Les galaxies sont en effet le plus souvent regroupées en amas, ces amas étant eux même regroupés en "filaments". Ces structures irrégulières sont la conséquence de la gravitation sur la matière primordiale avant même que la première génération d'étoiles apparaisse. Des simulations ont été faites qui reproduisent très bien cette structure filamenteuse de l'univers primordial et aux noeuds de ces filaments sont apparues les galaxies. C'est la gravité qui mène le bal, même si une mystérieuse "energie noire" semble avoir aussi un rôle...
Dans les amas de galaxies il n'est pas impossible qu'il y ait une orientation privilégiée des galaxies, car elles sont liées gravitationnellement et si l'amas à une rotation résiduelle, cela peut avoir des conséquences sur l'orientation de leurs propres axe de rotation, mais le phénomène est (je crois ?) très faible et très peu perceptible.
J'ai lu quelque part que les astronomes recherchaient d'éventuelles lentilles gravitationnelles en analysant l'orientation des galaxies lointaines. Si c'est aléatoire, c'est qu'il n'y a pas de lentille, autrement les galaxies semblent s'orienter "circulairement" autour de cette lentille ((anneaux d'Einstein). Donc je dirais que sauf pour ce phénomène, les galaxies semblent orientées au hasard.