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Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?




  1. #301
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonsoir,

    Je voulais juste signaler que je viens d'apprendre que Michael Russell avaient été invités comme orateur ainsi que modérateur de la section consacrée à la géologie, à l'édition 2014 de la Gordon Research Conference (dont la première remonte à 1947) intitulée "Origins of Life: Understanding the Origin and Evolution of Life on Earth and the Galaxy" consacrée, comme son nom l'indique, aux origines de la vie. Dieter Braun sera également présent en tant qu'orateur.

    Elle aura lieu à l'hôtel Galvez à Galveston au Texas (États-Unis) du 12 au 17 janvier prochain. Malheureusement, je doute que des vidéos soient disponibles sur le net après ce meeting.

    Les éditions précédentes avec un sujet similaire ont eu lieu en 1982, 1984, 1985, 1987, 1990, 1992, 1994, 1996, 1997, 1999, 2000, 2002, 2003, 2005, 2006, 2008, 2010 et 2012.

    Cordialement.

    -----

    Dernière modification par Geb ; 14/12/2013 à 22h45.

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  3. #302
    noir_ecaille

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    On peut toujours espérer une vidéo amateur peut-être ?
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  4. #303
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    On peut toujours espérer une vidéo amateur peut-être ?
    Malgré la qualité des Gordon Research Conferences consacrées aux origines de la vie, à en juger par le palmarès des chercheurs de haut-vol (dans le domaine du moins) qui y ont participé depuis 1982, je suis étonné de ne trouver aucune vidéo de ces conférences sur le web. C'est la raison pour laquelle je suis extrêmement pessimiste quant à la possibilité d'écouter et (éventuellement) de voir ce que Michael Russell ou Dieter Braun auront à raconter à cette occasion.

  5. #304
    doubleD

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Salut
    Pas la peine de chercher de vidéos pour les Gordon Conference, c'est strictement interdit. Le but de ces conférences est de présenter des travaux non publiés et ils ne veulent donc pas que des choses puissent sortir. Le premier jour ils lisent toute une déclaration disant qu'il est interdit de filmer, prendre des photos, live tweeter etc ce qui se passe dans la conférence.

  6. #305
    noir_ecaille

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Okay, ça explique.
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  7. #306
    Tawahi-Kiwi

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    L'autre raison etant que l'un des principes des Gordon Conferences est de garder un style informel et d'encourager la discussion de sujet parfois un peu "d'avant-garde" (donc avec pas mal d'idees prematures fausses) ou sans avoir a s'encombrer des declarations publiques. Dans mon cas, on organise des conferences bisannuelles sur le schema des Gordon's; en petrologie, mineralogie et geochimie et l'absence de public non specialise permet de pouvoir dire des choses sans se soucier des implications autres que scientifiques (dans ce cas-ci, l'industrie miniere, qui pourrait sauter sur certaines conclusions et detourner le but de l'etude).

    Neanmoins, j'ignorais qu'il y avait des regles specifiques regissant la partie mediatique de ces conferences, mais il me semble qu'elles s'imposent de facto, un scientifique enregistrant rarement la conference d'un collegue lorsqu'ils ont le loisir de discuter et partager leurs donnees apres la presentation et pour les absents, une conference est rarement utilisee comme reference de toute facon (d'autant plus dans le cadre des Gordon ou c'est des travaux "en cours" le plus souvent; suffit d'attendre un an ou deux pour voir la publi du produit fini).

    T-K
    If you open your mind too much, your brain will fall out (T.Minchin)

  8. #307
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonsoir à tous,

    Je viens d'apprendre que Michael Russell a été invité à prendre part à l'édition 2014 des Linus Pauling Memorial Lectures. Sa conférence devrait avoir lieu à Portland dans l'Oregon (aux États-Unis) le mercredi 26 février 2014 à 19 heures, heure locale (soit 10 heures du matin, heure de Paris) :

    The New Evolutionary Enlightenment

    J'ai deux questions à ce sujet. Premièrement, va-t-on trouver la vidéo de cette conférence à l'avenir (à défaut de celle des Gordon) ? Deuxièmement, qu'est-ce qui pousse un scientifique comme Russell à accepter soudainement tout un tas de conférences ? J'ai ouï dire qu'on avait resserré drastiquement son budget (manifestement, au profit du département de la Défense américaine) et qu'il était à la recherche de nouvelles sources de financement. Ceci pourrait-il expliquer cela ? Aussi, cela pourrait-il être simplement pour présenter de nouveaux résultats intéressants, un peu comme une conclusion d'un cycle de travail intense ?

