dérive génétique, s'affrontent, la première en faveur de la diversité génétique, la seconde à son encontre. Lorsque l'effectif des populations d'une espèce est suffisamment réduit, la mutation ne peut plus contrer la dérive, le polymorphisme génétique diminue alors rapidement jusqu'à rendre l'espèce incapable d'adaptations futures.

Si mon raisonnement est juste, je me demande alors quel est l'effectif limite en dessous duquel préserver une espèce ne sert plus qu'à repousser une échéance inéluctable, sa disparition ?

Puisque un forum est ouvert à l'attention de Michel Griffon, j'y poste également cette question.

[kinette]

Hello Phil,
Ce que tu dis est très juste.
La diversité génétique semble effectivement importante pour permettre la survie à long terme d'une espèce (parce qu'elle lui permet de s'adapter aux changements de l'environnement mais aussi de mieux résister au maladies qui évoluent aussi).
Toutefois, on sait que certaines espèces sont passées par de très petits effectifs à partir desquelles elles sont reparties et ont pu ensuite ou pourront à nouveau se diversifier (c'est notament le cas des guépards, espèce génétiquement très homogène).

Si mon raisonnement est juste, je me demande alors quel est l'effectif limite en dessous duquel préserver une espèce ne sert plus qu'à repousser une échéance inéluctable, sa disparition ?

En fait, je dirais qu'il n'y a pas d'effectif limite (à part 1 individu si l'espèce est sexuée): pour de faibles effectifs, il y a effectivement un plus gros risque que ça ne marche pas mais si on met tous les moyens en oeuvre pour protéger l'espèce, la faire se multiplier, c'est toujours possible.
On peut se retrouver avec une espèce génétiquement très peu variable, mais ensuite si on arrive à la faire remonter à un bon nombre d'individus, elle pourra à nouveau se diversifier et s'adapter.
Le problème pour le sauvetage d'une espèce près de l'extinction est généralement bien plus "technique": arriver à faire se reproduire l'espèce en captivité, avoir des sites de relâcher corrects, protéger les habitats de l'espèce, etc...

K.angourou

[invite0aa1883c]

En fait, je dirais qu'il n'y a pas d'effectif limite (à part 1 individu si l'espèce est sexuée): pour de faibles effectifs, il y a effectivement un plus gros risque que ça ne marche pas mais si on met tous les moyens en oeuvre pour protéger l'espèce, la faire se multiplier, c'est toujours possible.
On peut se retrouver avec une espèce génétiquement très peu variable, mais ensuite si on arrive à la faire remonter à un bon nombre d'individus, elle pourra à nouveau se diversifier et s'adapter

Sauf si les maladies provoquent périodiquement des hécatombes. C'est un cas d'école avec certains mammifères réintroduis comme les marmottes, chamois, bouquetins etc... qui périodiquement subissent des épidémies qui in fine limitte leurs effectifs. Certes ils se maintiennent mais il y a trop de consanguinité pour permettre une diversité génétique suffisante. D'où l'importance de la gestion, en particulier la mise en place de plan de chasse/de tir qualitatif en plus du quantitatif (tir des individus malades, agés, déficients du fait de la consanguinité etc etc).
Tout ça pour dire qu'il faut tout faire pour préserver un effectif reproducteur suffisant, et ne pas attendre une quasi-extinction pour mettre en place des mesures de réintroduction ou de sauvegarde.

A+
John

[invitee555ebe0]

(c'est notament le cas des guépards, espèce génétiquement très homogène)

