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Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus



  1. #1
    RSSBot

    Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Les chercheurs du laboratoire Information génomique et structurale (CNRS, Marseille) participent en 2003 à la découverte, chez une amibe, du plus grand virus à ADN jamais recensé, Mimivirus. En 2004, ils analysent son génome et y trouvent des gènes inhabituels chez les virus. Leurs derniers travaux, publiés le 11 octobre dans les Proceedings of the national Academy of Sciences of the USA (PNAS), montrent...{br}{br}Lire l'article : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus {br}
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  3. #2
    invité576543
    Invité

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Citation Envoyé par Article
    # les eucaryotes, cellules caractérisées par la présence d'un noyau, constituant les plantes, les animaux, les champignons
    # les bactéries, cellules procaryotes (sans noyau)
    # les archéobactéries, bactéries aux caractéristiques intermédiaires entre procaryotes et eucaryotes, connues pour leur capacité à vivre dans les milieux extrêmes
    Bonjour,

    La citation n'est pas le sujet de l'article, très intéressant par ailleurs. Mais je ne peux pas m'empêcher de râler contre la mélasse conceptuelle du texte en citation.

    - Les eucaryotes comprennent aussi toute une floppée de groupes unicellulaires. Non au racisme pro-multicellulaires!

    - le mot "procaryote" groupe bactéries et archées;

    - les archées ne sont pas des bactéries (la contradiction du texte est évidente!); elles ont une structure procaryote (sans noyau, à vue similaire à celle des eubactéries; la différence est surtout à l'échelle moléculaire), et le côté intermédiaire est fort discuté, à ma connaissance. Enfin, des eubactéries vivent dans les milieux extrêmes et des archées vivent dans les milieux normaux. Ce n'est pas un caractère pertinent!

    Cordialement

  4. #3
    JPL

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Globalement d'accord avec toi, mais la bible actuelle de la systématique (le livre Classification phylogénétique du vivant) utilise le terme bactéries à propos des Archées, mais désigne les bactéries classiques par le terme Eubactéries. La même source ne considère pas procaryote comme un phylum regroupant eubactéries et archées, mais comme un regroupement artificiel.
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  5. #4
    invité576543
    Invité

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Citation Envoyé par JPL
    Globalement d'accord avec toi, mais la bible actuelle de la systématique (le livre Classification phylogénétique du vivant) utilise le terme bactéries à propos des Archées, mais désigne les bactéries classiques par le terme Eubactéries. La même source ne considère pas procaryote comme un phylum regroupant eubactéries et archées, mais comme un regroupement artificiel.
    Presque d'accord. Le mot bactéries recouvre aussi les eubactéries, ce qui en fait le synonyme de "procaryote". Le plus simple (mon opinion) est d'oublier bactérie, d'utiliser eubactéries et archées, et de réserver procaryote à l'usage comme adjectif applicable à la structure cellulaire (et non pas comme phylum)....

    Mais la question c'est pourquoi les articles ne font pas ces efforts-là!

    Cordialement,

  6. #5
    JPL

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Les articles sont ce qu'ils sont, et cela montre le bien fondé de cette section du forum.
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Biocef

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    vous avez pensé à retourner la photo de l'article pour resoudre l'enigme ?

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  10. #7
    Vinc

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Salut!
    Citation Envoyé par mmy
    - Les eucaryotes comprennent aussi toute une floppée de groupes unicellulaires. Non au racisme pro-multicellulaires!
    L'article ne dis pas le contraire, il dit juste que les eucaryotes se répartissent en 3 règnes qui sont les animaux, les végétaux et les champignons.....Il n'y a pas restriction aux pluricellulaires : à ce que je sache il existe bien des animaux, des végétaux et des champignons unicellulaires....Je ne vois pas le problème.
    D'accord pour le reste.
    A+
    Vinc
    Primum non nocere.

  11. #8
    Noun

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Le p[robleme, c'est qu'il existe plein d'eucaryotes qui ne sont ni des vegetaux, ni des champignons ni des animaux

  12. #9
    Vinc

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Salut!
    Citation Envoyé par Noun
    Le p[robleme, c'est qu'il existe plein d'eucaryotes qui ne sont ni des vegetaux, ni des champignons ni des animaux
    Tu peux préciser s'il te plait?
    Primum non nocere.

