Actu - Un ADN à l'arsenic : nouvelle forme de vie et révolution en exobiologie

[invité6543212033]

Pourquoi une hydrolyse ???

Selon moi, l'adénosine triphosphate se transforme par le métabolisme énergétique de la cellule en adénosine diphosphate !!!

@ +

[Publicité]

[Amanuensis]

Pourquoi une hydrolyse ???

Parce que ATP + H20 --> ADP + Pi + énergie est une hydrolyse

[invité6543212033]

OK ... c'est loin pour moi tout çà !

Sinon pourquoi tu mets un "i" après P pour inductif ???

[noir_ecaille]

P_i (et non "Pi") pour "inorganique"

Autrement dit H₃PO₄.

[invité6543212033]

Ah merci !

[Amanuensis]

Sinon pourquoi tu mets un "i" après P pour inductif ???

P devrait être réservé à l'atome de phosphore.

Les biologistes utilisent P aussi pour "phosphate" (dans ATP par exemple).

P_i : ion phosphate (dont les formes dominantes en solution aqueuse autour de pH 7 sont H₂PO₄^- et HPO₄^2-)

[Publicité]

[invité6543212033]

Oui çà me rappelle des souvenirs !

[JPL]

Parce que ATP + H20 --> ADP + Pi + énergie est une hydrolyse

Ou plus exactement les réactions où est impliqué l'ATP sont formellement équivalentes à une hydrolyse car il n'y a jamais dans le métabolisme normal de réaction directe de l'eau avec l'ATP. Donc c'est une approximation verbale qu'on peut se permettre à condition de ne pas la prendre au pied de la lettre.

[invité6543212033]

Oui, çà se note Pi-Pi~Pi !!!

[JPL]

Et ne pas en conclure que quand on fait pipi c'est de l'adénosine diphosphate !

[Alhec]

Ou plus exactement les réactions où est impliqué l'ATP sont formellement équivalentes à une hydrolyse car il n'y a jamais dans le métabolisme normal de réaction directe de l'eau avec l'ATP. Donc c'est une approximation verbale qu'on peut se permettre à condition de ne pas la prendre au pied de la lettre.

Ah bon? La biochimie ça n'a jamais été mon fort, tu peux expliquer un peu? J'ai cherché un peu dans un bouquin de bioch mais je n'ai pas trouvé.

[Pfhoryan]

Et y-a-t'il des différences importantes entre la chimie de l'ion phosphate et de l'ion arséniate ?

Westheimer a fait une revue sur l'intérêt du phosphate pour le vivant il y a quelques années. Il y parle aussi rapidement des alternatives comme l'arsenate.

[Publicité]

[invité6543212033]

Petite question : est-ce que les ribosomes sont touchés par As ???

@ +

[JPL]

Ah bon? La biochimie ça n'a jamais été mon fort, tu peux expliquer un peu? J'ai cherché un peu dans un bouquin de bioch mais je n'ai pas trouvé.

En fait quand on fait le bilan global des réactions impliquant de l'ATP tout se passe comme si une molécule d'eau avait été consommée, bien qu'il n'y ait pas d’hydrolyse réelle de l'ATP en ADP + Pi parce que le phosphate "libéré" ne l'est pas réellement : il sert à phosphoryler une autre molécule. Néanmoins l'énergie récupérée par ces réactions est bien quantitativement la même que celle que libérerait une hydrolyse de l'ATP.

Petite question : est-ce que les ribosomes sont touchés par As ???

Si ce qui est prétendu est vrai (à mon avis il faut attendre d'autres travaux) la réponse serait oui puisque les ribosomes sont majoritairement constitués d'ARN.

[Amanuensis]

Westheimer a fait une revue sur l'intérêt du phosphate pour le vivant il y a quelques années. Il y parle aussi rapidement des alternatives comme l'arsenate.

Thanks !....

[Pfhoryan]

Petite question : est-ce que les ribosomes sont touchés par As ???

On peut s'y attendre vu qu'ils sont constitués en grande partie d'ARN. (edit: doublé avec JPL. Tout arrive... )

Ce qui est très difficile a avalé dans cette histoire, c'est que dans cette bactérie, toutes les réactions chimiques impliquant un phosphate fonctionneraient toutes raisonnablement bien avec un arsenate.

