Voila j'ai une question qui sera dans mon prochain exams et j'ai pas la réponse parfaite...
alors dans les mutations alterant le promoteur:
pourquoi ces mutations sont rarement recherché alors que le promoteur est un site sensible du fait qu'il a la fonction de régulation?
et ou se situe la limite du promoteur?
Voila Help please...
la réponse est dans la question.
Ou se situe la limite du promoteur??
Il n'y en a pas réellement, ou du moins pas dans le même sens que pour un gène.
En effet il y a le promoteur proximal qui est "collé" au gène mais il y a aussi parfois un promoteur distal qui est constitué de séquence régulatrice plus éloignées et difficilement identifiables.
La taille d'un promoteur peut etre beaucoup plus grande que celle d'un gène.
Par ailleurs entre deux individues les séquence des gènes sont très conservées. Il y a plus de variation dans les régions intergènique, la ou il y a les promoteurs, et donc les mutations sont plus difficilles a identifier.
euh je pense pas que j'ai bien compri,alors on recherche rarement les mutations sur le promoteur alors qu'elles sont trés fréquante a ce niveau?!juste parcequ'elle sot difficilles à identifier?il y aura pas d'influence sur le géne et le phénotype?...
Salut,
Je pense que ce que veut dire fafac (dit moi si je me trompe !) c'est que, comme les séquences intergéniques sont très différentes entre les individus, ils n'y a pas d'intérêt à en rechercher les mutations. Pour considérer une mutation il faut se baser sur une "norme". Or si tout est différents entre tous les individus on ne peut considérer de norme.
Mais au fait, tu parles de chercher des mutations, mais dans quel but ? Diagnostique, recherche fondamentale ?
merci pour la réponse c'est peut étre ça!
je parlais de chercher des mutations ds le cadre de recherche fondamentale...
Les mutations sont frequentes dans les regions intergeniques, mais un peu moins au niveau des promoteurs, surtout au niveau precis des sites de fixation des facteurs de transcription.
Mais il existe des mutations aussi, elles affectent la quantite de transcrit produite quand le gene "s'allume". Certains de ces polymorphysmes ont ete associes a des pathologies...
On immagine bien, par exemple, que quelqu'un qui est moins capable de produire certaines cytokines en quantite par exemple repondra moins bien a une attaque bacterienne ou virale.
La vieille tradition de ne regarder que les mutations dans la sequence codante viens a la fois d'une raison technique, ou avant on avait bien plus facilement acces a cette sequence qu'aux sequences regulatrices...et aussi probablement a l'habitude de considerer comme plus importante la relation sequence-structure-fonction des genes et proteines pour comprendre les maladies. mais ca change depuis longtemps maintenant, on s'interresse aux promoteur aussi.
Romain-Daniel Gosselin
Je me pose aussi cette question, vos réponses sont convaincantes mais sont contradictoires, j'aimerais svp avoir un peu plus d'éclaircissement merci.
D'une part, il est dit que les mutations touchant le promoteur sont rares et c'est la raison pour laquelle elles sont rarement recherchées, d'autre part, vous dites qu'au contraire elles sont nombreuses ce qui rend leur recherche difficile et donc rare, ça tient la route mais quelle est la réponse exacte svp merci encore.
Salut,
Les mutations fonctionelles sont rares. maintenant sur une region promotrice de parfois plusieurs dizaines Kb, il est tres difficile de savoir quelle mutation est importante ou pas. Pour trouver une mutation il faut partir d'une sequence qui n'en a aucune, or si chez un patient atteint d'une maladie, tu sequences la region et tu trouves 50 mutations, tu ne va pas savoir si elles ont un effet ou pas. Du coup tu as perdu ton temps.
Cela dit, chez des organismes plus simple comme les procaryotes, la recherche de mutation dans le promoteur est systematique. Mais la on parle de promoteur de maximum 1 Kb.
A+
Merci d'avoir pris la peine de me répondre, c'est plus clair à présent.
Bonsoir a tous;
Est ce que cela n'est pas dû au fait qu'il y ait plusieurs promoteur? Donc si il y a mutation dans l'un d'eux, la polymérase ne reconnaîtra pas un promoteur mais reconnaîtra un autre? Enfin c'est une hypothèse car je ne sais même pas si il y a plusieurs promoteur (Et même promoteur pas les alternatifs) qui précedent un gêne?
