Bonjour cette technique s'appelle le FRET Fluorescence Resonance Energy Transfert. On utilise effectivement des fluorophores dont les spectres d'émission pour l'un et d'excitation pour l'autre se recouvrent.
Mais attention cette technique repose sur un transfert d'énergie par résonnace des orbitale moléculaire des molécules et pas par fluorescence du donneur.

La mesure peut se faire effectivement en excitant le donneur en regardant la fluorescence de l'accepteur, mais d'autres méthodes sont plus précises, comme le photoblanchiment de l'accepteur (méthode destructive) ou la mesure des durées de l'état excité du donneur (FLIM fluorescence lifetime imaging).

Un article Wikipedia à compléter : http://fr.wikipedia.org/wiki/Transfe..._fluorescentes