ARN double-brins

[invite84f7e699]

Je cherche des informations concernant l'ARN double-brins, sites internets, livres, etc..

Merci de vos réponses.
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[Yoyo]

Salut,

Ce sera avec plaisir que tu je te donnerais meme des informations personalisees si tu me dis ce que tu veux savoir sur l'ADN

Pour les sites je n'en n'ai pas comme ca, ca depends encore une fois surtout de quel genre d'info tu cherches.

Yoyo

[invite84f7e699]

Je cherche surtout des infos sur l'interference à ARN.

[Yoyo]

Salut,

oups j'avais mal lu ops:
Pour le RNAi, ca pose pas trop de probleme non plus
Tu cherches des ref bibliographiques (articles scientifiques?) ou le principe? les applications? etc...

Il y a eut cette news sur futura il y a quelques temps :
L'ARNi utilise en therapie

Yoyo

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite84f7e699]

Tu cherches des ref bibliographiques (articles scientifiques?) ou le principe? les applications? etc...

Surtout des infos sur le principe.

[inviteb73ce398]

Je cherche surtout des infos sur l'interference à ARN.

Une revue recente est parue dans Nature (Hanon, 2002, vol 418, p244).

[Yoyo]

Salut,

Alors le principe est simple... mais tu as quel niveau pour savoir a quel point rentrer dans les details!

Le principe est d'exprimer un petit ARN complementaire a une portion d'un ARNm. Apres ce petit ARN va s'apparier avec la region de l'ARNm concernee. La il y a deux cas de figures: Le complexe d'ARN double brin est pris en charge par un complexe enzymatique qui va provoquer la degradation complete de l'ARNm.
Soit cet region va provoquer l'inihbition de la traduction, ce qui va revenir a inactiver le gene de maniere spécifique sans affecter les autres genes.

Yoyo

[invite84f7e699]

Merci mais c'est un peu leger.

Quel est le role de la RNaseIII Dicer, de la proteine kinase PKR

[Yoyo]

Ah oui en effet...

Bon

Dicer: Clive les ARN double brin de grande taille en petits fragments de 21-22nt qui sont ceux qui vont jouer le role d'inhibition ou de degradation de l'ARNm.

La PKR: est une proteine kinase ARN double brin dependante. En gros elle est activée lorsqu'un ARNdb rentre dans la cellule (ce mechanisme sert de protection contre les virus a ARN qui sont souvent ARN double brin). Une fois la PKR activée elle va phsophorylée le facteur de traduction eIF2 qui deviens inactif, ce qui bloque l'initiation de la traduction.


j'espere que ca t'ira
Yoyo

[invite84f7e699]

Merci beaucoup c'est bien ce que j'avais compris.

Peux tu me dire ce que sont les IFN genes
Je pense qi'ils sont lés à la synthèse d'interferons mais je n'en suis pas sur.
De plus j'ai lu que le phénomène d'interference pouvait jouer un role dans la lutte contre les infections virales

[inviteb73ce398]

Merci mais c'est un peu leger.

Quel est le role de la RNaseIII Dicer, de la proteine kinase PKR

Merci mais c'est un peu leger.

Quel est le role de la RNaseIII Dicer, de la proteine kinase PKR

Dicer reconait l'ARN double brin et le clive en fragment d'environ 22 nucleotides. Ces fragments d'ARN vont etre reconnus par un autre complexe moleculaire, le RISC (RNA-induced silencing complex) qui lui est responsable de la degradation du messager. De ce que je crois savoir, PKR est une RNA-dependent kinase et un systeme de defense non specifique, c'est a dire que cette enzyme est responsable de l'arret de traduction general lorsque des ARN double brins sont presents ce qui a laisser croire que le gene silencing chez les mammiferes seraient impossibles.
L'une des grandes difference entre le gene silencing des invertebres et des mammiferes est son "amplification". Chez C.elegans par exemple, la presence d'une infime quantite de siRNA est suffisante pour eteindre le gene viser a tout l'organisme et de ce transmettre a la generation suivante. Ce systeme semble absent chez les mammiferes puisque le silencing n'est que transitoire et se perd rapidement.

