génétique inverse

[vero0oo]

Bonjour,

Savez-vous ce qu'on entend par "des approches de génétique inverse" par rapport aux "approches classiques"? Quelles sont les techniques que recouvre ce terme?

Merci d'avance pour vos réponses.

Véro

[Ptitseb]

A confirmer:
Pour ce que j'ai compris de la genetique inverse: Sur un lot de malade atteint par exemple de la chorée de Huttington, au lieu de chercher les causes de la maladie (protéines absentes, mal synthétisées etc..) pour pouvoir ensuite remonter au(x) gène(s) [approche classique], la genetique inverse étudie les génotypes des malades en le comparant à des individus "sains" en espérant pouvoir localiser le(s) gène(s) responsable(s) puis éventuellement l'identifier.. (les), puis déterminer quelle(s) protéine(s) font défaut ou est (sont) innéficientes..

Voilou.. En espérant ne aps avoir dit trop de conneries :S

[nayeki]

C'est pas vraiment ca

Genetique inverse s'oppose a "forward genetic" qui consiste a faire un screen genetique et selectionner des mutants, on part donc du phenotype. Ce sont les techniques classiques utilisees par Morgan et Miller. Ensuite on "map" la mutation en observant la segregation par rapport a d'autres marqueurs genetiques ==> recombinaison etc.

La genetique inverse part du principe que l'on connait deja le gene mais on n'a pas la moindre idee de sa fonction. Donc on delete ce gene (disruption, KO, RNAi au choix) et on observe le phentopype.

[vero0oo]

Bonsoir,

Merci Ptitseb et Nayeki

la genetique inverse étudie les génotypes des malades en le comparant à des individus "sains" en espérant pouvoir localiser le(s) gène(s) responsable(s) puis éventuellement l'identifier.. (les), puis déterminer quelle(s) protéine(s) font défaut ou est (sont) innéficientes..

C'est ce qu'on appelle SNP (Single Nucleotide Polymorphism), non? cf une explication sur le site du NCBI

Vos réponses me parraissent un peu contradictoire. Pourtant, j'ai trouvé ça (http://www.droiteuniversitaire.fr/ar...id_article=264), qui va dans le même sens que ce que disait Ptitseb... :

"En génétique classique, on part d’une protéine connue, depuis laquelle on synthétise des sondes ADN dégénérées (c’est-à-dire incluant toutes les séquences d’ADN pouvant coder pour une même partie de la protéine) et on retrouve ainsi le gène originel par hybridation. Cela nécessite d’être capable d’extraire et de purifier la protéine, ce qui n’est plus suffisant : toutes les protéines dosables ont déjà été explorées.
En génétique inverse, on repère par l’analyse de liaison ou linkage une zone dans laquelle se trouverait le gène dont la mutation est responsable d’une maladie, puis on séquence cette zone et on tente de faire exprimer tout ce qui pourrait ressembler à un gène. Si cela fonctionne, on peut fabriquer des anticorps contre la protéine, que l’on sera alors seulement capable d’étudier."

Mais aussi, de quoi faire plasir à Nayeki (http://cgdc3.igmors.u-psud.fr/genetique/chap3a.html):
"La génétique inverse consiste dans l'obtention in vitro de mutations spécifiques dans un gène et la réintroduction de celui-ci par transformation ou transfection dans un organisme, les effets obtenus sont ensuite analysés"

J'ai donc l'impression que c'est un domaine assez vaste... Mais concrètement, quel est le principe commun à toutes les approches de génétique inverse? Quelles sont les principales applications? J'avoue que je suis un peu perdue....

Merci d'avance

Véro

[9herve]

Envoyé par nayeki

C'est pas vraiment ca

Genetique inverse s'oppose a "forward genetic" qui consiste a faire un screen genetique et selectionner des mutants, on part donc du phenotype. Ce sont les techniques classiques utilisees par Morgan et Miller. Ensuite on "map" la mutation en observant la segregation par rapport a d'autres marqueurs genetiques ==> recombinaison etc.

La genetique inverse part du principe que l'on connait deja le gene mais on n'a pas la moindre idee de sa fonction. Donc on delete ce gene (disruption, KO, RNAi au choix) et on observe le phentopype.

C'est la bonne definition,
Reverse génétique , t'as le gène, il est cloné ==> tu recherches la fonction , de préférence in vivo, (mutagénèse etc....)
Génétique directe ====> tu recherches des mutants sur un phénotype pour aller au gène. Mais il y beucoup de méthodes pour cribler et localiser ( rapidement) le gène impliqué dans le phénotype,sans passer par la recombinaison génétique Morganienne (chez certains organismes.)

[nayeki]

Envoyé par 9herve

C'est la bonne definition,
Reverse génétique , t'as le gène, il est cloné ==> tu recherches la fonction , de préférence in vivo, (mutagénèse etc....)
Génétique directe ====> tu recherches des mutants sur un phénotype pour aller au gène. Mais il y beucoup de méthodes pour cribler et localiser ( rapidement) le gène impliqué dans le phénotype,sans passer par la recombinaison génétique Morganienne (chez certains organismes.)

