Bonjour,
pour ma part j'utilise GIMP.
Il suffit de créer un calque par image, et sauvegarder le tout en tant qu'animation.
GIMP est disponible pour windows à l'adresse suivante:
http://gimp-win.sourceforge.net/stable.html
il faut installer GTK puis GIMP.
Et par défaut sur la plupart des distributions Linux.
Je ne sais pas ce que tu entends par "bon logiciel" pour faire des animations, mais GIMP est un outil de retouch photo (donc avec tous les avantages inhérents à un tel logiciel). Spécifiquement aux animations, pas grand chose à dire, on peut régler le temps entre chaque image, boucle infinie ou non etc.