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 27/12/2013 à 18h41.

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  10. #308
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    J'ai également trouvé une interview assez ancienne (juillet 2011) de Michael Russell par José Miguel Guardia sur un site en catalan :

    Los cimientos de la vida (entrevista a Michael J. Russell)

    Pas de panique, l'interview est reprise en anglais plus bas dans le texte. Je reproduis ci-après la liste des questions auxquelles Michael Russell a répondu :

    1. What is life?
    2. Could you explain your hypothesis on the origin of life?
    3. There has been considerable debate about when did life on earth begin stemming from a very dubious microfossil record (Schoppf, Brasier et al.) When do you think life emerged?
    4. What footprints do you think the primordial life form have left in the composition, structure and functioning of our cells?
    5. What geological, climatic, physical and chemical conditions were there on the early Earth? What are in your view the optimal conditions for the emergence of life?
    6. Do you think life on other planets is likely or unlikely? If the former, do you think the development of complex multicellular, even conscious life, is probable?
    7. Carl Sagan said that we were "stardust". Besides that, what else are we?
    8. When does evolution start?
    9. What are you working on now? What is your highest challenge? What is the mystery you would dream to unveil?
    Bonne lecture.

  11. #309
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Citation Envoyé par Geb Voir le message
    J'ai deux questions à ce sujet. Premièrement, va-t-on trouver la vidéo de cette conférence à l'avenir (à défaut de celle des Gordon) ? Deuxièmement, qu'est-ce qui pousse un scientifique comme Russell à accepter soudainement tout un tas de conférences ? J'ai ouï dire qu'on avait resserré drastiquement son budget (manifestement, au profit du département de la Défense américaine) et qu'il était à la recherche de nouvelles sources de financement. Ceci pourrait-il expliquer cela ? Aussi, cela pourrait-il être simplement pour présenter de nouveaux résultats intéressants, un peu comme une conclusion d'un cycle de travail intense ?
    Pour aider les intervenants qui auraient une idée dans leur spéculation à ce propos, je tiens à signaler que certaines des dernières publications de Michael Russell n'ont plus vraiment de rapport avec ses précédents travaux au Jet Propulsion Laboratory (et avec le sujet de ce fil).

    Il était alors, tel un électron libre, le partenaire d'une équipe japonaise qui s'intéressait à l'évolution du taux de dioxyde de carbone dans l'eau des océans à l'Archéen :

    Decrease of seawater CO2 concentration in the Late Archean: An implication from 2.6 Ga seafloor hydrothermal alteration (Shibuya et al., 2013)

    Reactions between basalt and CO2-rich seawater at 250 and 350 °C, 500 bars: Implications for the CO2 sequestration into the modern oceanic crust and the composition of hydrothermal vent fluid in the CO2-rich early ocean (Shibuya et al., 2013)

    Au début de ce mois, il avait participé avec cette même équipe japonaise à l'International Astrobiology Workshop 2013 qui avait lieu au Japon :

    Microbial Community Development in Deep-Sea Hydrothermal Vents in the Earth, and the Enceladus (Takai et al., 2013)

    Cela ressemble plutôt selon moi à un "passage à vide"...

    Il y a malgré tout quelques signes extrêmement récents de "reprise" :

    D'abord avec son équipe du JPL (publié il y a 13 jours) :

    Pyrophosphate Synthesis in Iron Mineral Films and Membranes Simulating Prebiotic Submarine Hydrothermal Precipitates (Barge et al., 2013)

    Abstract

    Cells use three main ways of generating energy currency to drive metabolism: i) conversion of adenosine diphosphate (ADP) to adenosine triphosphate ATP) by the proton motive force through the rotor-stator ATP synthase; ii) the synthesis of inorganic phosphate∼phosphate bonds via proton (or sodium) pyrophosphate synthase; or iii) substrate-level phosphorylation through the direct donation from an active phosphoryl donor. A mechanism to produce a pyrophosphate bond as “energy currency” in prebiotic systems is one of the most important considerations for origin of life research. Baltscheffsky (1996) suggests that inorganic pyrophosphate (P2O74-; PPi) may have preceded ATP/ADP as an energy storage molecule in earliest life, produced by an H+ pyrophosphatase. Here we test the hypothesis that PPi could be synthesized in inorganic precipitates simulating hydrothermal chimney structures transected by thermal and/or ionic gradients. Appreciable yields of PPi were obtained via substrate phosphorylation by acetyl phosphate within the iron sulfide/silicate precipitates at temperatures expected for an alkaline hydrothermal system.
    Et ensuite avec celle de Wolfgang Nitschke à Marseille (publié il y a 7 jours sous une forme non-corrigée) :

