Actu - Bactéries à l'arsenic : résultats mis à mal

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En 2010, des chercheurs de la Nasa avaient découvert une bactérie capable de se développer en utilisant&nbsp;l'arsenic. Rosie Redfield, une chercheuse canadienne, a décidé de répéter ces travaux contestés afin&nbsp;d'y déceler les erreurs, et de publier ses recherches sur un blog, relançant ainsi le débat sur&nbsp;la science ouverte.<br />
L'histoire avait fait un tabac en décembre 2010. On avait découvert des bactéries du genre Halomonas (baptisées GFAJ-1) qui peuvent vivre dans un milieu riche en...

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[Alhec]

la revue PlosOne dispose bel et bien d'un facteur d'impact, contrairement à ce que laisse entendre l'article

[Pfhoryan]

Or Plos One par exemple, la revue gratuite en ligne créée en 2007, est basée sur un processus de publication plus rapide, puisque les articles sont peu évalués avant la publication.

ça aussi c'est faux. Les articles y sont reviewés ni plus ni moins qu'ailleurs. J'ai personnellement eu affaire à 3 reviewers pour un papier dans PLoS ONE.

[Roy Callaghan]

Meme message qu'au dessus. Les revues pLoS sont tout a fait revues et possendent un impact facteur (malgres leur 'combat' contre l'impact facteur, souvent du a un faible pourcentage d'article d'un journal donne -> voir le blog de PLoS a ce sujet).

[A voir en vidéo sur Futura]

[envirofs]

Bonjour,

Merci pour vos commentaires.

Concernant l'évaluation par les pairs, ce que je voulais dire, ça n'est pas que les articles ne sont pas soumis à une revue, mais que cette revue est différente. Ce que j'entends par là, c'est que le processus d'évaluation sur PLoS ONE est plus rapide que sur les revues au peer-review classique et, comme le mentionne PLoS sur son site, "The peer review process does not judge the importance of the work, rather focuses on whether the work is done to high scientific and ethical standards, is appropriately described, and that the data support the conclusions" (le processus de revue par les pairs ne juge pas l'importance du travail, mais se concentre plutôt sur ses standards éthique et scientifique, sur la justesse des descriptions et la concordances des données et des conclusions).

Concernant le facteur d'impact, mea culpa, PLoS ONE en a bien un. En revanche (et c'est ce que je voulais laisser entendre), sachant que les processus d'acceptation des articles sont différents entre PLoS et les autres revues, le facteur d'impact de PLoS est-il vraiment fiable ?

Nous modifions donc l'article en reformulant ce paragraphe. Merci encore d'avoir relevé ces imprécisions.

[invite73192618]

sachant que les processus d'acceptation des articles sont différents entre PLoS et les autres revues, le facteur d'impact de PLoS est-il vraiment fiable ?

Désolé, mais il est également faux de dire que le processus de révision par les pairs diffère entre PLoS* et les revues dites traditionnelles.

La différence se situe au niveau du modèle de financement, c'est-à-dire que ceux qui paient sont les chercheurs qui publient plutôt que les abonnés**. La raison de la création de ce modèle est essentiellement en réaction à l'augmentation vertigineuse des frais imposés par les revues traditionnelles, ce qui a posé un problème sérieux de transfert d'argent entre la recherche et les éditeurs. Pour dire les choses clairement, PLoS est un moyen d’atténuer ce qui s'apparente à un racket.

Concernant la dame dont il est question dans l'article, cela n'a en fait que peu à voir avec ce débat. Ce qu'elle voudrait c'est que les publications incorporent l'ensemble des procédures méthodologiques ainsi que les résultats bruts. Le résultat serait que chaque pair pourrait s'employer à identifier les erreurs éventuelles de ses collègues. Il y a des résistances, pour employer une litote

* par ailleurs, il n'y a pas un PLoS mais plusieurs (PLoS biology, PloS medicine, etc)
** c'est-à-dire, pour l'essentiel, les bibliothèques universitaires

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[invite73192618]

PS: tant qu'on y est, ceci est également hautement discutable et mériterait à minima une référence. Qui sont les détracteurs qui utilisent cet argument?