[super_phoenix]

Bonjour,

L'intérêt intrinsèque de la découverte est, selon moi, incontestable.
Mais n'est ce là qu'une curiosité de la nature, nous interpelant toujours au moment ou on croit pouvoir la saisir, ou est ce que quelqu'un a des idées d'applications pratiques qu'une telle bactérie pourrait permettre?
Dépollution peut être...

Cordialement

[Jean-Luc P]

Ou plus exactement les réactions où est impliqué l'ATP sont formellement équivalentes à une hydrolyse car il n'y a jamais dans le métabolisme normal de réaction directe de l'eau avec l'ATP. Donc c'est une approximation verbale qu'on peut se permettre à condition de ne pas la prendre au pied de la lettre.

Ah bon ? L'ATP est une molécule stable ? Bien sûr qu'elle s'hydrolyse, c'est bien pourquoi les stocks d'ATP ne sont que transitoires.

Elle est certes stabilisée par la répulsion électrostatique des trois phosphates, mais en pratique elle reste sensible à l'hydrolyse. Je dois avoir quelque part des données cinétiques là-dessus...

[Publicité]

[Insight]

Bonjour,

L'intérêt intrinsèque de la découverte est, selon moi, incontestable.
Mais n'est ce là qu'une curiosité de la nature, nous interpelant toujours au moment ou on croit pouvoir la saisir, ou est ce que quelqu'un a des idées d'applications pratiques qu'une telle bactérie pourrait permettre?
Dépollution peut être...

Cordialement

Il me semble que cette bacterie appartient a la meme famille qui est utilisee pour nettoye le petrol dans le golf de Mexico.

[JPL]

Ah bon ? L'ATP est une molécule stable ? Bien sûr qu'elle s'hydrolyse, c'est bien pourquoi les stocks d'ATP ne sont que transitoires.

Je n'ai jamais dit cela. Bien sûr si l'on fait une solution d'ATP dans l'eau celui-ci va être rapidement hydrolysé. Ce que j'ai voulu dire c'est que dans les réactions du métabolisme où l'ATP est impliqué celui-ci ne réagit pas avec une molécule d'eau, mais avec les métabolites impliqués. Simplement quand on fait le bilan global tout se passe comme si on avait
ATP + H2O =>ADP + Pi et l'énergie fournie est égale à celle de cette réaction d'hydrolyse, mais c'est fictif.

[Carcharodon]

J'ai trouvé un article qui résume assez bien, de mon point de vue, ce qu'il faut penser de cette annonce :

http://www.slate.fr/story/31181/nasa...xtraterrestres

Je n'aurais personnellement rien a rajouter, et je trouve le point de vue de l'auteur très pertinent, sans connaitre cependant la valeur de cette source (merci de m'informer a ce sujet -valeur de cette source- si vous en savez plus que moi !).

[Daklok]

Hop une petite mise à jour : j'avais raison d'être un peu circonspect, il semble que pas mal de monde (experts) critiquent la découverte.

Pour certains, les preuves apportées ne sont pas suffisantes pour justifier les conclusions que l'arsenic est bien incorporé dans l'ADN (et encore moins dans les autres molécules qui en contiennent normalement).

http://rrresearch.blogspot.com/2010/...ria-nasas.html

http://scienceblogs.com/webeasties/2...-based_dna.php

Bref, la Nasa semble vouloir faire dans le sensationnel plutôt que le scientifique. Dommage.

[invite73192618]

http://rrresearch.blogspot.com/2010/...ria-nasas.html

http://scienceblogs.com/webeasties/2...-based_dna.php

Merci bien. Dans le cas de ALH 84001 j'avais encore un doute, mais là... la révolution attendra

[mtheory]

Merci bien. Dans le cas de ALH 84001 j'avais encore un doute, mais là... la révolution attendra

On a quelque chose là-dessus, stay tuned !

[Publicité]

[Cendres]

Et c'est là que l'on voit que certains commentaires dans cette discussion sur les "dogmes biologiques" ou le supposé état d'esprit des biologistes auraient mérité plus de nuances...