    Free energy conversion in the LUCA: Quo vadis? (Ducluzeau et al., 2013)

    Abstract

    Living entities are unimaginable without means to harvest free energy from the environment, that is, without bioenergetics. The quest to understand the bioenergetic ways of early life therefore is one of the crucial elements to understand the emergence of life on our planet. Over the last few years, several mutually exclusive scenarios for primordial bioenergetics have been put forward, all of which are based on some sort of empirical observation, a remarkable step forward from the previous, essentially untestable, ab initio models. We here try to present and compare these scenarios while at the same time discuss their respective empirical weaknesses. The goal of this article is to harness crucial new expertise from the entire field by stimulating a larger part of the bioenergetics community to become involved in “origin-of-energy-metabolism” research. This article is part of a Special Issue entitled: 18th European Bioenergetic Conference.
    Bonne lecture.
    Dernière modification par Geb ; 27/12/2013 à 19h30.

  12. #310
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonjour,

    J'ai trouvé une publication scientifique en accès libre, publiée le 24 janvier 2012 dans la revue en ligne mBio de l'American Society for Microbiology (ASM) :

    Life and Death of Deep-Sea Vents: Bacterial Diversity and Ecosystem Succession on Inactive Hydrothermal Sulfides (Sylvan et al., 2012)

    Ce papier est un compte-rendu d'une étude, principalement sur les fumeurs noirs mais aussi sur les fumeurs blancs (comme Lost City) qui consistait à étudier les différences en matière de population microbienne, au niveau d'une cheminée hydrothermale éteinte et d'une cheminée hydrothermale active.

    Voici un communiqué de presse associé à la publication :

    Life discovered on dead hydrothermal vents

    Cordialement.

  13. #311
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonjour,

    J'ai trouvé un article récent publié dans la revue In Vivo par Nikola Getoff, un professeur de l'Université de Vienne en Autriche :

    Significance of Solvated Electrons (eaq) as Promoters of Life on Earth (Getoff, 2014)

    Based on the present state of knowledge a new hypothesis concerning the origin of life on Earth is presented, and emphasizes the particular significance of solvated electrons (eaq). Solvated electrons are produced in seawater, mainly by 40K radiation and in atmospheric moisture by VUV light, electrical discharges and cosmic ray. Solvated electrons are involved in primary chemical processes and in biological processes. The conversion of aqueous CO2 and CO into simple organic substances, the generation of ammonia from N2 and water, the formation of amines, amino acids and simple proteins under the action of eaq has been experimentally proven. Furthermore, it is supposed that the generation of the primitive cell and equilibria of primitive enzymes are also realized due to the strong reducing property of eaq. The presented hypothesis is mainly founded on recently obtained experimental results. The involvement of eaq in such mechanisms, as well as their action as an initiator of life is also briefly discussed.
    Ce qui en français donne approximativement :

    Basée sur l'état actuel de la connaissance, une nouvelle hypothèse concernant l'origine de la vie sur la Terre est présentée, et insiste sur l'importance particulière des électrons solvatés (eaq). Les électrons solvatés sont produits dans l'eau de mer, principalement par le rayonnement du 40K et dans l'humidité atmosphérique par la lumière ultraviolette (VUV = Vacuum Ultra Violet), les décharges électriques et le rayonnement cosmique. Les électrons solvatés sont impliqués dans les processus chimiques principaux et dans les processus biologiques. La conversion de CO2 aqueux et de CO en substances organiques simples, la génération d'ammoniac à partir de N2 et d'eau, la formation d'amines, d'acides aminés et de protéines simples sous l'action d'eaq a été prouvée expérimentalement. De plus, on suppose que la génération de la cellule primitive et que les équilibres des enzymes primitives sont aussi accomplis grâce à la forte propriété réductrice d'eaq. L'hypothèse présentée est principalement fondée sur des résultats expérimentaux récemment obtenus. Le rôle d'eaq dans de tels mécanismes, ainsi que leur action en tant qu'initiateur de la vie est aussi brièvement examiné.
    Je n'ai pas beaucoup plus de détails à propos de cette soit-disant "nouvelle hypothèse", mais jusqu'ici je suis incapable de dire quels sont ces "résultats expérimentaux récemment obtenus" et en quoi ils font évolués nos connaissances sur les problèmes liés aux origines de la vie. Je fais donc appel à votre vigilance et vous prie de nous en faire part si vous apprenez davantage de choses à ce sujet.

    Cordialement.

