Citations de l'Encyclopédia Universalis :
Dans une lignée, les variations observables pour un même caractère correspondent à deux états : un état plésiomorphe (c’est-à-dire ancestral, « primitif ») présent chez l’ancêtre et un état apomorphe (dérivé, « évolué ») chez les descendants. Plésiomorphie et apomorphie sont des concepts relatifs se définissant l’un par rapport à l’autre. Supposons que l’on connaisse les états successifs d’un même caractère a au cours de la généalogie. Nous les appellerons par exemple a X aH X aHH. Dans cette séquence ordonnée, aH est apomorphe par rapport à a mais plésiomorphe par rapport à aHH. L’orientation de la séquence du plésiomorphe à l’apomorphe est sa « polarité ».
Et j'en rajoute :
Tout l’édifice analytique repose donc sur la reconnaissance des apomorphies. Cette tâche est délicate, car les similitudes partagées entre plusieurs taxons peuvent être interprétées de trois façons différentes : il peut s’agir soit d’une synapomorphie qui nous indique une relation de groupes frères, soit d’une symplésiomorphie, soit d’une convergence adaptative sans signification phylétique particulière.
Donc pour ceux qui sont rétifs à ce vocabulaire que je trouve très pédant (c'est pour juger sur pièces que j'ai donnée des citations), une synapomorphie est un caractère évolué présent dans deux groupes qui partages un ancêtre commun, et une symplésiomorphie un caractère primitif partagé par deux ou plusieurs groupes.
Par comparaison paraphylétique est plus simple :
Actuellement, les Reptiles nous apparaissent donc comme l’exemple même de ce que les « cladistes » appellent un groupe paraphylétique, et c’est ce statut qui est sans nul doute à l’origine des multiples ambiguïtés et difficultés soulignées ci-dessus.
Un groupe systématique paraphylétique n’est pas un groupe véritablement naturel, aux sens évolutif, généalogique et systématique, pour les systématiciens cladistes, alors qu’il est admissible pour les systématiciens traditionnels.
Autrement dit certains groupes ne sont pas des groupes naturels mais des ensembles qui ont été créés sur la base de ressemblances superficielles et qui ne partagent pas un ancêtre commun.
Et voila... On aurait pu dire la même chose sans se vautrer dans le grec à outrance.