  13. #10
    Noun

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    par exemple les diatomes, les dinoflagelates ; tout ce qui n'est ni animals, ni fungi, ni green plants sur ce lien (il y a quelques photos pour illustrer)
    http://tolweb.org/tree?group=eukaryotes

    Noun

  14. #11
    Vinc

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Salut!
    Mouai.........bon perso j'ai toujours considéré les diatomées et autres algues unicellulaires comme des végétaux! Mais c'est vrai que la nouvelle classif aurait plutôt tendance à les exclure des 3 règnes mais je ne suis pas certain que cette nouvelle classif soit bien ancrée dans les esprits...... Surtout lorsque l'on sait qu'elle n'est qu'une alternative de classement et que la "vielle classification" reste valable.
    Mais autant pour moi, si on s'en réfaire à la nouvelle classif tu as raison, il y a de nombreux eucaryotes qui ne sont ni végétaux, ni animaux, ni fongiques.....Le véritable problème en fait...........est que je n'ai pas appris cette classification et que je ne connais que l'ancienne!
    A+
    Vinc
    Primum non nocere.

  15. #12
    invité576543
    Invité

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Bonsoir,

    Il n'y avait pas écrit "végétal" mais plante. Il y aurait eu végétal, je n'aurait pas cité la ligne.

    "plante" c'est nulle part dans la systématique, et ça ne m'évoque pas une diatomée.

    Mais dans ma réaction j'aurais dû être plus clair. Pourquoi ajouter un texte approximatif plutôt que rien? Cet ajout n'éclaire pas le sujet de l'article, et embrouille plus qu'autre chose.

    Cordialement,

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  17. #13
    invité576543
    Invité

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    En fait, si, je l'aurais cité à cause de "animaux". Les eucaryotes monocellulaires non photosynthétiques ne me semblent pas inclus dans les "animaux" dans le langage courant.

    Cordialement,

  18. #14
    invité576543
    Invité

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Bon, OK tout ça c'est du pinaillage, et je plaide coupable.

    Ceci dit, quelqu'un sait-il pourquoi il rattache ledit virus aux Eucaryotes dans le dessin à la fin? Surtout que le texte dit "L'absence d'une quelconque similarité du promoteur de Mimivirus avec les organismes eucaryotes actuels..."

    Avec 4 branches, il y a 3 arbres distincts possibles. Le dessin en propose un des trois! Est-ce parce que l'auteur voulait à tout prix un dessin, ou y-a-il une raison à ce choix?

    Cordialement,

  19. #15
    quetzal

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    hm, et la question de la définition du vivant, là, elle en prend pas un coup dans l'ailes, je dis ça parceque c'est un de mes dada

    je tire la couverture a moi, si ça dérange personne

  20. #16
    Futura

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Si vous arrivez à vous mettre d'accord sur des définitions "uptodate", on pourra modifier l'article et les ajouter au glossaire
    Just do it !

  21. #17
    invité576543
    Invité

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Je relève le gant:

    Une proposition (et j'ai la classification phylogénétique du vivant, première édition, sous la main, je précise!)

    # les eucaryotes, organismes uni- ou pluricellulaires, aux cellules caractérisées par la présence d'un noyau, comprenant entre autres les végétaux, les animaux, les champignons
    # les eubactéries, organismes monocellulaires à structure procaryote (sans noyau)
    # les archées, ou archéobactéries, organismes monocellulaires à structure procaryotes se distinguant des eubactéries par une chimie cellulaire différente. Certaines colonisent des milieux aux caractéristiques extrêmes.


    Ce texte garde les idées d'origine, avec juste quelques ajouts de nuance, et un changement de vocabulaire... Du pinaillage... mais ce qui est bien sur FSG, c'est qu'on peut pinailler!!

    Cordialement,

  22. #18
    Futura

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Effectivement on est avant tout là pour échanger et avancer ensemble.

    Pour les defs ok ; serait-il possible en vue de les ajouter au glossaire de les rallonger ? 5 à 10 lignes serait pas mal si tu pouvais avec une description plus large, des exemples ... merci !
    Just do it !

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  24. #19
    invité576543
    Invité

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Une proposition plus longue, alors. Plus ou moins adaptée du Lecointre Le Guyader, avec des biais qui me sont propres et n'engagent que moi.

