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Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%



  1. #1
    RSSBot

    Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Le séquençage du génome de notre plus proche cousin vient de franchir une étape décisive avec trois milliards de paires de bases décryptées par deux équipes collaborant depuis plusieurs années. Ces séquences vont pouvoir être comparées au génome humain et à celui du chimpanzé.Au département d'anthropologie évolutionnaire de l'Institut Max Planck (Leipzig, Allemagne), Svante Pääbo continue sa quête pour explorer le génome d'Homo neandertalensis, alias homme de Neandertal. Avec obstination, ce chercheur analyse des restes fossiles et tente d'en isoler des fragments d'...

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  4. #2
    ph11

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    En même temps, 60%, c'est comme s'ils n'avaient rien fait. Étant donné qu'une souris a 99% de code génétique en commun avec l'homme, les résultats seront significatifs lorsqu'on arrivera à plus de 99,9%

  5. #3
    clic

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Bonjour,

    J'aimerai savoir quels sont les méthodes de comparaisons de génome et une fois comparé, est ce que la datation en est déduit suivant ce résultat ou est ce la méthode du carbone 14 qui est utilisé pour la datation du vivant ?
    Si le vivant s'est fait par le temps et le hasard alors on arrivera à le réinventer

  6. #4
    JPL
    Responsable des forums

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Citation Envoyé par ph11 Voir le message
    En même temps, 60%, c'est comme s'ils n'avaient rien fait.
    Erreur : il suffit d'avoir un certain nombre de gènes et de comparer leur séquence à celle de H. sapiens. On peut savoir s'il y a des différences significatives ou non.
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #5
    Roy Callaghan

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Citation Envoyé par clic Voir le message
    Bonjour,

    J'aimerai savoir quels sont les méthodes de comparaisons de génome et une fois comparé, est ce que la datation en est déduit suivant ce résultat ou est ce la méthode du carbone 14 qui est utilisé pour la datation du vivant ?
    Habituellement lorsque tu veux comparer des genomes, tu sequences le genome qui t'interesse (plusieurs techniques possibles) et tu alignes avec ta sequence reference. Les deux sequences ainsi alignees te montre les differences entre les deux. Si tu souhaites, ensuite, visualiser le resultat, tu peux tracer un arbre phylogenique qui representera l'ecart entre tes deux sequences et d'autres sequences de references si tu decide d'ajouter d'autres genome dans ta comparaison. Tout ca se fait sur ordinateur.

    La comparaison de genome ne te donnera jamais une datation absolue, mais en combinant avec une datation au carbonne 14 par exemple, tu peux arriver a situer ton genome ou ta sequence dans le temps.

  9. #6
    acropole

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Bientot la réintroduction de l'homme de néandertal ?
    Sacré débat... on le fait avec les bouquetins des pyrénées, mais avec un espèce humaine ?

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  11. #7
    Roy Callaghan

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Citation Envoyé par acropole Voir le message
    Bientot la réintroduction de l'homme de néandertal ?
    Sacré débat... on le fait avec les bouquetins des pyrénées, mais avec un espèce humaine ?
    Ethiquement c'est impossible. Je vois mal une femme etre fecondee par un ovocyte transforme par de l'adn de neandertal.

  12. #8
    invite73192618

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Citation Envoyé par acropole Voir le message
    Bientot la réintroduction de l'homme de néandertal ?
    Sacré débat... on le fait avec les bouquetins des pyrénées, mais avec un espèce humaine ?
    A vue de nez ça plaît pas aux foules

    http://forums.futura-sciences.com/et...anderthal.html

  13. #9
    acropole

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Citation Envoyé par Roy Callaghan Voir le message
    Ethiquement c'est impossible. Je vois mal une femme etre fecondee par un ovocyte transforme par de l'adn de neandertal.
    Tu veux plutôt dire biologiquement impossible ?
    L'éthique ne rend rien impossible, elle interdit ou autorise.

  14. #10
    mh34
    Responsable des forums

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    A partir du moment où il faudrait utiliser un ovocyte et une mère porteuse "homo sapiens", ce ne serait pas vraiment un homme de Néandertal, de toutes les façons...

  15. #11
    Roy Callaghan

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Citation Envoyé par acropole Voir le message
    Tu veux plutôt dire biologiquement impossible ?
    L'éthique ne rend rien impossible, elle interdit ou autorise.
    Donc si l'ethique interdit, c'est impossible. Ca me semble tres peu probable qu'une fecondation d'une femme homo sapiens soit acceptée par un quelconque comité d'ethique.

    Ensuite mh34 a raison, a partir du moment ou la mere porteuse est homo sapiens, ce ne sera pas un vrai neandertal. Notamment a cause des mecanismes d'epigenetique.

  16. #12
    zb1000

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Que ce soit ethiquement interdit n'empeche pas que ce soit fait. Donnez suffisament d'argent à qqn de desesperé (et meme pas forcement) et ce sera fait... Et sinon, c'est pas les cobayes qui manquent, il suffit de tester sur des populations pauvres, comme cela arrive encore pour certains produits pharmaceutiques.
    Il faut juste qu'une entreprise decide que ça vaille le coup et ça se fera.

    Une "contamination" epigenetique semble probable mais je pense aura peu de portee sur le resultat final. Et sur plusieurs generations, en inseminant les descendants, le resultat s'approchera de plus en plus du modele neanderthal.

