Mapping unit

integrity_13 · 08/03/2006, 14h36

Bonjour tout le monde,

je suis un peu embrouillé en ce qui concerne l'unité de cartographie..

1 m.u est la distance entre deux gènes pour laquelle un produit de méiose sur cent est recombinant. Quand on parle de centiMorgan il s'agit de la même chose?
==> 1m.u = 1cM ?

Ensuite lorsque l'on parle de 1 m.u il s'agit d'une distance, mais cela correspond à quoi? Est-ce-que cela corresond à un nombre plus ou moins précis de paires de bases ou on peut ça donner en nanomètres...?

Merci d'avance

Alex

wolfgangouille · 08/03/2006, 14h40

Oui je crois que 1 m.u.= 1 CentiMorgan.
Cepandant, un CentiMorgan n'a pas de valeur stricto sensus car il dépend de la longueur du chromosome.
Il faudrait qu'on confirme car ça fait longtemps que j'ai pas fais d'exo dessus.

integrity_13 · 09/03/2006, 17h44

Salut, ok merci pour les centiMorgans, il me semblait bien mais je n'étais pas cerain..

Par contre je ne suis pas sûr que la taille du chromosome influence sur la distance que représente un cM.

En effet si des gènes sont éloignés l'un de l'autre et que tu calcules le pourcentage de recombinants après une méiose dans une expérience, plus les gènes sont éloignés, plus le résultat sera faussé à cause d'évenements de recombinaisons multiples!
Celà va aboutir à un résultat de 50%, donc une distance de 50 cM qui est sous-estimée.

Mais si tu fais la même expérience avec des gènes liés proches l'un de l'autre, tu trouveras un résultat proche de la réalité, par exemple 5 cM..

Celà représente une distance réelle à mon avis, donc il devrait être possible de la convertir en paires de bases par exemple, qu'en pensez-vous??

Je ne sais pas si je suis assez clair dans mes explications.. mais merci à ceux qui voient de quoi je veux parler de donner leur avis.

Alex

wolfgangouille · 09/03/2006, 19h10

Ca doit dépendre de la taille du chromosome :
Imagine un chromosome avec seulement deux gènes, l'un a une extrêmité, l'autre à l'autre. S'il y a un Crossing Over, il ya aura obligatoirement recombinaison. Donc les gènes sont séparé par 50 cM
Maintenant tu fais la même experience avec un chromosome deux fois plus petit. Tu trouvera aussi 50cM alors que le chromosome est plus petit.
Mais en pratique, on estime que 1 cM correspond à environ 1000 kilobases sur la molécule d'ADN (un million de nucléotides).

Vinc · 09/03/2006, 19h30

Salut!
Bon alors soyons clair:
1 cMorgan = 1million de paires de bases
1cMorgan = 1% de recombinaison

La taille du chromosome n'a rien à voir pour la relation cM/paire de bases! En revanche, plus deux loci sont séparés par une grande distance, plus il y a de chance qu'on est du CO...

A+
Vinc

wolfgangouille · 09/03/2006, 20h09

C'est à dire qu'on ne peux pas avoir de chromosome d'une taille supérieur a 100 cM. Rien ne dit que la taille maximale d'un chromosome est de 100 millions de pb !

wolfgangouille · 09/03/2006, 20h15

A propos le pourcentage maximal de recombinaison est de 50% ou de 100% ? J'ai un doute d'un coups...

Vinc · 09/03/2006, 21h12

C'est 50% au grand maximum! Car pour un maximum de recombinaison tu auras la moitié d'allèles parentaux et l'autre moitié d'allèles recombinés.... Si tu trouves plus de 50% dans tes calculs, c'est que tu t'es trompé quelque part

A+
Vinc

wolfgangouille · 09/03/2006, 21h38

D'accord donc si c'est 50% maximum, deux gènes sont distants de 50cM maximum non ? Si oui ça voudrait dire qu'un chromosome de moins de 50 000 kpb ne pourait pas avoir de gènes liés dont le pourcentage de recombinaison vale 50%?

integrity_13 · 10/03/2006, 00h33

Hello merci bien pour ces réponses,

En fait ce que je voulais savoir c'est que:
1 cM = 1 m.u = 1 million de paires de bases

Par contre wolfgangouille je ne vois pas pourquoi tu dis que la taille maximale d'un chromosome est de 100 cM ??