[piwi]

J'ai lu le dernier des deux liens donné récemment. En tant que biologiste moléculaire, je ne suis pas certain de recevoir l'argument d'invalidation par simple relecture d'une expérience si simplement qu'il est présenté dans le blog.
L'extraction phénol/chloroforme ne se fait pas, comme son nom l'indique, dans l'eau. Elle se fait en 4 étapes:
1. extraction dans un mélange 50/50 de phénol saturé en tris et de chloroforme.
2. précipitation de l'ADN dans l'ethanol absolu
3. lavage dans l'ethanol 70%
4. séchage et reprise dans l'eau.

On voit bien que seule la dernière étape se fait dans l'eau pure. Dans quelle mesure, les données d'hydrolyse spontannée en milieu aqueux peuvent être directement extrapolées aux différents milieux de la procédure? Aucune idée. Si un chimiste a une idée...

Parler de l'arsenic comme résidu contaminant résiduel me convainc assez peu aussi. D'ailleurs, à parler d'eau salée, l'étape 2 de l'extraction doit se faire en présence de 200mM de sels, minimum. Donc, si les ions devaient se coller sur l'ADN, on devrait présisément les retrouver dans toutes extractions comme le suggère son expérience de pensée. En fait, on en élimine beaucoup au cours de l'étape de lavage 3. J'imagine que les taux d'arsenate, qui auraient du être lavés eux aussi, sont suffisant pour ne pas avoir été considérés comme de simples traces.

Maintenant, les autres arguments, me semblent bien plus pertinants. En particulier le fait de considéré non pas le taux de phosphore relativement à l'arsenic mais d'une manière absolue. D'un coup, l'argument principal tombe.
Par ailleurs, on reste avec le problème de la gestion du switch (incompréhensible) par la cellule.

Cordialement,
piwi

[Alhec]

C'est même plus de la critique, à ce niveau-là c'est "a piece of ownage" comme disent les anglo-saxons. Faut avouer que quand il se demande pourquoi les auteurs n'ont pas fait de spectroscopie de masse sur l'ADN directement, c'est assez pertinent. Ne me dites pas qu'ils n'ont pas ce genre d'appareils ni les moyens à la NASA pour réaliser cette expérience simple C'est quand même hallucinant non? Qu'en pensez-vous? Pourquoi tous ces détours alors qu'il existe un moyen bien connu d'analyser la composition d'une molécule? Il y aurait des restrictions qui m'échapperaient?

[piwi]

Disons que pour ce genre de publication j'irais encore plus loin. On peut se demander pourquoi les reviewers n'ont pas exigé une cristallo de cet ADN.

[Daklok]

Disons que pour ce genre de publication j'irais encore plus loin. On peut se demander pourquoi les reviewers n'ont pas exigé une cristallo de cet ADN.

Ça me semble être trop demandé ; une « simple » spectrographie de masse devrait pouvoir faire l'affaire, apparemment.

En plus, je ne suis pas sûr qu'une cristallo soit très intéressante dans ce cas, entre un atome d'Arsenic et de Phosphore, ça n'est peut-être pas différent ; ce serait intéressant si la structure elle-même est altérée... mais avant d'en arriver là il faudrait d'abord être sûr qu'il y a effectivement de l'arsenic dans l'ADN.

[piwi]

Disons que c'est un peu le truc du papier. Ils annoncent qu'il y a de l'arsenic dans l'ADN. En un mot, il annoncent une nouvelle forme d'ADN. Devant la dimension de l'annonce, on voudrait la voir cette molécule. Watson et Crick n'ont pas fait moins! Dans les années 1950...
La résolution de la cristallo aujourd'hui serait suffisante pour identifier l'arsenic.
A mon sens ce n'est pas trop demander (même si ça ne se fait pas tout seul, c'est évident). Il y a des équipes très au point, on parle d'une recherche supportée par la NASA, on parle d'une découverte majeur.

En gros la question est: imaginons que ce soit moi (ou toi) qui ait cherché à publier cette histoire. Penses-tu qu'en l'état elle serait sortie dans Science? Dans un journal moins coté? Disons que les reviewers ont été sympa.

piwi