Il est recommandé de prendre un nombre d'échantillons qui soit une puissance de 2 pour faire ce calcul, en raison de l'algorithme de la FFT.

Si ça se trouve MATLAB ajoute des zéros au bout de tes points afin de tomber sur le bon nombre d'échantillons. Du coup, selon le nombre de 0, le résultat va différer. Regarde ce que dit la doc sur la fonction FFT.

A+