Salut,
Il existe BkChem qui est un logiciel libre. Il est sympa mais ne s'intègre pas très bien à office je trouve. Avec openOffice je croit que c'est un peu mieux mais je n'ais pas testé.
Sinon tu as ChemSketch, tu peux en télécharger une version gratuite. Il s'intègre très bien à Word et il est très complet. Points négatifs : il est en anglais et il est beaucoup plus compliqué qu'IsisDraw alors que tu n'utiliseras probablement pas beaucoup plus de fonctionalités.