  14. #312
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonjour,

    Il y a un nouvel article sur l'origine de la vie dans la dernière édition de la revue Science publiée hier 17 janvier :

    Many Paths to the Origin of Life

    Il est le fruit du travail d'un étudiant de l'Université du Texas à Austin, Jimmy D. Gollihar Jr, et de deux spécialistes de la réplication abiotique du matériel génétique, Matthew Levy et Andrew D. Ellington.

    L'article n'est malheureusement pas disponible gratuitement, mais j'aime beaucoup la réflexion des auteurs dans le résumé :

    The origin of life remains a daunting mystery in part because rather than knowing too little, we increasingly know about too many possible mechanisms that might have led to the self-sustaining replication of nucleic acids and the cellularization of genetic material that is the basis of life on Earth.
    Je suis parfaitement d'accord avec l'idée que concernant certains problèmes ayant un rapport avec l'origine de la vie sur la Terre, il y a parfois trop de mécanismes possibles et même plausibles et que très peu de (voir aucun) scientifiques prennent la peine de désigner des modèles favoris. Je pense notamment aux problèmes liés à l'origine et au maintien de l'homochiralité dans les organismes vivants (que je connais mieux).

    Je me demande d'ailleurs pourquoi les chercheurs n'ont pas encore commencé à faire le tri... Est-ce dans un souci d'impartialité peut-être ? Ou peut-être est-ce par peur d'orienter les recherches préférentiellement (dans ce qui pourrait se révéler à l'avenir une mauvaise direction) ? Ou encore, simplement par respect pour les travaux de leurs collègues (même s'ils sont plus que sceptiques en privé) ? Finalement, peut-être ne veulent-ils pas prendre le risque d'être marginalisé par le reste de leurs collègues si le reste de la communauté considère qu'ils ont la critique trop facile ?

    Cordialement.

  15. #313
    noir_ecaille

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Peut-être pourrait-on imaginer le départ de la sélection naturelle parmis plusieurs proto-formes de vie ?
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  16. #314
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonjour,

    Il est effectivement important de déterminer quand la sélection naturelle commence à jouer un rôle dans le processus qui mène à la vie. Cela dit, le principal problème est d'être en mesure de déterminer les étapes intermédiaires qui ont jalonné le fossé immense entre la synthèse des monomères organiques à la base de la vie et la première population d'organismes cellulaires. Le nombre et la nature de ces étapes intermédiaires étant sujet à débat, le moment auquel la sélection naturelle commence à jouer un rôle est également sujet à débat. À mon humble avis, même les plus grands spécialistes de la question sont incapables de conceptualiser avec précision une liste plus ou moins exhaustive d’étapes allant des monomères organiques jusqu’à l’organisme unicellulaire.

    Dans ce contexte, le terme "proto-formes de vie" est suffisamment ambigu, tu en conviendras j'imagine.

    J'ai cité deux publications dans cette discussion, au message #140, qui mettent l’accent sur la sélection naturelle dès le niveau de l’apparition des gènes (en l’absence de cellules) :

    Coenzymes, viruses and the RNA world (Reyes-Prieto, 2012)

    The results of a detailed bioinformatic search for ribonucleotidyl coenzyme biosynthetic sequences in DNA- and RNA viral genomes are presented. No RNA viral genome sequence available as of April 2011 appears to encode for sequences involved in coenzyme biosynthesis. In both single- and double-stranded DNA viruses a diverse array of coenzyme biosynthetic genes has been identified, but none of the viral genomes examined here encodes for a complete pathway. Although our conclusions may be constrained by the unexplored diversity of viral genomes and the biases in the construction of viral genome databases, our results do not support the possibility that RNA viruses are direct holdovers from an ancient RNA/protein world. Extrapolation of our results to evolutionary epochs prior to the emergence of DNA genomes suggest that during those early stages living entities may have depended on discontinuous genetic systems consisting of multiple small-size RNA sequences.
    Oxytricha as a modern analog of ancient genome evolution (Goldman & Landweber, 2012)

    Several independent lines of evidence suggest that the modern genetic system was preceded by the ‘RNA world’ in which RNA genes encoded RNA catalysts. Current gaps in our conceptual framework of early genetic systems make it difficult to imagine how a stable RNA genome may have functioned and how the transition to a DNA genome could have taken place. Here we use the single-celled ciliate, Oxytricha, as an analog to some of the genetic and genomic traits that may have been present in organisms before and during the establishment of a DNA genome. Oxytricha and its close relatives have a unique genome architecture involving two differentiated nuclei, one of which encodes the genome on small, linear nanochromosomes. While its unique genomic characteristics are relatively modern, some physiological processes related to the genomes and nuclei of Oxytricha may exemplify primitive states of the developing genetic system.
    Il y a également le papier de Koonin & Martin (2005), que nous avons évoqué à plusieurs reprises dans cette discussion, et ce dès le message #14 :