    Qu'on hésite pas à critiquer, changer, compléter... La rédaction en groupe est mon métier, toute amélioration est la bienvenue (éventuellement avec discussion!).


    # les eucaryotes, organismes uni- ou pluricellulaires, aux cellules caractérisées par la présence d'un noyau, comprenant entre autres les végétaux, les animaux, les champignons. La structure eucaryote se caractérise par la présence de nombreux organites, dont certains sont d'origine symbiotique. Les organismes eucaryotes ont des tailles et des formes extrèmement variées, dupuis des organismes unicellulaires juq'uà des multicellulaire qui peuvent atteindre des tailles importantes, jusqu'à 100 m. Les organismes multicellulaires se composent de cellules différenciées, jouant des rôles distincts, et constituant des organes spécialisés, permettant des actions mécaniques ou de traitement de l'information à une échelle au-dessus de celle des cellules. Les eucaryotes sont essentiellement aérobies, à métabolisme simple, et en majorité phototrophes. Le reste est principalement prédateur (animaux) ou saprophytes (champignons). Les eucaryotes ont développé un cycle vital particulier, alternant une phase haploïde et une phase diploïde, base de la procréation sexuée.

    # les eubactéries, organismes monocellulaires à structure procaryote (sans noyau). Ce groupe comprends la plupart des bactéries citées usuellement, comme pathogènes pour les humains (bacilles de Koch, de la lèpre, du choléra, ...), pour leurs usages (yaourt, ...), pour leur activité dans le sol (cycle de l'azote). Les eubactéries couvrent un très vaste éventail de milieux de vie, tirant leur énergie aussi bien de la lumière solaire (cyanobactéries), que d'autres organismes vivants (parasites), de la dégradation des substances organiques, ou de composés chimiques minéraux. Forme principale de vie pendant longtemps, les eubactéries restent la partie la plus importante du vivant, par leur nombre et par les rôles fondamentaux qu'elles remplissent dans les cycles écologiques. Certaines d'entre elles sont devenues symbiotiques avec des eucaryotes, soit en extra-cellulaires (symbiontes des coraux, des lichens, des racines de plantes), soit intra-cellulaires (mitochondries, chloroplastes) comme organites jouant là aussi un rôle fondamental dans le métabolisme.


    # les archées, ou archéobactéries, organismes monocellulaires à structure procaryotes se distinguant des eubactéries par une chimie cellulaire différente. Comme les eubactéries, on les trouve dans tous les milieux, y compris dans les estomacs des mammifères. Les archées dominent souvent dans des milieux aux caractéristiques extrêmes, en température (chaud ou froid, les archées forment une partie importante de la biomasse en antarctique), milieux hypersalés ou hyperacides. Leur nom vient de l'hypothèse originelle qu'il s'agissait de formes de vie les plus anciennes, hypothèse remise en cause.

    Cordialement,

  25. #20
    JPL

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Ça m'a l'air pas mal. Juste quelques détails :

    les eucaryotes, organismes uni- ou pluricellulaires, aux cellules caractérisées par la présence d'un noyau,
    Personnellement je mettrais "noyau entouré d'une double membrane" .

    Les eucaryotes sont essentiellement aérobies, à métabolisme simple, et en majorité phototrophes
    Je ne sais pas trop ce que tu entends par métabolisme simple, parce que cela ne me paraît pas si simple que ça. En outre tu suggères, mais sans le dire que la plupart sont des végétaux.

    Les eucaryotes ont développé un cycle vital particulier, alternant une phase haploïde et une phase diploïde, base de la procréation sexuée.
    Dans cette formulation on a l'impression que c'est la phase diploïde qui est le support de la reproduction sexuée.
    Personnellement je préfèrerais :
    Les eucaryotes sont essentiellement aérobies et se répartissent en trop groupes principaux : les plantes sont, sauf exception, phototrophes. Les animaux sont "herbivores" ou prédateurs et les champignons sont saprophytes. En raison de la multiplication sexués pratiquée par la majorité des espèces les eucaryotes ont développé un cycle vital particulier, alternant une phase haploïde et une phase diploïde.

