[génétique] Génétique avec les génomes non séquencés

[tortuga]

Bonjour,

En microbiologie, comment fait-on pour travailler avec des gènes (design de primers, mutagenèse dirigée etc) lorsque la bactérie que l'on utilise n'a pas été séquencée ? (C'est sur qu'avec K-12, les problèmes sont moins difficiles à régler ! )

Bien à vous,

T.

[jmbowie]

Citation:

Posté par tortuga

Bonjour,

En microbiologie, comment fait-on pour travailler avec des gènes (design de primers, mutagenèse dirigée etc) lorsque la bactérie que l'on utilise n'a pas été séquencée ? (C'est sur qu'avec K-12, les problèmes sont moins difficiles à régler ! )

Bien à vous,

T.

Il ne me semble pas prudent de vouloir muter un gène dont tu ne connais pas la séquence qui t'assurera qu'il est potentiellement exprimé, la protéine active etc.
Si tu connais le gène que tu veux muter, tu peux essayer de voir dans les génomes séquencés quel est le degré de conservation de ce gène (si il est elevé, pas de souci...) ou en tout cas les domaines les plus conservés. Dans ce cas, le plus sage serait de dessiner une amorce dans la région la plus conservée , de séquencer de proche en proche jusqu'à la fin de ton gène.
D'autre part, si c'est "juste" que tu travailles avec une Escherichia Coli qui n'est pas K-12 (la "sauvage" de référence), suffit de se renseigner sur le génotype et la façon dont elle a été construite.

J'ai plein d'autres idées mais il me faudrait plus de renseignements sur ce que tu veux faire

[gorben]

Salut,

Tu adaptes des techniques vieilles de 30 ans, avant la pcr et le sequencage des genomes (transposons, phages, southern blot...)

Tu peux aussi utiliser des oligos degeneres pour tenter l'amplification de ton gene.

A+

[Lord M]

Salut !

Tu peux recenser toutes les espèces (ou souches) proches de la tienne qui ont déjà été séquencées et tu fais des alignements de séquences pour trouver les régions conservées. A partir de là, designe de primers dans les régions conservées, séquençage des fragments PCR, cloange du gène dans un plasmide, mutégénèse dirigée, tout est possible

Par exemple si tu travailles sur un coli, ca serait une perte de temps de faire séquencer une souche précise, vu le nombre de souches qui ont déjà été séquencées.

[jmbowie]

Citation:

Posté par Lord M

Salut !

Tu peux recenser toutes les espèces (ou souches) proches de la tienne qui ont déjà été séquencées et tu fais des alignements de séquences pour trouver les régions conservées. A partir de là, designe de primers dans les régions conservées, séquençage des fragments PCR, cloange du gène dans un plasmide, mutégénèse dirigée, tout est possible

Par exemple si tu travailles sur un coli, ca serait une perte de temps de faire séquencer une souche précise, vu le nombre de souches qui ont déjà été séquencées.

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