Salut,
Justement, je vais faire un peu de HPLC au labo et j'ai posé la même question à une de mes chefs.

Apparemment, et d'après ce que j'ai compris

, l'air est assez soluble dans les solvants utilisés en HPLC comme l'acétonitrile. Des bulles peuvent alors se former et gêner la progression du liquide dans les tubes. Les pompes risquent donc d'être désamorcées. La présence de bulles d'air peut également perturber la détection UV.
Bonne soirée !