on enleve pas rI², c'est juste que cela concerne directement le generateur et que là on s'interresse à ce quise passe en dehors de ce dernier, au niveau de ce que tu appeles "recepteur passif".
si on se sert de U, c'est qu'on a enleve à E la tension u=rI, donc r a bien une action sur notre circuit, on ne l'enleve pas...