Question idiote sur le génôme humain

[JLH974]

Bonjour à tous
Désolé pour cette question de béotien mais à force de regrarder des reportages télévisés présentés par des journalistes qui parfois en savent trop peu, je n'ai pas de réponse :
Les médias se sont étendus sur la course au décryptage du génôme humain et si j'ai compris une chose, c'est que le décryptage ne concernait que l'ADN d'une seule personne "dupliquée" pour chaque laboratoire (d'ailleurs connait-on l'identité de cette personne?)
Mais une fois ce décryptage achevé, comment peut-on être sûr que la portion de tel chromosome chez cette personne correspond bien aux fonctions de la même portion de chromosome chez toutes les autres. Il me semble que l'on nous a seriné en cours de biologie que nous étions tous différents, mais cette différence va jusqu'où?

[synchrotron]

En fait tout ce qui concerne les exons, c'est à dire les parties de l'ADN qui sont exprimées pour donner des protéines, il y a très peu de variations d'un individu à l'autre. En effet, la structure 3D d'une protéine dépend de sa séquence en acides aminés car le repliement forme la conformation finale. C'est un processus extrêmement complexe. Donc si on change une seule base d'un exon, on a un acide aminé différent et donc ceci influence fortement la structure de la protéine ou pas du tout. Mais généralement les conséquences sont catastrophiques (cancer, mucoviscidose, maladies orphelines,...).

Bref, nos différences se retrouvent dans les introns, parties de l'ADN non traduite en protéine, responsables d'un grand nombre de régulation au niveau transcriptionnel. Plus précisément, nos différences se situent dans des séquences de l'ADN qui sont répétées, les nombres de répétition étant variables d'un individu à l'autre, celles-ci sont responsables en grande partie de nos différences. Mais les bases concernées représentent pas une grande portion du génome puisqu'elles sont au nombre de 40 millions à peu près, donc 1% du génome.

Tout le reste, on peut considérer que c'est identique, c'est pourquoi on peut considérer qu'en séquençant un seul génome d'être humain, il y en a largement assez pour nous connaitre. Surtout que les domaines d'études sont principalement les maladies qui touchent nos régions communes de l'ADN.

J'arrête de m'étaler...

@+.

[Yoyo]

il existe quand meme un polymorphisme non negligeable des parties codantes, qui est du a la redondance du code génétique.

Ceci etant dit, le plus dur est d'arriver a identifier ce qui est codant et ce qui ne l'est pas.

Yoyo

[Josquin]

Il y a aussi beaucoup de polymorphisme au niveau des parties codantes. C'est l'origine des différences entre les individus (taille, couleur des yeux, de la peau, morphologie...)

[aquilegia]

Envoyé par Josquin

Il y a aussi beaucoup de polymorphisme au niveau des parties codantes. C'est l'origine des différences entre les individus (taille, couleur des yeux, de la peau, morphologie...)

En effet, mais le rôle des protéines impliquées ne change pas : une mélanine, qu'elle soit noire ou rousse, reste une mélanine, par exemple.

[nayeki]

Je rajouterais que ce polymorphisme est très utile
Les sites de variations d'un individu a l'autres sont appelés SNP (single nucleotid polymorphism); un consortium est en train de séquencer aléatoirement, en vue de détecter ces fameux SNP's, des dizaines de "souches" génétiques humaines (c'est pas politiquement correct, mais c'est comme ça ) ce qui permet déjà (y'a eu qq articles prometteurs) de "tracer" un élément génétique qui conduit à un phénotype particulier (maladie mais pas seulement).

PS: l'article en question en dans le topik "articles" justement.

[Jean-Luc P]

Envoyé par synchrotron

Donc si on change une seule base d'un exon, on a un acide aminé différent et donc ceci influence fortement la structure de la protéine ou pas du tout. Mais généralement les conséquences sont catastrophiques (cancer, mucoviscidose, maladies orphelines,...).

Générallement ce n'est pas catastrophique, ça passe totalement inaperçu (redondance génétique, mutations neutres, gène compensable au cours du développement....).