[inviteb73ce398]

J'ai ete double sur ce coup la!!

[Yoyo]

salut,

IFN. Oui c'est en rapport avec l'interferon. en fait des etudes ont montrees que la voie d'inactivation des ARNm ciblés par les petits siRNA (22nt) etait indépendante de la voie de reponse de l'interferon qui inactive les genes de maniere non spécifique. cette voie est activée par las grands ARN double brin. Cette seconde voie (IFN) est donc activé par les ARN de taille sup a 30 nt et passe justement par l'activation de la proteine PKR. Elle est dite non specifique car la phosphorylation du facteur IF2alpha inhibe la traduction de maniere generale (non specifique d'un gene en particulier).
La voie de l'INF active aussi une autre enzyme (2'-5'-oligoadenylate synthetase) qui provoque la degradation des ARNm de maniere non specifique par l'intermediraire de la RNase L

POur les developpement therapeutique contre les virus, l'idee est de ciblee grace a ces petits ARN des sequences des ARN viraux afin de les inactives. Des resultats recents publies dans PNAS montrent par exemple qu'il est possible d'empecher la replication du virus de l'hepatite C de cette maniere.
(voir aussi la news de futura-sciences, citee plus haut).

Yoyo

[Yoyo]

J'ai ete double sur ce coup la!!

Desole Igothigh
Mais au moins on ne se contredit pas c'est deja ca

Yoyo

[invite84f7e699]

Merci encore pour ton aide.
J'ai plus de questions pour le moment, mais qui sait peut etre plus tard.

Tu bosses dessus pour en connaitre autant, ou c'est en tombant sur un article que tu t'y es interessé

[Yoyo]

De rien
Si tu as d'autres questions n'hesite pas. C'est en effet un sujet tres interessant.

Je travaille sur la traduction, et sur la structure des ARNm, donc c'est un domain tres proche du RNAi!
en plus l'ete dernier j'ai assiste a un seminaire d'un pris nobel de medecine sur le sujet et c'etait vraiment passionant

A+
Yoyo

[inviteb73ce398]

Mais au moins on ne se contredit pas c'est deja ca

Yoyo

Exact... meme si ca donnerait un peu de piment

[inviteb73ce398]

Moi, du coup, j'ai aussi une question.
Connait-on les determinants qui dirigent (s'il est dirige) le clivage par Dicer?
En fait, c'est purement pratique. Il semble que certains siRNA soient plus efficaces que d'autre (certains avancent une chance sur 4 de tomber sur le bon, ce qui est relativement faible) et donc se lancer dans ce genre de technique peut etre "time consuming". Y a t-il donc un moyen de determiner les regions de l'ARN les plus susceptibles d'avoir un effet suppresseur reel?
J'avais assiste a un seminaire ou une boite vendant des oligos avait developpe un logiciel pour determiner les sequences les plus susceptibles de fonctionner. Selon eux, leur prediction etait fiable a 95%. Seulement, c'etait une boite et pas moyen de connaitre les criteres de choix...

[Yoyo]

salut,

d'apres ce que je sais il n'y a pas de structure specifiant le clivage pas Dicer. Il semble que cette enzyme clive tous les grands ARN double brin, en petits fragments d'une vingtaine de nt.
Vu la variete de genes inactivable, le clivage est independant de la sequence et ne depends probablement que de la structure double brin (mais je ne serais pas affirmatif).

En revanche j'ai decouvert une autre voie d'inactivation des genes par RNAi chez C.elegans!
En effet il semble que les siRNA servent cette fois d'amorces a une RNA polymerase RNA dependante, pour polymeryser un deuxieme brin d'ARN. ainsi on se retrouve avec un ARNm double brin qui est clive en petit morceaux qui eux meme vont pouvoir jouer le role de siRNA!... ainsi le systeme s'amplifie a chaque tour de reaction! interessant non?