Encore une question pour moi, c'est quoi le but d'utiliser les marqueurs? c'est a dire les microsatellites, les minisatellites, les SNP... ça permet de cerner un gêne qu'on suspecte d'après ce qu'on nous a expliqué mais pourquoi on fait pas un séquençage du gêne directement, detecter la mutation, ça serait plus simple que rechercher ces marqueurs non?
Merci d'avance.
Peut-être parce qu'il est plus efficace pour l'organisme que les mutations ne soient pas dans le promoteur lui-même.
Mais les polymorphismes de promoteurs, cela existe!
pour ta question, d'après ce que j'ai compris, ces marqueurs permettent non seulement de détecter la mutation mais aussi de suivre sa transmission, ils servent de repères en quelque sorte et je pense que c'est plus facile que le séquençage je m'explique dans le séquençage tu ne sais pas où est la mutation tu "balaies" l'ADN jusqu'à ce que tu atteignes la mutation,par contre, grâce aux marqueurs qui servent de repère tu te diriges directement au niveau de la mutation, enfin à mon humble avis, ça nécessite confirmation. bon courageEnvoyé par jess88
Bonsoir a tous;
Est ce que cela n'est pas dû au fait qu'il y ait plusieurs promoteur? Donc si il y a mutation dans l'un d'eux, la polymérase ne reconnaîtra pas un promoteur mais reconnaîtra un autre? Enfin c'est une hypothèse car je ne sais même pas si il y a plusieurs promoteur (Et même promoteur pas les alternatifs) qui précedent un gêne?
Encore une question pour moi, c'est quoi le but d'utiliser les marqueurs? c'est a dire les microsatellites, les minisatellites, les SNP... ça permet de cerner un gêne qu'on suspecte d'après ce qu'on nous a expliqué mais pourquoi on fait pas un séquençage du gêne directement, detecter la mutation, ça serait plus simple que rechercher ces marqueurs non?
Merci d'avance
Bonsoir;
Oui mais du moment que tu choisis tes marqueurs, ces derniers sont de part et d'autre du gêne dont tu suspecte la mutation donc tu connais ce gêne en question et même si le séquençage est disons laborieux, il y a bien d'autre méthode comme le DGGE ou autre, alors pourquoi n'a t on pas recours a ces techniques?pour ta question, d'après ce que j'ai compris, ces marqueurs permettent non seulement de détecter la mutation mais aussi de suivre sa transmission, ils servent de repères en quelque sorte et je pense que c'est plus facile que le séquençage je m'explique dans le séquençage tu ne sais pas où est la mutation tu "balaies" l'ADN jusqu'à ce que tu atteignes la mutation,par contre, grâce aux marqueurs qui servent de repère tu te diriges directement au niveau de la mutation, enfin à mon humble avis, ça nécessite confirmation. bon courage
Merci pour ta réponse mais comment ça efficace pour l'organisme? L'organisme ne choisit pas les mutations, elles s'imposent a lui ou ai je mal compris??Peut-être parce qu'il est plus efficace pour l'organisme que les mutations ne soient pas dans le promoteur lui-même.
Mais les polymorphismes de promoteurs, cela existe!
Et concernant les polymorphisme, cela ne concerne pas les séquences concensus comme le TATA box sinon il y aura un vrai souci.
Encore une chose, quel est la différence entre polymorphisme et mutation? Pourquoi ne considère-t-on pas la mutation silencieuse comme un polymorphisme?
Merci d'avance
Hello,
Ce que j'y ai compris c'est que les mutations au niveau des séquences régulatrices subissent une assez forte pression de sélection. Càd que l'on ne peut pas "accepter" que les mutations surviennent trop et/ou trop souvent parce que changer le niveau d'expression d'un gène peut être mauvais pour l'organisme concerné.
Je suis un peu à l'ouest depuis quelques jours, mais là je ne comprends pas... Une séquence consensus est une séquence qui regroupe les bases les plus fréquemment rencontrées dans les cas de plusieurs possibilités... Or, j'ai l'impression qu'ici tu utilises le mot "polymorphisme" pour parler de variabilité. Ai-je raison?Et concernant les polymorphisme, cela ne concerne pas les séquences concensus comme le TATA box sinon il y aura un vrai souci.
Voilà ce qu'est une mutation : http://fr.wikipedia.org/wiki/Mutatio...A9n%C3%A9tique)Encore une chose, quel est la différence entre polymorphisme et mutation? Pourquoi ne considère-t-on pas la mutation silencieuse comme un polymorphisme?
