La CCM n'a rien a voir avec la perméation de gel, et la silice utilisée, aux dernières nouvelles, n'est pas poreuse. La vitesse de migration ne dépend pas de la taille des molécules, mais juste de la différence d'affinité qu'a le soluté pour la silice et le solvant.
Et justement, en jouant sur le pH de ton éluant (au passage, 2.8 ce n'est pas "très" acide) tu modifie la solubilité des acides aminés, donc les conditions de migration, donc la résloution de certaines taches.