Spéciation et notion d'espèce

[John78]

Envoyé par mmy

Si on ne sait pas que c'est un hybride, les arbres X, mitochondries et nucléaires seront très différents et pertuberaient la reconstitution pour les espèces dans le même clade (une bonne douzaine, dont le guépard et le puma). On peut s'en tirer en ne prenant pas l'hybride en compte pour une première reconstition, puis le placer comme hybride.

Tout dépends du niveau de résolution des arbres, du pourcentage d'introgression (hybridation successive) et de la quantité d'information génétique disponible. C'est clair que si il y a des hybridations multiples, que tu as peu de genes disponibles et de signal phylogénétique faible (beaucoup d'homoplasie en ratio par rapport au signal "vrai"), c'est impossible d'arriver un truc correct.
La solution c'est d'avoir plein de gene différents et de regarder au cas par cas ce qu'il donne. En tout cas se n'est pas parceque tu as un hybride que celà va destabiliser ton arbre pour les autres espèces. Seul l'hybride va avoir un positionement ératique dans la phylogénie en fonction du marqueurs utilisé. En admettant qu'il soit le seul hybride.

Pour répondre a Chrisgir, se n'est pas parceque l'on fusionne un tas de gène différent, plus de la morpho que l'on arrive toujours a des arbres mieux résolus. Le véritable problème c'est pas tellement la quantité de donnée, mais c'est surtout la qualité des marqueurs utilisés (peu homoplasique, vitesse d'évolution pas trop différente par ex.).

A+
J

[chrisgir]

Je suis d'accord avec toi John78, d'où le travail en amont nécessaire sur les gène susceptibles d'être intéressant. Néanmoins avec plusieurs gènes bon marqueurs, on arrivera à une phylogénie mieux résolue.
Je rajouterai un deuxième truc : le vrai problème, c'est la puissance des ordinateurs nécessaires pour faire tourner les algorithmes (ca prend quelques mois de faire un likelihood sur un nombre d'espèces relativement important)

Cordialement,

[jeanlain]

Envoyé par chrisgir

Question subsidiaire : comment identifier (a priori) un caractère susceptible d'être soumis à sélection disruptive et à isolement reproducteur, et comment le tester?

On l'identifie en relevant dans la nature les biotypes ou écotypes d'une même population géographique, sans intermédaires.
On le vérifie en plaçant des individus appartenant à chaque biotype dans la niche écologique de l'autre (souvent simulée au labo). Ils devraient alors avoir une aptitude réduite.
Pour savoir sur quel caractère ça agit, il faut comparer les biotypes physiologiquement (pas facile s'ils sont presques identiques) ou procéder par déduction au vue des différences entre niches qu'ils occupent.
Pour connaître les gènes responsables : croisements.

Pour répondre à ta question sur la spéciation, il est difficile, par mesure des flux de gènes sur le terrain (genre Fst), de confirmer un isolement reproducteur total entre populations sympatriques. Disons que si les distances génétiques sont importantes à beaucoup de locus, l'isolement reproducteur doit être élevé.
Il est plus sûr de tester des croisements au labo.
Dans la pratique, on a tendance à considérer comme espèces vraies des populations qui peuvent toujours échanger des gènes, mais très rarement. Certains auteurs prônent même qu'à - de 1% de flux de gènes, on peut parler d'espèces vraies.

[John78]

Salut

Envoyé par jeanlain

Disons que si les distances génétiques sont importantes à beaucoup de locus, l'isolement reproducteur doit être élevé.

Est-ce qu'il y a des preuves au seins de certains groupes qui montre que + deux espèces sympatriques sont éloignées génétiquement + l'isolement reproducteur est élevé ?

A+
J

[jeanlain]

Oui, en particulier chez les drosophiles qui sont les plus étudiées.

Mais quand je parle de distance génétique, il ne s'agit pas forcément de distance en nombre de mutations, ce peut être une distance en fréquences alléliques.