Merci d'avance
Et voilà ce qu'est le polymorphisme : http://fr.wikipedia.org/wiki/Polymor...%C3%A9tique%29
Cordialement,
Bonsoir;
Concernant les séquences consensus, je pense que la TATA box en fait partie étant donné qu'on la trouve dans quasiment tous les promoteurs de nos gêne et donc pour moi si il y a changement au niveau de ce fragment d'ADN , on ne parlera plus de polymorphisme mais plutôt de mutation car cela affecterait largement la transcription du gêne soit en sur-exprimant ou en l'inhibant et cela se refléterait sur le phénotype, enfin je pense.
Merci pour les liens même si le premier ne marche pas mais cela ne répond pas a ma question car la mutation d'après mon cours différe par le fait que cette dernière se manifeste phénotypiquement donc est pathologique contrairement au polymorphisme hors la mutation silencieuse ne remplit pas ce critére??
Bonne nuit et merci
Donc si j'ai bien compris toute mutation est polymorphisme, mais tout polymorphisme n'est pas mutation ? dsl si je vous embrouille
Pou ta réponse jess je suis d'accord avec toi, je ne me retrouve plus avec toutes ces techniques, pourquoi utiliser une technique plutot qu'une autre that is the question
concernant la mutation qui touche le promoteur à mon humble avis c'est surtout du au fait à la présence de plusieurs promoteurs , la mutations n' a pas de conséquences fâcheuses et du coup elle n'est pas recherché
la notion plusieurs promoteurs pour un gène est retrouvé dans plusieurs types de cellules danc cette hypothèse peut tenir la route
bonne chance à toute ma promo
Salut,
J'ai plusieurs remarques
J'espère bien que l'on t'a dit que la TATA-box est une séquence consensus!
Si l'on parle de séquence consensus, on ne parle pas de séquences exactes mais de séquences approchées d'une séquence moyenne mais différant seulement par quelques paires de bases.
Par ailleurs, il existe des promoteurs TATA-less (LXR doit en connaître un bout
La TATA-box n'est pas un fragment d'ADN! Elle remplit une fonction, mais n'est pas séparée physiquement (càd ne représente pas un fragment qui se balade dans la cellule).
Ce que je ne pige pas c'est la chose suivante : comment peux-tu affirmer d'un côté que c'est une séquence consensus et d'un autre dire que ça ne supporte aucun changement?Cela signifierait que pour les promoteurs possédant TATAAA par exemple alors que la séquence consensus est TATAAT, on parlerait obligatoirement de mutation... Je pense que tu devrais te pencher un peu sur la définition de séquence consensus
Le premier ne marche pas? Bon, si tu cherches "mutation" sur Google, tu tomberas sur pas mal de choses accessibles. Je t'avais donné le lien sur Wiki qui est assez bien rédigé.Merci pour les liens même si le premier ne marche pas mais cela ne répond pas a ma question car la mutation d'après mon cours différe par le fait que cette dernière se manifeste phénotypiquement donc est pathologique contrairement au polymorphisme hors la mutation silencieuse ne remplit pas ce critére??
Une mutation n'est pas obligatoirement liée à un phénotype pathologique. Sinon, quid des mutations dans les introns? Quid des mutations dans les pseudogènes (tant qu'ils ne bougent pas, ok). Quid des mutations silencieuses?
Je pense que dans ton cours on vous borne les choses pour que vous puissiez mettre des étiquettes très scolaires sur les notions, ce qui n'est pas terrible...
Est-ce que toutes les techniques servent à la même chose? Autrement dit, pourquoi utiliser une technique non adaptée à la recherche de quelque chose alors qu'une adaptée existe ou peut être créée?
Je pense que tu vas un peu trop vite et fais des conclusions un peu trop catégoriques
Tu veux bien approfondir? Quels sont les gènes ayant plusieurs promoteurs? Et est-ce que c'est la majorité des gènes pour que l'on puisse appliquer cette hypothèse...?la notion plusieurs promoteurs pour un gène est retrouvé dans plusieurs types de cellules danc cette hypothèse peut tenir la route
Cordialement,
J'ai une autre question, si vous permettez, pour quelles raisons les séquences riches en GC ont elle un fort taux de mutations ? d'après ce que j'ai trouvé c'est parsque ces séquences sont des séquences dites "points chauds" ( ou fortement mutagène ) fortement sujettes à des méthylations, plus exactement la cytosine, ce qui conduit à la condensation de la chromatine et à l'inhibition de la transcription du gène. si quelqu'un a davantage d'informations à ce sujet qu'il me corrige ou m'éclaire un peu plus, merci.