Guépard (Acinonyx jubatus). Le cas de cet animal est souvent cité comme celui d'une espèce génétiquement condamnée. Que faut-il en penser ? Parmi les points négatifs, on peut relever que la variation génétique est faible. L'hétérozygotie est bien plus réduite que celle d'autres félidés, et des allèles délétères sont davantage fixés : des greffes de peau entre guépards sont communément acceptées, ce qui prouve la similitude de leur complexe majeur d'histocompatibilité (déterminant l'identité du système immunitaire, ce complexe chromosomique abrite des gènes qui défendent l'organisme contre les agressions extérieures, comme, à ce titre, les greffes, et contre les mutations) ; de même, ces animaux sont souvent exposés à des pathologies et des taux élevés de mortalité juvénile sont enregistrés en captivité.
Toutefois, quelques aspects de la variation génétique sont satisfaisants, comme celui qui concerne les microsatellites (courtes séquences d'ADN avec un motif répété). Et puis, la mortalité juvénile, dans la nature, est certainement due davantage à la prédation des lions et des hyènes plutôt qu'à des défauts génétiques. Le bilan démographique souvent défavorable en captivité (en tout cas dans les zoos d'Amérique du Nord) s'expliquerait par des pratiques d'élevage non optimales et par un environnement insatisfaisant (plusieurs cas de petits délaissés par leur mère ont été enregistrés), et non par des handicaps anatomiques ou physiologiques de la fonction reproductrice (3). Une autre hypothèse n'est pas non plus à écarter, celle d'un goulet d'étranglement qui se serait produit en Afrique pour les guépards à une certaine époque, goulet suivi d'une perte importante de la variabilité génétique.

Le guépard ne va pas aussi bien que tu le crois...

Source : http://www.inra.fr/dpenv/zecchc46.htm#enc1

[kinette]

Bonjour,
Si tu lis bien l'article ils parlent de problèmes liés à la faible diversité génétique. Je n'ai pas dit qu'il n''y en avait pas.
Malgré tout l'espèce n'est pas moribonde, et vu la si faible variabilité génétique qu'il y a ça peut paraître carrément étonnant.
Apparemment vu que cette espèce a l'air de te passionner tu peux aller voir ce site http://www.cheetah.org/?html=home
Les populations sont actuellement évaluées à 12 000 individus. C'est certes faible mais ne permet pas de prédire l'extinction (et si extinction il y a on pourra certainement plus l'imputer à des problèmes de conservation de l'animal dans son milieu qu'à des problèmes génétiques).

Il ne faut pas non plus oublier un effet positif de la consanguinité: si elle pose des problèmes de fertilité/fécondité par le fait que des allèles récessifs peu avantageux se retrouvent à l'état homozygote, elle effectue une "purge" des allèles désavantageux (il sont éliminés du pool génétique, ce qui fait qu'une part des effets néfastes est en fait transitoire).

De plus lorsqu'on fait des études génétiques sur des espèces ou populations qui se portent actuellement très bien, on se rend parfois compte que les espèces sont passées par des "bottlenecks" (goulots d'étranglements) qui correspondent à de très petits nombres d'individus.
Certaines espèces qui ont colonisé des milieux nouveaux ont consitué des populations maintenant importantes à partir de seulement quelques individus...

K.enya

[invite0aa1883c]

De plus lorsqu'on fait des études génétiques sur des espèces ou populations qui se portent actuellement très bien, on se rend parfois compte que les espèces sont passées par des "bottlenecks" (goulots d'étranglements) qui correspondent à de très petits nombres d'individus.

Tu fais une approximation. Car il faudrait voir statistiquement les chances de survie moyenne d'une population passée par un bottleneck comparée à une population restée avec un effectif élevé. Même si comme tu le dis tu purges partiellement les allèles ayant des effets très délétaire, ta petite population a forcément des capacités adaptatives bien plus faible ! Mon sentiment, mais je ne suis pas un spécialiste, c'est que les populations subissant un goulot d'étranglement au niveau des effectifs disparaissent pratiquement tout le temps, très peu arrivent à passer ce cap.

Tu parles des effets de fondations. Je pense que tu mélanges un peu des pommes et des poires. Quand quelques individus arrivent sur une îles, ou dans un milieu totalement nouveau et isolé, tu as un fort relachement des pressions sélectives. Pas/peu de prédateurs, niche écologique vide. Il se produit d'ailleurs souvent une radiation adaptative et plein de nouvelles espèces apparaissent (ex : les fameux pinsons de Darwin, les poissons de la famille des cichlidae dans les grands lacs Africains etc etc....). On est bien loin de la situation d'un goulot d'étranglement d'une large population, où la prédation et la concurence continue de jouer. Même si ta pression de prédation est fréquence-dépendante et donne un "avantage au rare" (les prédateurs se spécialisent sur les espèces abondantes).
D'ailleurs les petites populations des îles/isolées sont souvent rapidement supplantée par des espèces concurentes/prédatrices introduites par l'homme.

