Bonjour,
Je ne suis pas sur d'avoir bien compris la question...
Ca dépend un peu du problème... Dans l'approximation des petites déformations (cas général de l'élasticité linéaire), l'état de référence est en général choisi comme l'état non déformé. Ensuite, la question du repère dépend du problème précis... En particulier, pour les problèmes de flexion, on peut avoir de grands déplacements malgrè les petites déformations. Il vaut alors mieux prendre un repère le long de la poutre (curviligne).