Si tu fais une expérience pour connaître la distance entre deux gènes, et que ces deux gènes sont très éloignés l'un de l'autre, tu obtiendras un résultat de 50% de recombinants.

Mais ça ne veut pas dire que la distance entre ces deux gènes est de 50 cM. En effet si ces gènes sont éloignés, il y a une grande probabilité qu'il y ait des recombinaisons multiples. Par exemple si il y a deux crossing over entre ces deux gènes, celà redonne le génotype parental, donc comme si il n'y avait pas eut de crossing over.
Donc plus la distance est grande, plus les crossing over seront nombreux, et celà implique qu'il y a une chance sur deux d'avoir le génotyle parental, et une chance sur deux d'avoir un génotype recombinant.
Ce qui explique le résultat de 50% ==> 50 cM, qui est donc sous-estimé.
Mais ça n'empêche pas qu'un chromosome contienne plus de 50 millions de nucléotides.

En espérant avoir été assez limpide

Alex

étudiante biobio · 28/04/2006, 16h41

Bonjour! Est-ce que quelqu'un saurait me dire grosso modo la taille maximum d'un chromosome. J'en aurai besoin pour verifier que ça colle bien avec ce que j'en pense. Merci par avance!!

nayeki · 28/04/2006, 18h28

Juste au passage, 1 cM n'est pas une distance physique en nombre de paires de bases, c'est une distance génétique estimée par le nombre d'événements de recombinaison;

D'ailleurs cette distance génétique n'est pas constante le long du chromosome, car la probabilité d'apparition de CO ne l'est pas non plus.
De plus il existe des "point chauds" très précis où les CO apparaissent plus fréquemment; donc au-delà d'une certaine échelle de précision (plusieurs kb et pour certains organismes plusieurs Mb) la distance génétique n'a plus de rien à voir avec la distance physique.

Vinc · 28/04/2006, 20h19

Salut!

Citation:

Posté par nayeki

Juste au passage, 1 cM n'est pas une distance physique en nombre de paires de bases, c'est une distance génétique estimée par le nombre d'événements de recombinaison.

Heu.... Moi j'ai toujours eu dans la tête que 1cM correspond grosso modo à 1Mb. D'ailleurs c'est une relation qu'on apprend en première année de DEUG pour en déduire la distance entre 2 loci, en partant de la fréquence de recombinaison.
Sinon je suis d'accord que la fréquence de recomb varit selon la position des loci sur le chromosome.

A+
Vinc

nayeki · 28/04/2006, 20h52

Citation:

Posté par Vinc

Salut!

Heu.... Moi j'ai toujours eu dans la tête que 1cM correspond grosso modo à 1Mb. D'ailleurs c'est une relation qu'on apprend en première année de DEUG pour en déduire la distance entre 2 loci, en partant de la fréquence de recombinaison.
Sinon je suis d'accord que la fréquence de recomb varit selon la position des loci sur le chromosome.

A+
Vinc

Tu peux me faire confiance, c'est mon sujet de thèse

La distance génétique varie le long du chromosome (ça s'appelle "cross over interference" )et également d'un organisme à l'autre.

On peut calculer une relation entre distance génétique et physique pour une région chromosomique particulière, mais pas plus.

Vinc · 29/04/2006, 00h30

Citation:

Posté par nayeki

Tu peux me faire confiance, c'est mon sujet de thèse

La distance génétique varie le long du chromosome (ça s'appelle "cross over interference" )et également d'un organisme à l'autre.

On peut calculer une relation entre distance génétique et physique pour une région chromosomique particulière, mais pas plus.

Oui ok j'ai pas dit le contraire et je ne cherche pas à avoir raison à tout prix mais pourquoi dis tu que 1% de recomb ne correspond pas à 1Mb.... Ca j'avoue que je ne vois pas....

Vinc

nayeki · 29/04/2006, 00h34

Parce que 1cM pour une region particuliere peut correspondre a plusieurs Mb ou beaucoup moins.

Ca n'est qu'une idee de distance physique.

Vinc · 29/04/2006, 08h14

Oui j'ai déjà dit que j'étais d'accord sur le fait que le taux de recombinaison variait en fonction du locus.... et c'est ce que tu sous entend ici. Mais même si ça ne donne qu'une idée, est ce encore correct de dire que : dans les régions les plus favorables à la RH, 1% de recomb = 1Mb....?

nayeki · 29/04/2006, 12h22

Ca depend des organismes...

Ex C. elegans chromsome III c'est plutot 1Mb pour 2cM...