    Il va falloir que l'ONU se bouge

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  18. #13
    JPL
    Responsable des forums

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Soyons réalistes : un génome, c'est une suite de bases. Or pour cloner cela ne suffit pas : il faut l'ensemble des chromosomes parfaitement conservés (pire encore : le noyau) et ça, c'est impossible. On ne peut pas reconstituer des chromosomes à partir de la séquence des bases qu'ils contiennent.
    Donc arrêtons de supputer à partir d'un hypothèse impossible.
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  19. #14
    Roy Callaghan

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    Soyons réalistes : un génome, c'est une suite de bases. Or pour cloner cela ne suffit pas : il faut l'ensemble des chromosomes parfaitement conservés (pire encore : le noyau) et ça, c'est impossible. On ne peut pas reconstituer des chromosomes à partir de la séquence des bases qu'ils contiennent.
    Donc arrêtons de supputer à partir d'un hypothèse impossible.
    Peut etre en prenant des chromosomes d'homo sapiens, en remplacant juste les sequences codantes on pourrait reconstituer des chromosomes quasi d'origine. J'en sais rien mais ca me semble pas impossible.

  20. #15
    JPL
    Responsable des forums

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Je n'avais pas pensé à ça. En informatique il n'est théoriquement pas impossible de casser une clé de cryptage de 256 bits mais je te souhaite bien du plaisir (et du temps) pour le faire. Je pourrais même parier en toute sécurité le montant d'un très gros chèque. Je pense que l'hypothèse que tu évoques est du même genre : théoriquement possible (peut-être), mais pas réellement.

    PS : c'est l'idée utilisée dans le livre Jurassic Park où on met de l'ADN de dinosaure dans des chromosomes de batraciens (si je me souviens bien)
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  21. #16
    invite73192618

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    théoriquement possible (peut-être), mais pas réellement.
    Une clef de cryptage est protégé par la difficulté* de factoriser les grands nombres, mais je ne vois pas bien en quoi l'idée évoquée dans Jurassic Park est de difficulté équivalente. A moins que tu ne veuilles dire que, au cas où ne retrouve pas toute l'information pertinente dans les fossile, alors il faudrait aller à la pêche pour le reste. Est-ce bien ce que tu as en tête?

    *quoique cette difficulté ne soit pas prouvée mathématiquement

  22. #17
    JPL
    Responsable des forums

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    En fait la robustesse d'un clé de codage actuelle est garantie par une impossibilité pratique : celle de tester dans un temps raisonnable la multitude de combinaisons possibles. Cette impossibilité pratique pourrait disparaître avec la venue du monstre du Loch Ness appelé ordinateur quantique (mais j'attends toujours qu'on ait découvert le monstre du Loch Ness ).
    La difficulté de l'hypothèse Jurassic Park (appliquée au cas sapiens/neendertalensis) me paraît du même type. Non seulement il faudrait insérer au bon endroit les gènes neendertalensis (et même en se limitant à ceux qui sont notablement différents de ceux de homo cela signifie probablement quelques milliers). Mais en outre il est très probable qu'un certain nombre de différences entre ces deux espèces (s'il s'agit bien d'espèces différentes) reposent uniquement sur le niveau d'expression de certains gènes. Il faudrait donc insérer également les séquences régulatrices. Quand elles sont adjacentes aux gènes ou peut espérer les identifier et les récupérer, mais on sait hélas que c'est loin d'être toujours le cas.
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  23. #18
    Roy Callaghan

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    L'hypotese d'utiliser les chromosomes d'homo sapiens comme template n'est pas forcement comparable au cassage d'une cle de cryptage a mon avis (je me mefie des comparaisons ). Je ne suis pas specialiste en biologie moleculaire, meme si j'en utilise un peu tout les jours, mais il me semble que l'on sait remplacer une sequence d'un chromosome in vitro (on sait meme le faire in vivo en utilisant des vecteurs viraux). Il suffirait donc de remplacer in vitro quasiment tout l'ADN que l'on peut avec de l'ADN de neandertal, pour ensuite reccuperer le noyau modifie.
    Ce n'est certainement pas facile mais ca ne me semble pas irrealiste, surtout si plusieurs equipes performantes y travaillent en parallele.

    Mais c'est certain que le neandertal issu d'un tel bricolage ne sera pas similaire a un neandertal originel. A mon avis on sous estime beaucoup l'impact de l'epigenetique et de tout ce qu'on ne connait pas encore. Nottament lors du developpement embryonnaire, avec les gradients d'expression determines par l'ovocytes, etc...

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  25. #19
    invite73192618

    Re : Actu - Le génome de Neandertal séquencé à 60%

    Après réflexion l'analogie me semble moyennement pertinente: tout problème NP (dont la factorisation) peut être solutionné en deux étapes: une première étape pour faire un arbre des possibles, et une seconde pour vérifier si une solution possible est la bonne. Or c'est seulement la première partie qui est difficile pour les problèmes NP, alors que pour la construction d'un code génétique c'est le contraire: l'arborescence n'est pas si grosse quand on y pense, alors que "vérifier la solution" est la partie difficile.

    Bref, avant de ressusciter des espèces disparues il faudra commencer par essayer d'obtenir une souris à partir d'un ovocyte de rat, c'est-à-dire préciser la faisabilité technique quand on dispose de toutes les informations.

    A mon avis on sous estime beaucoup l'impact de l'epigenetique et de tout ce qu'on ne connait pas encore. Nottament lors du developpement embryonnaire, avec les gradients d'expression determines par l'ovocytes, etc...
    Très Juste, d'où l'intérêt de ce genre d'expérience qui serait un moyen de vérifier si on oublie pas quelque chose d'important dans l,histoire

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