C’est pourtant la sacro-sainte revue par les pairs qui est principalement discutée par les détracteurs de la science ouverte.

[Pfhoryan]

Concernant l'évaluation par les pairs, ce que je voulais dire, ça n'est pas que les articles ne sont pas soumis à une revue, mais que cette revue est différente. Ce que j'entends par là, c'est que le processus d'évaluation sur PLoS ONE est plus rapide que sur les revues au peer-review classique

Toutes les revues ont considérablement réduit leur temps de reviewing grâce à leur sites de soumission électronique. Du coup le temps de reviewing est assez semblable pour toutes les revues, y compris les PLoS, soit de l'ordre de 3 semaines - 1 mois.
Et pour la petite histoire, quand un éditeur d'une grande revue est dans le même institut que celui qui veut publier (le Scripps pour ne pas le nommer ), il suffit parfois que ce dernier descende les escaliers pour se rendre à l'étage du dessous avec son manuscrit à la main pour le montrer à cet éditeur, et le papier peut être accepté dans l'heure .
Bon, il faut dire que le papier en question était loin d'être un torchon.

et, comme le mentionne PLoS sur son site, "The peer review process does not judge the importance of the work, rather focuses on whether the work is done to high scientific and ethical standards, is appropriately described, and that the data support the conclusions" (le processus de revue par les pairs ne juge pas l'importance du travail, mais se concentre plutôt sur ses standards éthique et scientifique, sur la justesse des descriptions et la concordances des données et des conclusions).

Cela veut dire qu'ils ne jugent pas sur le bling bling et le sensationnel mais sur la qualité du travail effectué, ce qui est une très bonne chose, non?
On ne peut pas en dire autant de certaines revues telle que celle qui est à l'origine de cet article...

[Kinnet]

"Selon les résultats de Rosie Redfield, les bactéries ne se sont pas nourries d'arsenic, mais bien du peu de phosphate présent dans le milieu riche en arsenic où elles vivaient. Cette faible quantité de phosphate est suffisante pour le développement des bactéries, contrairement à ce que pensaient Felisa Wolfe-Simon et ses collègues."

Euuh c'est simplifié ce que vous nous dites là ou les gens de la nasa n'ont pas eu l'intelligence de faire l'expérience de mettre les bactéries dans un peu de phosphate pour voir comment elles réagiraient ?!

"Contrairement à ce que pensaient Felisa Wolfe-Simon et ses collègues." Maintenant ce n'est plus "observation, hypothèse, expérience, résultat, interprétation, conclusion" C'est "observation, hypothèse, pensées, conclusion"

[Guillmot]

En effet cela me semble trop rapide d'écrire cela, autant que je me souvienne leur papier n'est pas sans faille mais la partie culture microbienne comportait quand même un milieu témoin négatif Arsenate (-) / Phosphate (-). Ils sont plus critiquables sur les travaux d'incorporation moléculaire de l'arsenate.

[MRR_Toutsepassecommesi]

Je pense qu'il faut aussi noter que la revue Science elle-même a publié 8 commentaires négatifs, dans le même numéro que le papier d'origine, et que l'éditorial du journal prends pas-mal ses distances avec les résultats publiés.

Je confirme que PLoS c'est des vrais journaux. PLoS One est une expérience particulière non pas par son absence de revue par les pairs (voir plutôt Biology Direct http://www.biology-direct.com/ pour ce genre d'expériences), mais par l'absence du filtre habituel de niveau d'intérêt et d'adéquation au thème du journal. A noter aussi que d'autres éditeurs, après s'être moqués, copient : Nature Communications par exemple). Par contre PLoS Biology, PLoS Genetics, etc, fonctionnent exactement comme les autres à part en ce qui concerne le Copyright et l'accès payant.