    On the origin of genomes and cells within inorganic compartments

    Building on the model of Russell and Hall for the emergence of life at a warm submarine hydrothermal vent, we suggest that, within a hydrothermally formed system of contiguous iron-sulfide (FeS) compartments, populations of virus-like RNA molecules, which eventually encoded one or a few proteins each, became the agents of both variation and selection. The initial darwinian selection was for molecular self-replication. Combinatorial sorting of genetic elements among compartments would have resulted in preferred proliferation and selection of increasingly complex molecular ensembles – those compartment contents that achieved replication advantages. The last universal common ancestor (LUCA) we propose was not free-living but an inorganically housed assemblage of expressed and replicable genetic elements. The evolution of the enzymatic systems for (i) DNA replication; and (ii) membrane and cell wall biosynthesis, enabled independent escape of the first archaebacterial and eubacterial cells from their hydrothermal hatchery, within which the LUCA itself remained confined.
    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 23/01/2014 à 13h25.

  17. #315
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonjour,

    Une nouvelle publication de Michael Russell et ses collègues du Jet Propulsion Laboratory sera publiée dans Geochimica et Cosmochimica Acta le mois prochain :

    Pyrophosphate synthesis in iron mineral films and membranes simulating prebiotic submarine hydrothermal precipitates (Barge et al., 2014)

    William Martin a lui aussi co-écrit un nouvel article :

    Biochemical fossils of the ancient transition from geoenergetics to bioenergetics in prokaryotic one carbon compound metabolism (Sousa & Martin, 2014)

    J'ai également eu le plaisir de tomber sur deux autres nouvelles publications qui suggèrent de revoir la place du métabolisme dans le vivant. Les travaux de Michael Russell et al. y sont cités en exemple.

    Tout d'abord un article d'Andrew Moore, en tant qu'éditeur en chef du journal scientifique BioEssays, dans lequel ces deux articles sont publiés :

    The mark of metabolism: Another nail in the coffin of nucleic-acids-first in the origin of life? (Moore, 2014)

    Ensuite, l'article scientifique proprement dit :

    From the selfish gene to selfish metabolism: Revisiting the central dogma (Víctor de Lorenzo, 2014)

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 17/02/2014 à 03h17.

  18. #316
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonjour à tous,

    Il y a une nouvelle publication de l'équipe de Michael Russell au JPL, dans l'édition du 12 mars de la revue Astrobiology, mais cette fois-ci Michael Russell n'a pas co-signé l'étude :

    The Fuel Cell Model of Abiogenesis: A New Approach to Origin-of-Life Simulations (Barge et al., 2014)

    In this paper, we discuss how prebiotic geo-electrochemical systems can be modeled as a fuel cell and how laboratory simulations of the origin of life in general can benefit from this systems-led approach. As a specific example, the components of what we have termed the “prebiotic fuel cell” (PFC) that operates at a putative Hadean hydrothermal vent are detailed, and we used electrochemical analysis techniques and proton exchange membrane (PEM) fuel cell components to test the properties of this PFC and other geo-electrochemical systems, the results of which are reported here. The modular nature of fuel cells makes them ideal for creating geo-electrochemical reactors with which to simulate hydrothermal systems on wet rocky planets and characterize the energetic properties of the seafloor/hydrothermal interface. That electrochemical techniques should be applied to simulating the origin of life follows from the recognition of the fuel cell–like properties of prebiotic chemical systems and the earliest metabolisms. Conducting this type of laboratory simulation of the emergence of bioenergetics will not only be informative in the context of the origin of life on Earth but may help in understanding whether life might emerge in similar environments on other worlds.
    J'ai également remarqué que Michael Russell est récemment monté en grade au sein du JPL. Il a désormais le titre de "Group Supervisor", ce qui dans son cas veut probablement dire, moins d'expérimentation, plus de comptabilité.

    Cordialement.

