prediction de la structure secondaire

[o-khawla]

bonsoir à tout le monde
j'ai cherché sur internet et j'ai pas pu arriver à trouver des exercices concernant la prediction de la structure secondaire des proteines par la methode de chou et fasman j'espere qqun peut m'aider
merci !

[Rakgi]

La prédiction de structure secondaire implique dans ce genre d'exercice qu'il faut deviner si on aura une hélice alpha ou un feuillet beta.

Tu peux créer toi même un exercice comme ceci :

Lys-Arg-Glu-Met-Lys-Pro-Gly

Tu calcules ensuite la probabilité des hélices alpha et beta

P(alpha) = (1.16*2) + 0.98 + 1.51 + 1.45 + 0.57 + 0.57 = 7.4/7= 1.05

Tu regardes dans ton tableau de chou et fasman l'AA le plus proche pour 1.05
C'est la valine avec 1.06. La valine est un inducteur d'hélica alpha moyen.

P(béta) = (0.74*2) + 0.93 + 0.37 + 1.05 + 0.55 + 0.75 = 5.13/7= 0.73

C'est la lysine le plus proche qui est un casseur faible de feuillet beta.

Donc l'élément de structure secondaire le plus probable est l'hélice alpha.