A+
John

[kinette]

Hello John,
Mes propos étaient de dire qu'on peut sauver une espèce même en très faible effectif (pas de seuil en dessous duquel tenter quelque chose n'a aucun chance de marcher... je veux dire génétiquement, parce que le problème majeur est rarement génétique).

Tu fais une approximation. Car il faudrait voir statistiquement les chances de survie moyenne d'une population passée par un bottleneck comparée à une population restée avec un effectif élevé. Même si comme tu le dis tu purges partiellement les allèles ayant des effets très délétaire, ta petite population a forcément des capacités adaptatives bien plus faible ! Mon sentiment, mais je ne suis pas un spécialiste, c'est que les populations subissant un goulot d'étranglement au niveau des effectifs disparaissent pratiquement tout le temps, très peu arrivent à passer ce cap.

Bon, j'ai expiqué que la probabilité de survie baissait avec le nombre d'individus, mais n'était jamais nulle.
Donc oui, moins tu as d'individus plus c'est dangereux pour une espèce. Mais quand on tente une action de conservation on essaie de mettre toutes les chances de notre côté: mutliplier le plus possible les individus, les mettre en conditions idéales, etc...
Je pense que on peut trouver plusieurs actions de conservation à partir de très peu d'individus qui ont porté leurs fruits (je me demande si ce n'est pas le cas pour le condor).

Tu parles des effets de fondations. Je pense que tu mélanges un peu des pommes et des poires. Quand quelques individus arrivent sur une îles, ou dans un milieu totalement nouveau et isolé, tu as un fort relachement des pressions sélectives.

OK j'ai parlé d'effet de fondation.
Mais l'effet de fondation n'existe pas que pour les îles et pour des milieux "vides".
De plus si tu réintroduis une espèce dans un milieu qui est son milieu naturel et qui n'a pas trop été perturbé ni envahi par des espèces concurentes, tu te places bien dans le cas d'un milieu où il y a une niche vide.

Pas/peu de prédateurs, niche écologique vide. Il se produit d'ailleurs souvent une radiation adaptative et plein de nouvelles espèces apparaissent (ex : les fameux pinsons de Darwin, les poissons de la famille des cichlidae dans les grands lacs Africains etc etc....). On est bien loin de la situation d'un goulot d'étranglement d'une large population, où la prédation et la concurence continue de jouer.

Il y a plein de cas d'invasions où le milieu envahi n'est pas exempt de prédaturs, et autres ennemis et concurents.

Même si ta pression de prédation est fréquence-dépendante et donne un "avantage au rare" (les prédateurs se spécialisent sur les espèces abondantes).
D'ailleurs les petites populations des îles/isolées sont souvent rapidement supplantée par des espèces concurentes/prédatrices introduites par l'homme.

Le problème des ïles est très différent de ce que j'explique (y a plein de particularités dues à l'isolement).

K.oudou.

[invite0aa1883c]

Mes propos étaient de dire qu'on peut sauver une espèce même en très faible effectif (pas de seuil en dessous duquel tenter quelque chose n'a aucun chance de marcher... je veux dire génétiquement, parce que le problème majeur est rarement génétique).

Je ne suis pas en désaccords la dessus, je veux juste dire que le problème génétique est indissociable du problème environnemental, celà ne peut pas etre traité séparément. Faible effectif et environnement défavorable, sur le long terme celà ne va jamais marcher. Or la très grandes majorité des espèces disparaissent entres autres à cause de détérioration majeure de l'environnement. Il y a un cas très bien documenté pas loin de chez toi en fait avec le Grand Tétra dans les Cévennes. Ou l'ours d'ailleurs aussi.

Mais l'effet de fondation n'existe pas que pour les îles et pour des milieux "vides".

Précise avec des exemples stp.

De plus si tu réintroduis une espèce dans un milieu qui est son milieu naturel et qui n'a pas trop été perturbé ni envahi par des espèces concurentes, tu te places bien dans le cas d'un milieu où il y a une niche vide.

