[microbiologie] identification bactérienne

[Med]

bonjour à tous,
je cherche un site internet qui me renseigne sur les techniques utilisées pour identifier une souche bactérienne, en donnant le nom latin de la souche, il me donne la technique d'identification...
merci pour votre aide...

[orthank]

Je pense qu'en faisant une recherche sur les propriétés d'une espèce (GRAM, dégradation du glucose, metabolisme de respiration etc...) tu dois pouvoir effectuer des tests pour les mettre en évidence, avec une certaine incertitude.
En ce qui concerne le site, je n'en connais aucun désolé.

[Vinc]

Salut!
Je pense que la galerie API est une des principales méthode (mais pas la seule)....
A+
Vinc

[Sheme]

Et surtout, une galerie API fournira énormement de détails sur la bactérie etudié mais ne donnera en aucun cas son nom, je pense qu'il faut avoir recours à des techniques de séquencçage pour avoir une idée de la bactérie étuidée non ?

Enfin, pour la taxonomie des bactéries, je ne sais si l'on peut trouver sur Internet quelque chsoe d'aussi complet que le Bergey's Manual, malheureusement non disponible online. Il n'y est pas décrit les technique d'identification propre a chaque bactérie ceci dit.

Peut être peut on imaginer des test croisé de croissance sur milieux favorisant ke déveoppement de certaines bactéries, incubation dans les mêmes condition et comptages ? Encore faut-il que les milieux choisis donnent le même facteur de croissance pour que le comptage est une valeur...

Non, je ne vois pas vraiment d'autres méthodes que le séquançage ou l'analyse moléculaires en fait :/

[Lord M]

Salut !

En fait déterminer l'espèce d'une bactérie est quelque chose d'extrèmement complexe. Il n'y a pas a ma connaissance de "Guide universel de l'identification bactérienne" expliquant pas à pas la démarche à suivre pour identifier un isolat. En pratique il faut accumuler le plus grand nombre possible de données dans le temps imparti à la recherche et comparer ces données à la bibliographie.

Actuellement la galerie API et le séquencage du gène de l'ARN 16S permettent de donner une bonne orientation. Cependant il faudra dans certains cas procéder à des analyses complémentaires.

[Vinc]

Envoyé par Sheme

Et surtout, une galerie API fournira énormement de détails sur la bactérie etudié mais ne donnera en aucun cas son nom

Ben si! C'est quand même le but! Tu compare le profil obtenu à un autre profil dont tu connais l'espèce précise...
Sinon tu as aussi l'antibiogramme et également le typage par des bactériophages qui est pas mal utilisé en mèdecine pour identifier un pathogène...
A+
Vinc

[Meningo]

Moi non plus je ne connais pas de site, mais il existe pas mal de clés d'identification du genre : métabolisme respiratoire-morphologie-gram-caractéres biochimiques. C'est largement suffisant pour la majorité des bactéries.
Quant au séquencage du 16S, c'est assez anecdotique.

Envoyé par Vinc

le typage par des bactériophages qui est pas mal utilisé en mèdecine

Jamais vu. Peut-être dans les centres de réference, mais assez rare je pense.

[Keika]

Bonjour.

Effectivement je recommande l'ensemencement d'une galerie API pour l'identification. Plus le test enzymatique approprié au gram.

Je ne suis qu'en terminal STL BGB mais c'est comme cela qu'on procede pour identifier nos bactéries en TP de microbiologie.

Have fun ! ^^

[le_troll]

Envoyé par Meningo

Quant au séquencage du 16S, c'est assez anecdotique.

si on veut ...

l'identification en labo d'analyse se fait effectivement jamais comme ça. ils utilisent des galeries API.

par contre en labo de recherche et en industrie c'est utilisé.

en labo de recherche le 16S est utilisé pour la phylogénie, c'est également la technique utilisée quand vous avez des news scientifique qui vous disent que dans 1 l d'eau de mer de papoisi nouvelle zelande on a découvert plus de X nouvelles espèces.

en industrie elle est utilisé avec les hybridations ADN et les profils de digestion pour l'identification précise et la protection des souches par les industriels (brevet notamment il me semble)). ces techniques répondent au besoin de la part des industriels de protéger les souches de leur process en les identifiant de façon précise, sachant que la définition de l'espèce bactérienne est un foutoir pas possible.