Moi, je travaille sur C.elegans donc uniquement de la bonne vieille genetique mendelienne

[Yoyo]

Envoyé par nayeki

Moi, je travaille sur C.elegans donc uniquement de la bonne vieille genetique mendelienne

Pourtant son génome est connu, et je suis certain que les orphan sont nombreux, alors tu devrais pouvoir te mettre a la genetique inverse, pas de mauvaise volontée SVP

Yoyo

[9herve]

Envoyé par nayeki

Moi, je travaille sur C.elegans donc uniquement de la bonne vieille genetique mendelienne

Beaucoup de gens font de la genet reverse chez c. elegans! (Comme chez la mouche)

[nayeki]

Envoyé par Yoyo

Pourtant son génome est connu, et je suis certain que les orphan sont nombreux, alors tu devrais pouvoir te mettre a la genetique inverse, pas de mauvaise volontée SVP

Yoyo

L'interet de la forward genetic chez elegans est incomparable. Bien sur on fait de la reverse mais:

1. Deletion par rec. homologue n'existe pas.
2. Le RNAi c'est bien gentil, mais tot ou tard t'as besoin d'avoir un mutant entre les mains (precisemment pour faire de la genetique )
3. Deletion library uniquement par mutagenese et tu cribles tout ton genome par PCR c'est bcp de boulot.

Disons que faire de la genetique inverse sur elegans c'est un peu comme aller sur une route de campagne avec une F1, c'est un peu dommage, vu la puissance de l'outil mais bon...

[Yoyo]

1. Deletion par rec. homologue n'existe pas.

Ah ben ca c'est chiant alors !

Et tu fais comment pour faire un mutant dans un gène précis ?
Yoyo

[9herve]

Envoyé par nayeki

L'interet de la forward genetic chez elegans est incomparable. Bien sur on fait de la reverse mais:

1. Deletion par rec. homologue n'existe pas.
2. Le RNAi c'est bien gentil, mais tot ou tard t'as besoin d'avoir un mutant entre les mains (precisemment pour faire de la genetique )
3. Deletion library uniquement par mutagenese et tu cribles tout ton genome par PCR c'est bcp de boulot.

Disons que faire de la genetique inverse sur elegans c'est un peu comme aller sur une route de campagne avec une F1, c'est un peu dommage, vu la puissance de l'outil mais bon...

Déja, affirmer que C'elgans est la F1 de la génétique...Il y a quand même une paucité de phénotypes chez le "vermisseau"!
J'pense plutot qu'il faut une coplémentarité des modèles!
Ceci dit, c'est vrai que ce "vermisseau" est fascinant, d'un point de vue expérimental, nombre de célulles fixe (et minable! lol) , tout le lignage célullaire est connu , ce qui est incroyablement intéressant pour la bio. du developpement et toutes les matières attenantes (Cancéro, par ex) . Juste un exemple, Bcl2, premier gène de l'apoptose, a été cloné chez C. elegans grace à une expérience de mutagénèse.

[9herve]

Envoyé par Yoyo

Ah ben ca c'est chiant alors !

Et tu fais comment pour faire un mutant dans un gène précis ?
Yoyo

Chez la mouche, tu peux trouver une lignée qui a un transposon dans ton gène ou dans les séquences amont , ou ailleurs (il y a un consorium pour ça, c'est gratuit) Donc tu peux déjà avoir un allèle de ton gène. Si, t'as pas de phénotypes tu le refais sauter soit dans un dans les séquences régulatrices, dans les introns et qq fois dans le codant ou, alors, tu génères une délétion qui "arrache "une partie du gène.
Ceci, dit la recombinaison homologue existe depuis 3-4 ans chez la mouche mais bcp de gens hésitent à l'utiliser, c'est asez lourd.

[nayeki]

Envoyé par 9herve

Déja, affirmer que C'elgans est la F1 de la génétique...Il y a quand même une paucité de phénotypes chez le "vermisseau"!
J'pense plutot qu'il faut une coplémentarité des modèles!
Ceci dit, c'est vrai que ce "vermisseau" est fascinant, d'un point de vue expérimental, nombre de célulles fixe (et minable! lol) , tout le lignage célullaire est connu , ce qui est incroyablement intéressant pour la bio. du developpement et toutes les matières attenantes (Cancéro, par ex) . Juste un exemple, Bcl2, premier gène de l'apoptose, a été cloné chez C. elegans grace à une expérience de mutagénèse.