Bonjour;
Désolé pour le retard MaliciaR, je suis en période d'exams et c'est pas évident
Eh ben, effectivement, je croyais qu'une séquence consensus, était la même séquence partout, or ce n'est pas le cas d'après ce que m'as dit, donc il y a un polymorphisme si on veut d'un promoteur a un autre?Ce que je ne pige pas c'est la chose suivante : comment peux-tu affirmer d'un côté que c'est une séquence consensus et d'un autre dire que ça ne supporte aucun changement? Cela signifierait que pour les promoteurs possédant TATAAA par exemple alors que la séquence consensus est TATAAT, on parlerait obligatoirement de mutation... Je pense que tu devrais te pencher un peu sur la définition de séquence consensus
Possible mais pourtant je suis universitaire, en tous les pour différencier la mutation du polymorphisme, il faut calculer l'incidence, si elle est supérieure a 1% >>> polymorphisme , si elle en est inférieure >>> MutationJe pense que dans ton cours on vous borne les choses pour que vous puissiez mettre des étiquettes très scolaires sur les notions, ce qui n'est pas terrible...
, en plus du phénotype, voili voilou.
A mon avis, si on raisonne logiquement, et c'est le cas de ta théorie car les cytosines méthylées ou pas subissent des désaminations fréquentes source de mutation, donc si:J'ai une autre question, si vous permettez, pour quelles raisons les séquences riches en GC ont elle un fort taux de mutations ? d'après ce que j'ai trouvé c'est parsque ces séquences sont des séquences dites "points chauds" ( ou fortement mutagène ) fortement sujettes à des méthylations, plus exactement la cytosine, ce qui conduit à la condensation de la chromatine et à l'inhibition de la transcription du gène. si quelqu'un a davantage d'informations à ce sujet qu'il me corrige ou m'éclaire un peu plus, merci.
1/ Cytosine normal subit une désamination, on sera en présence d'une Uracile, base inhabituelle de l'ADN qui sera systématiquement excisée et remplacée.
2/ Cytosine méthylée qui subit une désamination, on aura une thymine , base tout a fait habituelle, et au lieu de réparer la thymine, on remplace le Guanine par une adenine, et la mutation se produit.
Cela reste un avis perso, je préfère qu'on te confirme
A+
Hello,
On te le permet
Ce serait quand même sympa de penser aux autres aussi : je t'avais posé une question qui voulait que tu apportes des précisions à une de tes interventions. Pourrais-tu y répondre?
Sinon, c'est marrant, mais tu "expliques" quelque chose par sa conséquence
Comme tout le monde, rassure-toi
Je n'ai pas très bien compris en quoi le fait que tu sois universitaire pourrait ne pas te permettre d'avoir une définition précisePossible mais pourtant je suis universitaire, en tous les pour différencier la mutation du polymorphisme, il faut calculer l'incidence, si elle est supérieure a 1% >>> polymorphisme , si elle en est inférieure >>> Mutation
, en plus du phénotype, voili voilou.
Euh, ton 1/ commence bien : oui, si la C subit une désamination, elle donne U. Ceci dit, il n'est pas si systématique que cette U soit réparée. Suite à quoi, à la réplication suivante, on aura une A en face de U, ce qui implique que là où avant on avait un G (en face de C), on aura un A. Ici, on a une apparition de mutation. Ceci dit, il est plutôt admis que réparation se fait (système des N-glycosylases, si je ne m'abuse).1/ Cytosine normal subit une désamination, on sera en présence d'une Uracile, base inhabituelle de l'ADN qui sera systématiquement excisée et remplacée.
2/ Cytosine méthylée qui subit une désamination, on aura une thymine , base tout a fait habituelle, et au lieu de réparer la thymine, on remplace le Guanine par une adenine, et la mutation se produit.
Le 2/ est ok.
Tu as aussi tout ce qui est alkylations des G. Il y a ajout d'un groupement -CH3 ou d'un groupement -CH2CH3 sur la G, ce qui provoque la rupture des liaisons H entre G et C. Ca peut provoquer le remplacement du C par un T (mésappariement de G avec la T). En voilà une autre, de mutation
Hope that helps.
