Le NTFS est plus sécurisé (la partition est protégée par un mot de passe administrateur, c'est d'ailleurs pour cela qu'il ne faut pas utiliser le compte Administrateur couramment sous Windows2000/XP), gère les droits d'utilisateur (possibilité de rendre certains dossiers confidentiels pour un utilisateur, etc.). Bon après ces petites protections ne sont certainement pas aussi efficaces que celles qui peuvent exister sur des partitions Linux par exemple, mais c'est un petit plus...

Dans la pratique, j'ai aussi observé que les scandisk et défrag étaient moins nécessaires sur NTFS que sur FAT32 : le système de fichiers semble plus stable (moins d'erreurs lors de lecture/écriture), et la fragmentation des fichiers influe moins sur les performances du système. J'ai tourné 3 ans avec Windows98 en FAT32, 1 an sous WindowsXP avec une partition en NTFS et l'autre en FAT32, et maintenant c'est tout en FAT32, et j'ai cru observer ça. M'enfin c'est plutôt un avis personnel et subjectif.