  19. #317
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonsoir,

    Une nouvelle publication de Michael Russell et ses collègues est disponible depuis le jeudi 3 avril :

    The Drive to Life on Wet and Icy Worlds (Russell et al., 2014)

    This paper presents a reformulation of the submarine alkaline hydrothermal theory for the emergence of life in response to recent experimental findings. The theory views life, like other self-organizing systems in the Universe, as an inevitable outcome of particular disequilibria. In this case, the disequilibria were two: (1) in redox potential, between hydrogen plus methane with the circuit-completing electron acceptors such as nitrite, nitrate, ferric iron, and carbon dioxide, and (2) in pH gradient between an acidulous external ocean and an alkaline hydrothermal fluid. Both CO2 and CH4 were equally the ultimate sources of organic carbon, and the metal sulfides and oxyhydroxides acted as protoenzymatic catalysts. The realization, now 50 years old, that membrane-spanning gradients, rather than organic intermediates, play a vital role in life's operations calls into question the idea of “prebiotic chemistry.” It informs our own suggestion that experimentation should look to the kind of nanoengines that must have been the precursors to molecular motors—such as pyrophosphate synthetase and the like driven by these gradients—that make life work. It is these putative free energy or disequilibria converters, presumably constructed from minerals comprising the earliest inorganic membranes, that, as obstacles to vectorial ionic flows, present themselves as the candidates for future experiments.
    Les premiers mots du résumé : "Ce papier présente une reformulation de la théorie hydrothermale alcaline sous-marine pour l'émergence de la vie en réponse à de récentes découvertes expérimentales".

    De mon point de vue, c'est plutôt intéressant comme entrée en matière.

    Je ne désespère pas de pouvoir me procurer la publication ci-dessus, auquel cas je serai en mesure d'en discuter plus en détail si je trouve le temps.

    Cordialement.

  20. #318
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonsoir,

    Je viens de tomber sur un commentaire de Jonathan R. Evans paru dans le magazine de vulgarisation scientifique américain New Scientist, à propos de l'origine de la vie dans des évents hydrothermaux :

    Jonathan R. Evans (29 October 2010). "Did life begin with a bolt from the deep blue?", New Scientist, Volume 208, Issue 2784, Page 16.

    Pour ceux qui sont abonnés, il y a aussi le même article disponible sur le site de l'éditeur Elsevier :

    Did life begin with a bolt from the blue? (Evans, 2010)

    Le petit commentaire évoque les résultats d'une équipe japonaise menée par Ryuhei Nakamura de l'Université de Tokyo :

    Ryuhei Nakamura et al. (11 October 2010). "Electrical Current Generation across a Black Smoker Chimney", Angewandte Chemie International Edition, Volume 49, Issue 42, Pages 7692–7694.

    Cordialement.

  21. #319
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonsoir,

    Je viens de tomber sur un article de presse intéressant qui concerne la publication de Russell et ses collègues mentionnée ici plus haut, au message #317 de cette discussion :

    Water World Theory Of Life’s Origins Outlined In New Study

    Bonne lecture.

  22. #320
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonjour,

    Il y a 2 mois déjà, j'ai commencé à regarder les conférences disponibles sur le site internet de l'Institut d'Astrobiologie de la NASA. Il y a une série de conférences qui m'a particulièrement intéressé :

    NAI Director's Seminar Series

    Malheureusement la pauvre qualité du son n'est pas toujours très agréable à l'oreille. Parmi les 55 conférences qui sont encore disponibles à la visualisation, celles que j'ai particulièrement apprécié sont les suivantes :

    - Mark Young (26 octobre 2009) : "A Changing View of Viruses in the Evolution and Ecology of Life"
    - Tori Hoehler (1er mars 2010) : "Energy Flow and Life: A Thermodynamic-Kinetic View of Biology in Its Relationship With the Environment"
    - Kenneth Stedman (25 octobre 2010) : "Quo Vadis Astrovirology?"
    - John Peters (28 novembre 2011) : "New Insights Into the Transition of Iron-Sulfur Compounds From Minerals to Enzymes"
    - Peter Gogarten (29 avril 2013) : "Darwin's Coral of Life, Gene Transfer, and Inferring Properties of the Early Biosphere"

    À ma connaissance, il n'y a que trois conférences de cette impressionnante liste dans lesquelles sont cités les travaux de Mike Russell et/ou Bill Martin, celles de John Peters et de Kenneth Stedman que j'ai cité plus haut, mais aussi celle-ci (que je n'ai pas trouvé transcendante) :

    - Eric Gaucher (24 septembre 2012) : "Inferring Ancient Proteins: What They Tell Us, How We Know They Are Accurate, and Their Use Beyond Astrobiology"

    Paradoxalement, ce n'est pas la conférence de Peters que j'ai apprécié le plus (bien qu'elle soit en plein dans le sujet de cette discussion), mais plutôt celle de Stedman.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 18/05/2014 à 10h41.

