Dans ce cas, si tu veux juste le formatter, le truc le plus simple c'est de faire un FDISK sous DOS, pour voir si le système reconnait ton DD. Il y a un menu dans FDISK qui te permet de voir les différents systèmes de fichiers. A partir de là, tu pourras certainement l'effacer complètement. Mais fais attention à ne pas effacer le 20 Go

!
Je ne sais pas si FDISK est accessible en quittant windows et en faisant "redémarrer en mode MSDOS", mais tu peux toujours essayer.
Autrement, je dirais que le fait que ton ancien DD ait win98 installé dessus ne devrait pas changer quoi que ce soit pour les détections ultérieures par d'autres systèmes. Par contre tu peux essayer de débrancher le nouveau DD et de rebrancher celui là en maître pour voir s'il démarre avec ton ancien système.
Voilà, j'espère que ça t'aidera, bon courage,
Hibou