detection de germes pathogènes

letthieum · 22/07/2004, 08h52

bonjour,
j'aimerai connaitre les methodes de detection d'eventuels germes pathogènes dans:
les farines animales
les solvants
les huiles industrielles
les dechets banals (papiers/plastiques/cartons)
les cereales (grains de maïs)
merci d'avance
Matthieu

**Yoyo** · 22/07/2004, 10h20

Bonjour,

Ca depends de quels germes tu recherches. Pour certains tu peux tenter une recherche par PCR afin d'amplifier des regions du genome de la bacterie pathogene recherchee.
Sinon il y a aussi la possibilite de mettre en culture sur des milieux specifiques pour voir quels sont les bacteries presentes. Actuellement a partir de prelevement hospitalier, la maniere la plus rapide est d'utiliser des "galeries DAPI". qui sont de petites cupules contenant un sucre ou un reactif special. Ainsi en sa basant sur les proprietes biochimiques (capacite a utiliser un sucre, a reagir avec tel substrat etc..) on arrive a identifier la bacterie (enfin en general).

Yoyo

gren · 22/07/2004, 11h47

il y a énormémént de méthodes différentes mais pour cela tu dois connaitre le produit à analyser dans ton cas c'est bon mais aussi le germe que tu recherches? et là on pourra t'aider

letthieum · 22/07/2004, 15h35

voila les germes et bactéries que je recherche

- les entérobactéries
- les salmonelles
- les spores de bactéries pathogènes thermorésistantes (Clostridium perfringens)

merci

Matthieu

Meningo · 22/07/2004, 16h42

Pour pouvoir t'aider il faudrait que tu nous dises dans quel contexte tu dois faire ces recherches, et notamment de quels matériels est-ce que tu disposes.
En gros, est-ce que tu disposes du matériel pour pouvoir faire des PCR multiplex quantitatives en temps réel ..

(ou encore mieux des puces à ADN

) ou bien alors si tu peux n'obtenir que de simples géloses (a couler toi-même bien sur

)

gren · 23/07/2004, 12h55

pour ce qui est de l'alimentaire, les méthodes de culture sur milieux sont bien, après pour les autres je ne sais pas trop

nanor76 · 23/07/2004, 13h29

Citation:

Posté par Meningo

ou encore mieux des puces à ADN

mais qu'est-ce que c'est que ca??

**Yoyo** · 23/07/2004, 21h19

Bonsoir,

UNe puce a ADN est une petite lame de verre sur laquelle on a greffe des fragments d'ADN correspondant aux différents gènes d'un organisme particulier (ou plusieurs).
Ensuite il reste a faire baigner cette lamelle de verre dans un bain contenant une sonde correspondante a un gene specifique de l'organisme. ainsi en fonction des signaux détectees on est capables de dire si les genes de l'organisme considérée était présent dans l'échantillon analysé.

Yoyo

Meningo · 25/07/2004, 22h08

Je ne connais pas bien les géloses utilisées en agroalimentaire, mais je pense qu’elles sont relativement proches de celles utilisées en milieu hospitalier.

-Concernant les entérobactéries, elles poussent sur des milieux usuels pauvres (genre gélose GO, GTS : trypticase-soja….) L’identification se fait facilement : les colonies sont assez grosses, muqueuses. 5 caractères sont importants pour les identifier : bacilles, gram négatif, catalase +, oxydase-, métabolisme aéroanaérobie facultatif.
-Les salmonelles sont des entérobactéries (donc même principe que le cas général). On peut les dépister facilement grâce à des milieux contenant un substrat particulier mettant en évidence la production d’H2S par les salmonelles : colonies à centre noir (milieux SS, Hektoen). Une galerie d’identification du genre Api 20E reste indispensable.
-Pour les spores de Clostridium, il faut travailler en anaérobiose, et une gélose au sang suffit. L’identification se fait par une galerie d’identification.

Concernent l’ensemencement à partir de produits solides (déchets, céréales), je ne vois pas trop comment il faut faire (j’imagine qu’il faut broyer et les mélanger dans un bouillon de culture)

BermudaIonique · 26/07/2004, 00h29

Mais que viens faire une puce à ADN la dedans ? C'est pas du tout pour cela que c'est fait !

Le mieux c'est le millieu de culture puis l'analyse au microscope.

**Yoyo** · 26/07/2004, 00h48

Bonsoir,

L'analyse au microscope est tout de meme bien limitee et ne te permettra jamais de déterminer a quelle(s) bactérie(s) tu as a faire. Cela te permettra de dire si ce sont des cocci ou des bacilles, si la bactérie est gram+ ou -, ou si il y a une capsule, si il y a des flagelles ou non. Mais difficilement plus.

Quand c'est possible une PCR multiplexe est sans doute le plus rapide pour identifier un germe donne.
Les puces a ADN ne sont certes pas concu pour cela, mais pourrait etre developpees dans cette optique.
Yoyo

Meningo · 26/07/2004, 12h32

Citation:

Posté par BermudaIonique

Mais que viens faire une puce à ADN la dedans ?

J’en avais parlé sous forme de boutade (apparemment je dois avoir un humour particulier….)
Sinon, les puces à ADN ont un avenir certain en bactério de routine (que ce soit médical ou agroalimentaire). Il suffira simplement d’obtenir des puces sur lesquelles sont fixées des sondes spécifiques du génome de telle ou telle bactérie puis d’effectuer une hybridation à partir d’un extrait d’ADN du prélèvement à analyser.
Le gros inconvénient de son utilisation (quasi)uniquement en recherche et non en routine est son prix extrêmement élevé.
On peut quand même supposer que dans un avenir plus ou moins proche elle pourra prendre le pas , dans certains cas, sur la culture bactérienne limitée par le temps (18h + 24h d’identification en général)....ou bien une technique basée sur le même principe.