MRR
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[cepafo]

Ca non plus je ne suis pas d'accord : "...elle insiste sur la rigueur scientifique du travail mais ne s'intéresse pas à l'importance que pourrait avoir la portée des résultats", pour en avoir fait l'expérience moi même.
Un des referees trouvait que ça ne "génèrait pas un intéret suffisant" et l'éditeur s'est rangé à son avis.

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[MRR_Toutsepassecommesi]

Oui j'ai vu la même chose. C'est en contradiction avec leur politique affichée.
Je pense que le problème est que, même s'ils veulent établir un nouveau modèle de publication, ils doivent s'appuyer sur des éditeurs et des rapporteurs qui pensent essentiellement selon le modèle traditionnel.
De même, dans un journal purement en ligne sans limite de figures, l'éditeur m'a forcé a mettre des figures en document complémentaires. Ils prennent la même place sur le serveur du journal, mais sont plus difficiles d'accès. Mais l'éditeur je pense raisonne encore comme si l'article était imprimé sur papier.

MRR

[Roy Callaghan]

Je pense qu'il faut aussi noter que la revue Science elle-même a publié 8 commentaires négatifs, dans le même numéro que le papier d'origine, et que l'éditorial du journal prends pas-mal ses distances avec les résultats publiés.

Je confirme que PLoS c'est des vrais journaux. PLoS One est une expérience particulière non pas par son absence de revue par les pairs (voir plutôt Biology Direct http://www.biology-direct.com/ pour ce genre d'expériences), mais par l'absence du filtre habituel de niveau d'intérêt et d'adéquation au thème du journal. A noter aussi que d'autres éditeurs, après s'être moqués, copient : Nature Communications par exemple). Par contre PLoS Biology, PLoS Genetics, etc, fonctionnent exactement comme les autres à part en ce qui concerne le Copyright et l'accès payant.

MRR
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A ajouter aussi PNAS Plus, l'edition en ligne de PNAS.
Le temps d'attente pour avoir son article reviewe est aussi beaucoup plus court dans les journaux en ligne.

[envirofs]

Merci encore pour vos commentaires.

Au premier abord, il semblerait qu'il y ait une différence entre les intentions affichées par PLoS One (qui sont clairement décrite sur son site internet) et ce qui se passe dans la réalité (au vu de vos différents témoignages).

Cela dit pour répondre à Jiav, je pensais que c'était surtout les critères d'acceptation des articles qui était différents mais l'expérience de cepafo semble me contredire.

Enfin, les travaux de Rosie Redfield dont je parle ne sont sans doute pas les plus concluants pour infirmer les conclusions de Wolfe-Simon mais j'ai cité ceux-là puisque c'étaient les premiers de Redfield qui titrait son post "first evidence refuting...".

[invite73192618]

je pensais que c'était surtout les critères d'acceptation des articles qui était différents

Ok je pense que je comprends où est le problème. Il y a deux choses qui font qu'un article peut être publié dans telle ou telle revue: 1) le choix éditorial 2) la revue par les pairs.

Le 2) est commun à tous les journaux scientifiques, sauf pour des différences de détail tel le nombre de reviewer ou le choix de l'anonymat des reviewers/auteurs (ou sauf distorsion telle que celle rapporté par Pfhoryan), et c'est en fait ce qui définit qu'un journal est considéré comme scientifique.

Le 1), c'est simplement un choix thématique: PLoS biology c'est pour de la biologie, Neuroimage de la neuroimagerie, Brain Research Review des revues de synthèse en neurosciences... etc etc. Les choix de Nature et Science sont de ne publier que des articles pouvant intéresser les chercheurs au-delà de ceux qui travaillent immédiatement dans le domaine. Le choix (affiché sinon réel) de PLoS One est de ne pas en avoir, c'est-à-dire de ne faire aucune sélection en fonction de la thématique ni en fonction de l'importance.

Là en fait tu as vu une différence dans le 1) et l'a interprété comme une différence dans le 2). Encore une fois c'est une erreur, le choix thématique n'ayant rien à voir avec le processus de révision par les pairs (et encore moins avec la validité de l'IF!).