Yoyo

[invite65ded535]

salut,

bein oui l'intérêt du système c'est qu'il s'autoamplifie sinon on aurait du mal à avoir des inhibitions d'expression qui perdure pendant plus de 3 jours.
Mais question subsidiaire comment le système s'arrête ?

A+

seb

[inviteb73ce398]

En effet il semble que les siRNA servent cette fois d'amorces a une RNA polymerase RNA dependante, pour polymeryser un deuxieme brin d'ARN. ainsi on se retrouve avec un ARNm double brin qui est clive en petit morceaux qui eux meme vont pouvoir jouer le role de siRNA!... ainsi le systeme s'amplifie a chaque tour de reaction! interessant non?
Yoyo

Il y a un truc que je n'ai pas du comprendre. Si le siRNA sert d'amorce pour un mRNA (suppose de taille superieur a 20nt), le systeme de traduction devrait etre bloque par la PKR. A moins que pour une raison x, ce systeme soit inactive.

Mais question subsidiaire comment le système s'arrête ?

Ma question irait plutot dans l'autre sens. Pourquoi le silencing semble plus court chez les mammiferes que chez C.elegans?

interessant non?

Nul doute... ca fait un "moment" que c'est attendu...

[Yoyo]

Il y a un truc que je n'ai pas du comprendre. Si le siRNA sert d'amorce pour un mRNA (suppose de taille superieur a 20nt), le systeme de traduction devrait etre bloque par la PKR. A moins que pour une raison x, ce systeme soit inactive.

Tu as tout a fait raison, je n'ai aps de reponse a ca, cependant il me semble que la RNApol en question est nucleaire et que la pkr est cytoplasmique ca expliquerait cette apaprente contradiction...

Mais question subsidiaire comment le système s'arrête ?

La aussi j'en sais rien, j'imaginerai deux possibilite:
Soit une extinction transcriptionnelle du gene liee a une boucle genre feedback negatif, soit apr saturation du systeme, alors l'ARNm echape a la degradation et les petits arn ne sont plus produit donc disparaissent

Ma question irait plutot dans l'autre sens. Pourquoi le silencing semble plus court chez les mammiferes que chez C.elegans?

La j'ai pas compris ce qui etait plus court?

Yoyo

[inviteb73ce398]

La j'ai pas compris ce qui etait plus court?

Dans les cellules de mammiferes, le silencing dans les cellules quiescentes durent au mieux 48 a 72 h. Il diminue ensuite et se perd ne resistant pas probablement a la dilution du aux divisions cellulaires, a la degradation etc... Chez C.elegans, comme tu le disais il s'amplifie et c'est probablement la raison pour laquelle le silencing perdure et peut meme se transmettre a la generation suivante (resistant aux dilutions et a la degradation). Chez les plantes, je crois que c'est pareil. Un greffon "silenced" est capable de transmettre le silencing au "scion' receveur (la il y a meme transmission de cellule a cellule semble-t-il??).
Ce qui me fait penser que ce systeme d'amplification n'existe pas chez les mammiferes (ou est reprime pour une raison inconnue). Sais tu si cette polymerase responsable de l'amplification est presente chez les mammiferes?

[Yoyo]

ah ok, j'avais pas du tout compris ta question.
Pour la polymerase concernee je n'ai pas la moindre idee de sa repartition dans les especes... ceci etant dit ca serait en effet l'explication la plus simple pour repondre a ta question.
Le papier que j'ai lu citant ca, semblait dire que c'etait tres specifique d'elegans... mais je n'ai pas plus de details
desole

Yoyo

[invite589e19fa]

Question bête :

D'où viennent les ARNdb originaux qui sont clivés par Dicer ?