C'est ultra-théorique comme affirmation ! Une niche est rarement vacante bien longtemps et si le milieu était si peu perturbé ton espèce/population n'aurait sans doute pas disparus. Tu te places dans un cas idéal qui n'existe que rarement.

Le problème des ïles est très différent de ce que j'explique (y a plein de particularités dues à l'isolement).

Parceque ta population d'ours dans les Pyrénées, tes lynx dans les Vosges ou même tes condors aux US elle est pas isolée ?????

A+
John

[kinette]

Bon,
je vais essayer d'expliquer...

Je ne suis pas en désaccords la dessus, je veux juste dire que le problème génétique est indissociable du problème environnemental, celà ne peut pas etre traité séparément. Faible effectif et environnement défavorable, sur le long terme celà ne va jamais marcher. Or la très grandes majorité des espèces disparaissent entres autres à cause de détérioration majeure de l'environnement. Il y a un cas très bien documenté pas loin de chez toi en fait avec le Grand Tétra dans les Cévennes. Ou l'ours d'ailleurs aussi

Bon, apparemment y a toujours un problème de compréhension de ce que je dis.
Un faible effectif a des effets sur la probabilité de survie autres que génétique: le risque d'extinction est augmenté, un peu parce que génétiquement c'est plus dur de s'adapter et parce que la fertilité et la fécondité peuvent être altérés, mais il y a surtout le risque "probabilisitique" d'extinction (plus grande fragilité en cas de perturbation, parce qu'il y a une plus grande proba que tous disparaissent d'un coup).
L'effet "génétique" est généralement mineur par rapport au reste des problèmes. OK ça n'arrange rien, mais ça n'est pas le plus gros problème, et si on règle les autres problèmes assez rapidement l'espèce n'est pas "fichue" (question de départ).

[quote:e8ad20652b]Mais l'effet de fondation n'existe pas que pour les îles et pour des milieux "vides".

Précise avec des exemples stp. [/quote:e8ad20652b]
Bon, tu décris l'effet de fondation comme nécessairement la conquiète d'un milieu "vide" sans pressions de sélection, et à ton avis ça n'a rien à voir avec une réintroduction.
C'est très caricatural. Les effets de fondation existent aussi en milieu continental et sont carément courants.
L'effet de fondation est le fait qu'une population ou une sous-population se retrouve appauvrie génétiquement par rapport à la population dont elle provient car seul un petit nombre d'individus ont contribué à la former.

Par exemple les jolies bestiole que j'étudie sont apparemment venues d'Afrique. Deux espèces avec des niches écologiques très proches ont colonisé successivement l'Europe sans pour autant qu'il y ait exclusion.
Il y a eu un bel effet de fondation.
Toutes les espèces qui vivent en métapopulations (ensembles de populations plus ou moins isolées) et dont les différents patchs colonisés ne sont pas éternels dans le temps (bref il y apparition et disparition des milieux ou vivent les sous-populations, mais le milieu coloisé ne sera pas nécessairement "vide" d'autres espèces) connaissent des effets de fondation qui vont être plus ou moins grands en fonction de la durée des milieux et des capacités de dispersion des espèces (pour des espèces comme les escargots par exemple qui se déplacent peu on pourra avoir des effets de fondation importants). Le milieu que ces espèces colonisent est leur milieu "habituel", bref pas de pressions de sélection particulières (seulement moins de compétition entre individus, mais c'est pareil pour une réintroduction).
Le système en métapop n'est donc pas à proprement parler un système tel que toi tu le décris avec un grand milieu "vide".
De plus plusieur espèces vont pouvoir coloniser simultanément ou successivement un même milieu. Je pense qu'il faut aussi arrêter d'avoir la vision caricaturale des niches écologiques très précises avec des espèces qui ne peuvent pas cohabiter dès qu'elles se ressemblent un peu.

C'est ultra-théorique comme affirmation ! Une niche est rarement vacante bien longtemps et si le milieu était si peu perturbé ton espèce/population n'aurait sans doute pas disparus. Tu te places dans un cas idéal qui n'existe que rarement.

