Séquençage d'un fragment d'ADN

[mydreamforever]

Bonjour! J'ai eu un exercice à faire en biologie mais je l'ai trouvé trop simple et je pense m'être trompée.

Voici l'énoncé de l'exercice:
* Un fragment d'ADN cloné a été séquencé par la méthode de sanger, utilisant une amorce marquée par radioactivité.
* Une partie de l'autoradiogramme du gel de séquençage est représentée ci-contre.

Questions:
1. Déduisez la séquence nuléotidique de la chaîne de l'ADN synthétisée à partir de l'amorce, ainsi que celle de l'ADN utilisé comme brin matrice.
2. Déterminez la séquence nucléotidique de la double hélice d'ADN concernée.

Pour la question 1, j'ai dis que l'amorce se lisait en partant du bas, j'obtiens donc:
* Pour la chaîne d'ADN synthétisée à partir de l'amorce:
ddT ddT ddC ddG ddA ddA ddA ddG ddG ddT ddG ddA ddC ddC ddC ddC ddT ddG ddG ddA ddC ddC ddT ddT ddT ddA ddG ddA.

* Donc pour l'ADN utilisé comme brin matrice (par complémentarité des bases)
ddA ddA ddG ddC ddT ddT ddT ddC ddG ddA ddC ddT ddG ddG ddG ddG ddA ddC ddC ddT ddG ddG ddA ddA ddA ddT ddC ddT.

Pour la question 2, j'ai dis que par complémentarité des bases, la chaîne nucléotidique de la double hélice d'ADN concernée était, par complémentarité des bases, la même que celle de la chaîne synthétisée à partir de l'amorce.

Est-ce que mon raisonnement est juste, ou est-ce que j'ai des erreurs?

[MaliciaR]

Salut,

Quelle particularité a un nucléotide ddN (N étant A, T, G, C)?

[mydreamforever]

Bonjour MaliciaR,
En fait je ne sais pas à quoi correspondent les "dd", du coup je n'ai pris en compte que les lettres A, T, G et C, et à chaque fois j'ai remis "dd" devant sans savoir à quoi cela correspond... Je ne sais pas du tout quelle est la particularité d'un nucléotide ddN

[piwi]

"dd" c'est pour didesoxy. Ces nucléotides n'ont pas de 3'OH sur leur ribose. Dés lors, une fois incorporés dans une séquence ils empêchent la poursuite de son élongation.
On vous a expliqué le séquencage sans vous dire cela?

[MaliciaR]

On vous a expliqué le séquencage sans vous dire cela?

+1... C'est bizarre ça

Tu es en quelle année?

[mydreamforever]

cc!! Je suis en terminale S. Le cours sur le séquencage a été assez rapide, c'est aussi pourquoi je ne comprends pas trop, et nous n'avons pas du tout étudié les "dd", c'est la première fois que j'en rencontre et donc je ne savais pas à quoi cela correspondait.

[piwi]

Quelle idée de faire un cours sur le séquencage en TS.... Super intelligent.
Je vous donne quelques slides issues de mon cours de bio mol. J'espère qu'elles vous aideront à vous y retrouver. Si vous avez des questions, n'hésitez pas à revenir les poser.

Félicitations à votre prof...

[YAVNI88]

Bonjour,

Je suis en première année de Biologie à jussieu (Paris 6) et j'ai un souci concernant un exercice sur le séquençage:

Par PCR, nous voulons amplifier l'exon 3 d'un gène responsable d'une maladie génétique.

Voici la séquence :

5' - atattccttc ccagatggag ACTATGTGCC AACCTGGAAG GTGGCATTAA GCGCTTAAGC CAGCTGCCCA TGCCACTCGT AACCCGGTGG CCCATGACTC tgcactgagg tcatgctcag - 3'

Les séquences introniques sont en minuscules et les séquence de l'exon 3 (qu'on veut amplifier), en Majuscules.

La question est la suivante : Proposez les séquences (avec leur orientation) d'amorces de 20 nucléotides permettant d'amplifier l'exon 3.

Moi j'en ai trouvé une pour l'extrémité 3' du gène, mais pour le 5' j'ai du mal à placer l'amorce, car en plaçant l'amorce sur l'extremité 5', on aura une synthèse débutant au 3' de l'amorce , et donc vers la gauche (la séquence synthétisée se trouvera hors du gène), je ne sais pas si vous me comprenez.

Je vous remerci infiniment de m'éclairer car je suis perdu.

A bientôt

[Moumoutte]

Salut,

pense seulement que tu travailles sur de l'ADN double brin!

Sur un seul brin, tu ne peux mettre qu'une amorce effectivement mais sur deux...

Cordialement

[YAVNI88]

Oui effectivement, le problème c'est que ce n'était pas préciser dans l'énoncé, mais en considérant que l'ADN est double brins, on peut placer les amorces sans problème! Merci beaucoup pour ton aide, ainsi que l'aide de Piwi.

Passe une bonne journée
Cordialement