  23. #321
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonjour à tous,

    Comme je l'ai dis par ailleurs dans cette discussion, ainsi que dans d'autres discussions sur le forum, je suis actuellement plus intéressé par les vieilles publications que par les nouvelles. Dernièrement, je lis beaucoup à propos de l'épopée des plasmogénistes (il y en avait beaucoup en France au début du XXe siècle). Les livres datent pour la plupart de la première décennie du XXe siècle, et sont donc accessibles gratuitement sur internet (il suffit de savoir où chercher, mais principalement sur Gallica), c'est pourquoi je m'intéresse à ce que l'on pensait de l'émergence de la vie à l'époque (a fortiori dans le monde francophone).

    Cela dit, ça ne m'empêche pas de garder un œil sur les nouvelles publications lorsque j'y pense et justement, à ce propos, je viens de trouver un petit article (2 pages) publié avant-hier par William Martin et ses collègues dans la célèbre revue Science :

    Energy at life's origin (Martin et al., 2014)

    Ci-dessous, une copie du résumé :

    Energy-releasing chemical reactions are at the core of the living process of all organisms. These bioenergetic reactions have myriad substrates and products, but their main by-product today is adenosine triphosphate (ATP), life's primary currency of metabolic energy. Bioenergetic reactions have been running in a sequence of uninterrupted continuity since the first prokaryotes arose on Earth more than 3.5 billion years ago, long before there was oxygen to breathe (1). Under what conditions did these bioenergetic processes first evolve?
    Cordialement.

  24. #322
    noir_ecaille

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    C'est payant Il faudra attendre quelques années pour en savoir plus... Ce qui est frustrant, parce que le résumé de dit rien et sert juste à créer du suspens...
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  25. #323
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonsoir,

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    C'est payant Il faudra attendre quelques années pour en savoir plus... Ce qui est frustrant, parce que le résumé de dit rien et sert juste à créer du suspens...
    Malgré tout, j'ai la très nette impression qu'un petit papier de deux pages n'a pas pour vocation de relater de nouveaux résultats, mais plutôt de faire le rappel de recherches déjà menées auparavant par William Martin, Nick Lane et leurs collègues.

    Par contre, je viens de trouver un passage dans une publication de François Jacob :

    Co-chairman's remarks: genetics and the twentieth century (Jacob, 1993)

    [...] At the end of the 1930s, however, a new interest in biochemistry and the extension of genetic analysis to microorganisms led to the detection of genes controlling biochemical reactions. It thus became possible to dissect metabolic pathways and to recognize the order of successive reactions which appeared to be catalyzed under the influence of specific genes. [...]
    Je voudrais vérifier les propos susmentionnés, donc si quelqu'un connaît un ou des travaux de "la fin des années 1930" qui relatent la découverte d'un lien entre un gène et une enzyme qui catalyse une réaction biochimique, je serais ravi d'en prendre connaissance.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 09/06/2014 à 22h37.

  26. #324
    Pfhoryan

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Citation Envoyé par Geb Voir le message
    Malgré tout, j'ai la très nette impression qu'un petit papier de deux pages n'a pas pour vocation de relater de nouveaux résultats, mais plutôt de faire le rappel de recherches déjà menées auparavant par William Martin, Nick Lane et leurs collègues.
    Oui, c'est exactement le cas. Une sorte de mini review, sans doute pour donner plus de visibilité à cette hypothèse.
    “if something happened it’s probably possible.” Peter Coney

  27. #325
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonjour,

    La publication évoquée au message #317 de cette discussion (soit 23 pages, sans compter les références) est enfin disponible gratuitement sur PubMed Central :

    The Drive to Life on Wet and Icy Worlds (Russell et al., 2014)

    Je vais entreprendre son analyse, et je vais prendre le temps de mettre en évidence les passages qui me paraissent intéressants dans cette discussion.

    Bonne lecture aux courageux qui feraient de même !

  28. #326
    noir_ecaille

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Je fais remonter ce fil parce que je voudrais repotasser la synthèse prébiotique, en particulier retrouver ce qu'on a vu des acides aminés -- relativement à l'arginie, la lysine et l'histidine aux abonnées absents dans l'expérience d'Urey-Miller. Je sais que j'ai lu quelques part dans les références du fil la synthèse d'acides aminés telle que proposée par M. Russel et ses collègues et il me semble qu'il y en avait un bon paquet !
    "Deviens ce que tu es", Friedrich W. Nietzsche

  29. #327
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonjour,

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Je fais remonter ce fil parce que je voudrais repotasser la synthèse prébiotique, en particulier retrouver ce qu'on a vu des acides aminés -- relativement à l'arginie, la lysine et l'histidine aux abonnées absents dans l'expérience d'Urey-Miller.
    Attention. Tout ce que Miller dit, c'est qu’en juin 1973, les acides aminés arginine, lysine et histidine : "do not yet have adequate prebiotic syntheses". Autrement dit, ça ne dit pas qu’ils "sont aux abonnées absents dans l’expérience d’Urey-Miller", ça pourrait aussi simplement dire que selon l’avis de Miller, la concentration de ces acides aminés n’est pas assez importante dans le cadre de l’hypothèse d’une soupe prébiotique.

