Les quarks ont évidemment une masse, comme tous les fermions. Seuls les bosons de jauge sont non massifs. Leur masse varie d'ailleurs fortement d'une génération à l'autre de quarks (une des question fondamentale de la physique des particules actuelle d'ailleurs : pourquoi cette hierarchie des masses? d'ou provient-elle?)
On détermine ces masses à partir de théories des champs non perturbatives telles que la chromodynamique quantique sur réseau.