Je te trouve un peu agressif, la

C.elegans F1 de la genetique oui. Je travaille sur l'apoptose en reponse a des dommages a l'ADN, mon labo a d'ailleurs clone l'homologue de p53, et nous sortons en ce moment-meme un papier qui revele un nouveau niveau de regulation de p53 (lire le Cell de ce mois )
Il n'existe tout simplement aucune alternative a elegans et droso pour faire de la forward genetic sur des organismes pluricellulaires. La levure c'est bien gentil mais pour etudier l'apoptose c'est pas terrible

Yoyo ==> comme je l'ai dit plus haut tu fais une mutagenese et tu cribles tout ton genome par PCR. En gros tu detectes ta deletion sur 10 000 vers puis 1000 puis 100 puis 10 etc... En 4-5 tours de PCR tu remontes a ton mutant, mais c'est bcp de boulot.
Sinon la mutagenese par insertion de transposon existe, elle a d'ailleurs ete mise en place entre autre par un frenchie (Laurent Segalat). Le probleme est que l'insertion n'est pas totalement aleatoire (hot spot) et SURTOUT ca t'interdit de generer des mutations ponctuelles, donc si le gene est essentiel, bye bye.
C'est, a mon sens, le point central de la forward genetic, la capacite a generer des perte partielles de fonction. Un tres bel exemple est notre papier cite plus haut ou on screen une mutation dans une proteine qui fixe et inhibe les ARNm. Notre mutant est defectif uniquement pour l'ARNm de p53 et pas les autres. Generer ceci par genetique inverse est tout simplement impossible.

[nayeki]

Envoyé par 9herve

Déja, affirmer que C'elgans est la F1 de la génétique...Il y a quand même une paucité de phénotypes chez le "vermisseau"!

On s'en fout des phenotypes, ce ne sont que des marqueurs. On en a largement assez qui couvrent tout le genome.

Arguments en faveur de elegans:
1. Hermaphrodite: t'as pas besoin de t'occuper de ta souche, elle se reproduit a l'identique toute seule. Pour les croisements suffit de mettre de males.
2. Croissance: 300 progenies en 2-3 jours par ver !!
3. Marqueurs phenotypiques evidents (sous ta binoculaire tu peux distinguer ton mutant, dumpy roller etc, parmi plusieurs centaines en qq secondes seulement ==> tres efficace.
4. RNAi bien sur.
5. Genome sequence.


La meilleure raison pour moi:
Resiste a un crash de navette spatiale

C'est vrai en plus, les vers ont survecu au crash de Columbia, lol

[9herve]

Envoyé par nayeki

On s'en fout des phenotypes, ce ne sont que des marqueurs. On en a largement assez qui couvrent tout le genome.

Arguments en faveur de elegans:
1. Hermaphrodite: t'as pas besoin de t'occuper de ta souche, elle se reproduit a l'identique toute seule. Pour les croisements suffit de mettre de males.
2. Croissance: 300 progenies en 2-3 jours par ver !!
3. Marqueurs phenotypiques evidents (sous ta binoculaire tu peux distinguer ton mutant, dumpy roller etc, parmi plusieurs centaines en qq secondes seulement ==> tres efficace.
4. RNAi bien sur.
5. Genome sequence.


La meilleure raison pour moi:
Resiste a un crash de navette spatiale

C'est vrai en plus, les vers ont survecu au crash de Columbia, lol

Je blaguais!
PS. Michel Labouesse a participé aussi a la mutagénèse par transposons, mais c'est vari que c'est pas le nec plus ultra, dixit Michel....

[nayeki]

Envoyé par 9herve

Je blaguais!
PS. Michel Labouesse a participé aussi a la mutagénèse par transposons, mais c'est vari que c'est pas le nec plus ultra, dixit Michel....

Je ne le connais pas personellement mais je l'ai rencontre l'annee derniere en meeting a Interlaken.

[9herve]

Envoyé par nayeki

Je ne le connais pas personellement mais je l'ai rencontre l'annee derniere en meeting a Interlaken.

C'était un levuriste au début ! de même que L. ségalat était un drosophiliste!
Deux personnes qui ont mal tournées!!

Blagues à part, il faut savoir qu'il y a longtemps, lorsque C. elegans n'était pas reconnu comme modèle (avant la biologie moléculaire sur ce modèle, mais après l'embryologie descriptive) un labo Lyonnais bossait sur C. elegans. Ce labo a été supprimmé par le CNRS, et après a été réintroduit, en retard, en France à partir de qq personnes (dont les deux noms pré-cités). D'ailleurs on souffre toujours d'un retard sur ce modèle en France : l'enseignement sur ce modèle est sous-développé en france (en licence maitrise) et la communauté c.elegans est de petite taille (mais de qualité). Tout ça pour dire qu'il faut maintenir en recherche fondamentale, un savoir faire , une diversité des approches, des modèles et ne pas uniquement se fier aux facteurs d'impacts .....

[nayeki]

Donc si un jour je reviens en France j'aurai peut etre un post ?

Toute blague mise a part, y'a aucun labo en France qui bosse sur mon sujet (DNA damage checkpoint in C.elegans)