Bon là encore je pense que ta vision de la "niche" écologique et de la compétition est caricaturale.
Et je pense que pour bon nombre d'espèce ça n'est pas le cas que la "place" de ton espèce soit alors occupée par d'autres espèces.
(puis je ne vois pas en quoi ça donnerait de toute façon une si grande importance à la variabilité génétique). (bon pour prendre un exemple: si tu tues tous les lapins d'un milieu... tu pourras ensuite en réintroduire sans qu'il n'y ait eu vraiment d'espèces pour remplacer et empêcher une recolonisation. Pareil pour énormément d'espèces en fait).

J'ai en fait l'impression que l'histoire de la diversité génétique en conservation a aussi pas mal été un "filon" pour les généticiens... et qu'on a financé plein d'études sur la génétique alors qu'on laissait le plus urgent (les mesures de gestion) de côté.

Parceque ta population d'ours dans les Pyrénées, tes lynx dans les Vosges ou même tes condors aux US elle est pas isolée ?????

Bon... faudrait que je te refasse tout le cours d'un de mes profs de DEA sur la biogéographie des ïles.
Non ça n'a rien à voir avec une île pour le fonctionnement et l'évolution des espèces.
(flemme de détailler puis c'est pas trop le sujet ici).

K.

[invite0aa1883c]

Un faible effectif a des effets sur la probabilité de survie autres que génétique: le risque d'extinction est augmenté, un peu parce que génétiquement c'est plus dur de s'adapter et parce que la fertilité et la fécondité peuvent être altérés, mais il y a surtout le risque "probabilisitique" d'extinction (plus grande fragilité en cas de perturbation, parce qu'il y a une plus grande proba que tous disparaissent d'un coup).
L'effet "génétique" est généralement mineur par rapport au reste des problèmes. OK ça n'arrange rien, mais ça n'est pas le plus gros problème, et si on règle les autres problèmes assez rapidement l'espèce n'est pas "fichue" (question de départ).

Toutes les réintroductions d'espèces ou sauvegarde des populations tombée très bas sont récente et personne n'a de recul suffisant sur le long terme. Sur le territoire Francais la plupart des réintroductions sont artificielles. Cas illustratif : le vautour dans les Pyrénées où l'on est obligé de leurs apporter des carcasses pour les nourrir. Si il y a autant de chamois, bouquetins, marmottes dans les Parcs des Alpes c'est d'abord et avant tout parcequ'il n'y a plus de prédations, a part certains grands rapaces dont les effectifs restent faible. C'est artificiel. Tout ça ne sont que des pis-aller. Il y aurait mieux valus prendre il y a des décenies des mesures pour protéger les milieux plutôt que le triomphalisme actuel sur des réintroductions dont on peut se poser des questions sur le long terme.

Merci pour les explications sur l'effet de fondation et bise à tes mouches colonisatrices

A+
John

[invite0a65e195]

moi je penses pour ma part que la disparition de certains espèces est principalement dû à l'homme... différentes actions qu'elles soient intensives ou pas...
si elles diparaissent auj c à cause de nous... avant les actions des hommes étaient moindre et le processus se faissait naturellement (extinction) les lois de la nature.
mais à leur d'auj l'homme laisse un gros impact !!!!
ils se doient de devoir les protéger, c qq part un devoir !
lisant un dernier acticle sur la menace qui pèsent sur les poissons tropicaux je site : "Les activités humaines nous conduisent vers une vague d'extinctions qui pourrait rendre ces îles écologiquement et esthétiquement stériles"...
non c pas bon signe de voir disparaitre des espèces...
mais essayer de répondre à cette question, pourkoi disparaisse t'elle ?

[invite0a65e195]

d'après le MNHN 1 % des espèces végétales ont disparu depuis le début du siècle sur le territoire français, 10 % sont menacés d'extinction, et 30 % ont gravement regressé avoué que c quand même préoccupant !
les causes principales sont le tourisme, l'urbanisation, l'agriculture, la pollution... j'en passe !!!
quel proportions cela va t-il prendre dans les prochaines années car toutes ces activités et ses origines sont en pleines expansions. ?