Cordialement,
Ben je croyais que qd était universaliste, on était sensé dépassé les stades d'étiquettes scolairesJe n'ai pas très bien compris en quoi le fait que tu sois universitaire pourrait ne pas te permettre d'avoir une définition précise Ce que tu exprimes ici n'est pas la même chose que ce que tu énonçais précédemment, c'est beaucoup plus précis maintenant
Merci pour précision concernant ma réponse.
Jess
je ne peux aprofondir mais le prof m'a dit que ca peut exister dans plusieurs types de cellules
[QUOTE=MaliciaR;1723185]Salut,
Est-ce que toutes les techniques servent à la même chose? Autrement dit, pourquoi utiliser une technique non adaptée à la recherche de quelque chose alors qu'une adaptée existe ou peut être créée?
Je suppose que c'est de cette question que tu parlais, en fait je pensais que c'était une question rhétorique c'est la raison pour laquelle je n'ai pas répondue, mon malaise se situe dans le fait qu'il existe plusieurs méthodes qui servent à la même chose c'est ces techniques là qui me posent problème je n'arrive pas à discerner la nuance qui existe entre les techniques je cite par exemple pour les techniques de screening des mutations ( PCR-digestion, méthode ASO, SSCP, DGGE, DHPLC, séquençage), la question est quelle est la plus adaptée pour justement détecter une mutation, merci.
sinon pour ma question et pour ton intervention, en ce qui concerne le rapport entre méthylation et condensation, d'après ce qu'il y a dans mon cours, je cite:"la méthylation de l'ADN pourrait induire une déacétylation des histones et favoriser l'hétérochromatinisation (donc condensation)" pour ce qui est de mon explication je ne demande qu'à etre corrigée, merci encore.
Bonjour;
Pour ton autre question pharmacist, la DHPLC est je pense la plus sensible car elle regroupe les avantages de la SSCP et de la DGGE car l'avantage principale de la SSCP c'est la rapidité a laquelle se fait la technique mais la fiabilité n'est pas très importante (Juste 75%), je m'explique: Si dans la SSCP on a 2 conformations identiques de notre brin, cela n'implique pas qu'on a la même variation de la séquence, alors que pour la DGGE (Fiabilité de 84%), si on a le même profil, cela impliquerait qu'on a la même variation, par conséquent:
La DHPLC a la rapidité de la SSCP et la fiabilité de la DGGE et par dessus le marché n'exige pas la connaissance de la mutation comme l'ASO.
t pour répondre a ma propre question: Oui le brin muté dans la DGGE peut s'ouvrir précocemment (Etre retardé) ou après (Etre avancé) par apport au brin normal.
Ceci dit aucune de ces technique ne peut nous spécifier l'emplacement de la mutation ou le nombre de mutations.
Voili voilou, j'espère t'avoir aidé pharmacist
Jess
Merci jess c'est on ne peut plus clair à présent, cependant j'ai une autre question svp dans un sujet j'ai trouvé une question qui est la suivantearmi les techniques de screening des mutations utilisées au labo, quelle est celle que choisisseriez pour détecter 99.99% des variations de séquence. cette technique vous renseigne-t-elle sur la nature de la variation? si non quelle est celle qui donne le plus de précision en dehors du séquençage. pour la 2ème partie de la question je pense que c la DHPLC, et pour la première d'après moi c'est le séquençage, mais bon reste à confirmer.merci
après mûre reflexion, le séquençage est une méthode qui permet la caractérisation de la mutation donc ma première réponse est incorrect ça doit etre soit la DGGE ou la DHPLC, pour la 2ème réponse franchement je sais pas ce qu'on pourrait utiliser comme méthode mise a part le séquençageMerci jess c'est on ne peut plus clair à présent, cependant j'ai une autre question svp dans un sujet j'ai trouvé une question qui est la suivante
Oui c'est exactement ce que j'aurai dit.
J'ai une question encore concernant les mutations, et plus spécifiquement les mutations non-sens qui serait a l'origine d'un codon stop et par conséquent a une protéine tronquée, mais que se produirait il si la mutation au lieu de créer un codon stop, l'abolirait? Obtiendrait on une protéine trop longue, sachant que le codon stop n'influe aucunement sur la transcription qui dépend de la séquence AAUAAA et donc l'ARNm sera le même et au niveau de la traduction qu'est ce qui va se passer si on a plus de signal d'arrêt
Merci d'avance.