    Certaines d'entre elles sont devenues symbiotiques avec des eucaryotes, soit en extra-cellulaires (symbiontes des coraux, des lichens, des racines de plantes), soit intra-cellulaires (mitochondries, chloroplastes) comme organites jouant là aussi un rôle fondamental dans le métabolisme.
    À mon souvenir il y a des symbiotes intracellulaires qui sont des eubactéries parfaitement identifiables. Et le texte pourrait suggérer à un lecteur peu averti que les chloroplastes et mitochondries sont encore des bactéries, ce qui n'est plus le cas à cause de leur régression. Je suggère :

    Certaines d'entre elles sont devenues symbiotiques avec des eucaryotes, soit en extra-cellulaires (beaucoup de bactéries du tube digestif des animaux, symbiontes des coraux, des lichens, des racines de plantes), soit intra-cellulaires. Les mitochondries et les chloroplastes proviennent originellement de bactéries qui sont devenues symbiotes dans un lointain passé. Toutefois elles ont tellement régressé qu'elles sont devenu des organites indissociables de leur cellule hôte, où elles jouent un rôle fondamental dans le métabolisme.

    Toutefois la plupart des symbiontes des coraux et des lichens sont des "algues". Et je ne vois pas comment régler le problème parce que ta définition laisse penser le contraire.
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  26. #21
    invité576543
    Invité

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Citation Envoyé par JPL
    Toutefois la plupart des symbiontes des coraux et des lichens sont des "algues". Et je ne vois pas comment régler le problème parce que ta définition laisse penser le contraire.
    Je prends en compte le reste. Je ferai la synthèse plus tard.

    Pour les symbiontes des lichens, faut que je retrouve des sources claires. La plupart indiquent "algues" sans précision. Mais les cyanobactéries sont classées "algues" (algues bleues) un peu partout.

    Si tu as des sources bien claires (qui précisent procaryote ou eucaryote) aussi bien pour lichen ou corail, ça m'interesse!

    Cordialement,

    Michel

  27. #22
    invité576543
    Invité

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Sinon, pour le rapport végétaux/animaux, c'est clairement à l'avantage des végétaux en terrestre, il me semble.

    En mer, c'est un point d'interrogation pour moi. En production, il faut bien que la masse végétale produite par an soit très supérieure à la masse animale, mais il semble que le rapport production annuelle/stock des photosynthétiques marins soit beaucoup plus grand que le même rapport en terrestre. Du coup, il se peut qu'en stock, masse à un moment donné, il y ai autant ou plus d'animaux en mer que de végétaux.

    C'est une donnée que je cherche depuis quelque temps, sans rien trouver de clair...

    Cordialement,

  28. #23
    invité576543
    Invité

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Après recherche sur plein de sites, j'en ai trouvé plusieurs qui disent que les zooxanthelles du corail sont des dinoflagellés, donc eucaryotes...

    Et pour le lichen Wikipedia dit "Toutes les algues qui prennent part à la formation de lichens sont des chlorophycées", eucaryote encore

    Je corrigerai!
    Dernière modification par invité576543 ; 29/10/2005 à 15h41.

  29. #24
    JPL

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Citation Envoyé par mmy
    Et pour le lichen Wikipedia dit "Toutes les algues qui prennent part à la formation de lichens sont des chlorophycées", eucaryote encore
    Cyanobactéries aussi. De mémoire cela me disait quelque chose, mais j'ai trouvé la confirmation à la p. 111 de la classification phylogénétique... 2ème édition.
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  30. Publicité
  31. #25
    Guillmot

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    Salut,

    Il semblerait que sur ce coup, Wikipedia se soit planté ! Mais Wiki n'est pas fiable à 100 %

    Les lichens sont l'association d'un Fungi (Basidiomycète ou Ascomycète par exemple) et d'une Chlorophycée (80 à 90% des symbioses) ou d'une Cyanobactérie (10-20% des symbioses).

    GuiL
    Compte à supprimer

  32. #26
    quetzal

    Re : Nouvelle énigme autour du virus géant Mimivirus

    petite, question récurente, et les virus??? sont-il une classe particulière ayant la capacité d'infester, donc d'avoir comme biotope, les cellules d'autres organisme, en une sorte d'evolution parralèle aux autre groupes... je connais les bactériophages qui evoluent en même temps que leur biotope préféré, les bactéries... alors, mimivirus, et autre virus??

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