    Pour être tout à fait sûr de ce que Miller a voulu dire par là, il faudrait que je puisse lire sa publication de 1974, ce qui m’est malheureusement impossible pour l’instant.

    Citation Envoyé par noir_ecaille Voir le message
    Je sais que j'ai lu quelques part dans les références du fil la synthèse d'acides aminés telle que proposée par M. Russel et ses collègues et il me semble qu'il y en avait un bon paquet !
    C’est possible, mais franchement ça ne me dit absolument rien. L’hypothèse de Michael Russell, c’est de partir de 4 acides aminés a priori "faciles à faire" (dans les évents hydrothermaux alcalins, mais pas seulement) : glycine, alanine, aspartate et glutamate.

    De ces quatre acides aminés, il estime qu’on peut obtenir, par polymérisation, des peptides de 3 à 6 résidus de long (voire 10 résidus, mais pas plus).

    Ensuite, il s’est attaché, avec James Milner-White notamment, à déterminer les propriétés catalytiques de tels peptides (principalement composés de glycine achirale, mais aussi d’alanine, puisque ce sont deux acides aminés produits en grande quantité relative), notamment en conjugaison avec les minéraux présents en solution dans l'évent, ainsi que des "fonctions" dont les différentes conformations possibles de ces peptides sont capables.

    C’est déjà pas si mal et ça me plaît à plus d’un titre. Notamment le fait que, dans l’hypothèse de Michael Russell, on a pas besoin de tous les acides aminés au début. Les acides aminés plus complexes peuvent être synthétisés une fois qu’un équipement proto-enzymatique suffisamment évolué a vu le jour pour permettre ces synthèses.

    Cordialement.
    Dernière modification par Geb ; 16/07/2014 à 15h26.

  30. #328
    Geb

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonjour,

    Il y a environ 2 semaines, Michael Russell a publié le compte-rendu d'une présentation en collaboration avec une équipe japonaise, sur le site de la revue scientifique japonaise en ligne JSTAGE :

    - Bioavailable energy in seafloor hydrothermal systems on Enceladus and early Earth (Shibuya et al., 2014)

    Seul petit problème, le résumé de la présentation (voir lien ci-dessus) n'est disponible qu'en japonais...

    Cordialement.

  31. #329
    doubleD

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    1941_genetic control of biochemical reactions in neurospora.pdf
    Citation Envoyé par Geb Voir le message
    Bonsoir,



    Malgré tout, j'ai la très nette impression qu'un petit papier de deux pages n'a pas pour vocation de relater de nouveaux résultats, mais plutôt de faire le rappel de recherches déjà menées auparavant par William Martin, Nick Lane et leurs collègues.

    Par contre, je viens de trouver un passage dans une publication de François Jacob :

    Co-chairman's remarks: genetics and the twentieth century (Jacob, 1993)



    Je voudrais vérifier les propos susmentionnés, donc si quelqu'un connaît un ou des travaux de "la fin des années 1930" qui relatent la découverte d'un lien entre un gène et une enzyme qui catalyse une réaction biochimique, je serais ravi d'en prendre connaissance.

    Cordialement.
    Salut
    J'avais pas vu ça. Au cas tu n'ais pas encore trouvé Je pense qu'il fait référence aux travaux de Beadle et Tatum avec Neurospora.
    http://www.genomenewsnetwork.org/res...adle_Tatum.php
    Je met le pdf de l'article (c'est en accès libre)

  32. #330
    Pfhoryan

    Re : Le scénario de l'origine de la vie enfin déterminé ?

    Bonjour,

    Un peu par hasard, je me suis retrouvé invité dans une petite conférence où il y avait également William Martin.
    Du coup j'ai enregistré sa présentation "hydrothermal vents and the origin of life".
    Il présente juste les grandes lignes mais cela reste une bonne introduction sur le sujet.

    Et puis c'est un assez bon orateur, très "funny"

    Enjoy:

    Dernière modification par Philou67 ; 01/10/2014 à 17h39. Motif: Rien
    “if something happened it’s probably possible.” Peter Coney

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