[Vinc]

Envoyé par le_troll

l'identification en labo d'analyse se fait effectivement jamais comme ça. ils utilisent des galeries API.
par contre en labo de recherche et en industrie c'est utilisé.

C'est pareil pour le typage par les phages Meningo...
Et en ce qui concerne l'ARNr16S, c'est également beaucoup utilisé en Métagénomique.
A+
Vinc

[Meningo]

Envoyé par Vinc

C'est pareil pour le typage par les phages Meningo...

Tout dépend à quel stade on veut faire une identification : si on s'arrête à genre+espèce ou si on type une espèce.

[Vinc]

Heu....je ne comprend pas ton message : en général si tu as l'espèce tu as forcément le genre vu qu'un genre peut regrouper plusieurs espèces différentes.....

[Meningo]

Ce que je voulais dire c'est que pour moi "identification bactérienne" consiste à determiner le genre + espèce (ex: S.aureus) grace aux techniques biochimiques, 16S... Alors que l'utilisation des phages permet de faire des typages au sein même d'une espèce (lysotype 0 de S.aureus) pour faire de l'épidemio.
Tout dépend ce qu'on entend par "identification bactérienne"...

[Vinc]

Ha....ok je vois ce que tu veux dire mais à chaque fois que j'ai entendu parler de typage par les phages c'était pour déterminer une espèce et c'est tout....
A+
Vinc

[Lord M]

Salut !

Cette discussion mets très bien en avant le principal soucis de l'identification bactérienne : quelle est l'intérêt d'identifier un isolat, et donc jusqu'où faut il aller ?

Exemples :

- en panification : levure ou bactérie ? Identification par état frais en microscopie optique.

- en fermentation lactique : bactérie gram+ ou gram- ? Identification par coloration de gram.

- en hygiène industrielle : entérobactérie ou pas ? Identification sur milieu spécifique (VRBG)

- en sécurité alimentaire : Staphylococcus aureus ou xylosus ? je ne sais plus

- en recherche : nouvelle espèce ou pas ? La totale !!

[julie]

Je travail en laboratoire de bactériologie dans un hopital<; On utilise plusieurs tests différent suivant la bactérie a identifier:
-si on a une enterobacterie(bacille gram - oxydase- AAF)n privilegera un galerie Api20E ou un enterotube suivant les caractéres positif ou négatif on pourra déterminer legenre et l espece de la bactérie avec précision sauf pour les salmonelle ou il faudra quand meme réaliser des agglutinations pour trouver le sérotype
-si on a une bactérie type Pseudomonas(bacille gram- ox+ AS) on réalisera une galerie api 20NE qui se lit en48ha cause de l'oxanogramme
-si on a un Staphylocoque(cocci gram+ en amas catalase+) on fera une coagulase et une dnase qui sont des tests enzymatiques ce qui permettra de différencier les S.aureus des Staph.blanc pour identifier des staph blancs on réalisera une api staph
etc ....
je m arrete la ou sinon je risque d'y passer des heures si on veut faire toutes les "especes" bactériennes

[foxdie]

Bonjour a tous
parseque vous me rappellé le Mardi j ai passé un exam de systématique et écologie bactérienne je me suis bourré j ai pas pu apprendre les 15 partie et les quelques 40 éspeces et leurs caractéres et morphologie
il y avait une question qui que vous été entrainnent d aborder est
la taxonomie phénotypique est incomplete mais asque en peut tarvaille qu avec la génotaxonomie ou numérique ou Adansonniene
pour le site cherche bien de www.pasteur.fr il y a des autre je le te les donnerai la prochainne je les est oublié il sont dans mes polycopes

[dalital]

j'aime recevoir des cours sur l'identification des salmonelles merci