[Borh]

A ma connaissance, il y a eu deux projets concurrents de séquençage du génome humain : 1 privé américain (celera) et 1 publique international (USA, UK, France, Japon, Allemagne et Chine).
Pour le projet privé, c'était le séquençage de l'ADN du milliardaire mécène qui était à l'origine du projet (j'ai oublié son nom). Ce projet n'est pas allé jusqu'au terme.
Par contre le projet publique c'est déroulé dans plusieurs centres qui avaient des banques différentes et donc sur un nombre assez important d'individus différent. En gros ça a consisté à séquencer au "shotgun", c'est à dire séquencer des fragments au hasard jusqu'à obtenir environ 5 fois le génome humain et les recoler. Arrivé les trous ont petit à petit été complétés. Donc dès la prmière séquence un certain nombre de SNP ont été retrouvés (mais très peu par rapport à leur nombre réel)

[Toll]

bonjour,

je vais peut etre dire une boulette, mais ce n'était pas la société Celara génomics (avec craig venter a sa tete) qui utilisait la technique du shot gun?
En gros (et vraiment très gros): on tire dans le tas (tas d'ADN) et on séquence les fragments. ensuite avec des programmes, on aligne les fragments et superpose les régions identiques afin de reconstituer la frise.

ps: je viens de trouver un lien: http://fr.wikipedia.org/wiki/Celera_Genomics

[Vinc]

Si si c'est bien Craig Venter qui a inventé le shot gun et il comptait au départ l'utiliser pour le génome humain. Le consortium international ne croyait pas en la méthode de CELERA pour le génome humain et ils ont eu raison!!!
Ca marche très bien pour les procaryotes et pour les génomes eucaryotes très simples mais c'est tout! Le principe en deux mot c'est la fragmentation du génome, le séquençage de chaque fragment et ensuite le continguage par des programmes de bioinfo.
Le consortium public (dirigé par Francis Collins à l'époque et relayé par Jean Wissenbach au génoscope pour la France, qui a séquencé le bras court du chromosome 14) n'a donc pas utilisé le shot gun....

A+
Vinc

[Borh]

Pour ce que j'avais compris, le consortium international a également séquencer au shotgun, mais à la différence de Celera, ils se sont arrêtés à 5X, ont construit une ébauche puis ont complété les trous. Bon maintenant je peux me tromper.

Il me semble que Celera voulait tout fair au shotgun ce qui était impossible puisqu'arrivé à un certain point, on n'avance plus.

[Décodant]

En fait, deux stratégies ont été développées pour le séquençage de génomes entiers. 1°) Stratégie du « chromosome walking » (à petits pas)
Plusieurs laboratoires dans le monde ont entamés chacun le séquençage d’un chromosome du génome humain. À partir d’un endroit connu du chromosome (on connaissait déjà certaines zones) qu’on utilise comme amorce, on lit environ 1000 pb. On utilise ensuite l’information obtenue par le séquençage de 1000 pb précédents comme amorce :
1000 pb → nouvelle amorce → 1000 pb → …
Cette méthode est très fiable car les séquences sont lues les unes à la suite des autres, comme elles se présentent sur le chromosome et on ne risque donc pas de mélanger les séquences.

Suite au développement des méthodes informatiques, une seconde stratégie a vu le jour…

2°) Stratégie « Shotgun sequencing » (concurrente à la première)
Le génome dans son entièreté est fractionné au hasard pour obtenir des plus petits morceaux. Comme au départ on a plusieurs molécules d’ADN équivalente, on obtient, après digestion, des fragments dont les séquences peuvent se superposer. Le séquençage est donc redondant. Cela permettra de remettre les morceaux ensemble par des moyens informatiques.
Cette stratégie demande plus de réactions mais elles peuvent être réalisées massivement en parallèle.
Remarque : On fait ici abstraction du fait que le génome contient beaucoup de séquences répétées. Il peut donc y avoir des superpositions de fragments alors qu’ils ne sont pas issus du même endroit… Les assemblages réalisés à partir de ces superpositions peuvent être erronés.

En 2001, il était annoncé que le génome humain était entièrement séquencé… En fait, il restait les problèmes des zones répétées mal superposées à régler. (5-10% )
Depuis 2006, ce problème a été résolu et le génome humain est complètement séquencé. Le projet avait débuté dans les années 80.