Actu - Croisement d'espèces humaines : Denny avait une mère néandertalienne et un père dénisovien

[Amanuensis]

Je relève une petite incohérence, «L’étude de l’os cortical a permis d’estimer un âge maximum au décès de 13 ans. », alors que l'article de Nature dit «From its cortical thickness, we infer that Denisova 11 was at least 13 years old at death ». Un détail.

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[Amanuensis]

Je me suis renseigné sur l'hybridation chat domestique x serval, qui a donné la race (de chat domestique) dite «Savannah», dont les individus sont donc porteurs d'allèles venant du serval, ainsi que sur l'hybridation chat domestique x bengalensis (qui a donné la race dite «Bengale»). (La source est la base de donnée des origines de chats de race en France, ce qui ne couvre pas les chats d'autres pays, sauf quand ancêtres récents de chats nés en France.)

La plupart des hybridations initiales sont chatte x mâle serval, la base ne contient qu'un cas de croisement entre une femelle serval et un mâle «chat» (classé comme Savannah, donc ayant une partie de ces ancêtres serval). Les hybrides F1 mâles ont tous été stériles quand croisés avec des chattes, et n'ont pas de descendants dans la base.

Les mitochondries serval sont donc présentes en toute petite quantité (quelques individus!) dans la population felis catus domesticus; par contre, aucun chromosome Y serval n'y est présent.

Le schéma est le même en bengalensis, mais sans hybridation de femelle bengalensis: les F1 sont tous de mère felis catus; et les mâles F1 sont stériles avec les femelles F. catus. Dans ce cas ni les mitochondries, ni les Y de bengalensis ne sont entrés dans la population felis catus, et ce d'entrée.

Bon, ce ne sont que des exemples, et pas très naturels ; ils ne permettent aucune généralisation. Néanmoins, ce sont des exemples tels que le Y n'entre pas, et que les mitochondries ne sont entrées que très peu, si peu qu'il y a une belle probabilité de perte d'ici quelques générations ; alors que de nombreux allèles autosomes sont entrés (par sélection), et sont appelés à persister.

[minushabens]

Je viens de finir de lire le livre de Svante Paabo (Neandertal. A la recherche des génomes perdus). Lui ne fait pas de distinction entre le fait qu'on n'a pas trouvé de traces d'ADN neanderthalien dans le génome mitochondrial et dans le chromosome Y. Ca signifie simplement que ces traces ont disparu aujourd'hui.

[Archi3]

A noter que dans l'article cité par Erik, il est mentionné une règle de Haldane qui dit que c'est le sexe hétérogamètique (?) qui est défavorisé en cas de croisement d'espèces.

Indeed, reduced fertility or viability of hybrid offspring with Neandertal Y chromosomes is fully consistent with Haldane’s rule, which states that “when in the [first generation] offspring of two different animal races one sex is absent, rare, or sterile, that sex is the [heterogametic] sex.

[Cendres]

qui dit que c'est le sexe hétérogamètique (?)

Sexe mâle, en principe, pour les mammifères.

[minushabens]

C'est possible s'il y a coadaptation entre la mitochondrie et le chromosome Y. Dans ce cas les mâles hybrides peuvent être maladaptés. Alors qu'une coadaptation mt/X continue à fonctionner chez un hybride femelle.

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[Archi3]

Sexe mâle, en principe, pour les mammifères.

oui je sais, je me demandais juste si le terme était correct en français .

[minushabens]

Je crois qu'on dit hétérogame.

[Cendres]

oui je sais, je me demandais juste si le terme était correct en français .

Apparemment, c'est plutôt accepté:

http://www.cnrtl.fr/definition/h%C3%...gam%C3%A9tique
https://www.universalis.fr/dictionna...terogametique/
https://books.google.fr/books?id=Vul...9tique&f=false

[Archi3]

Bon, ce ne sont que des exemples, et pas très naturels ; ils ne permettent aucune généralisation. Néanmoins, ce sont des exemples tels que le Y n'entre pas, et que les mitochondries ne sont entrées que très peu, si peu qu'il y a une belle probabilité de perte d'ici quelques générations ; alors que de nombreux allèles autosomes sont entrés (par sélection), et sont appelés à persister.

oui c'est le cas de figure dont je parlais au #28 : si la descendance ne se fait que par (ou principalement par ) les femelles issues d'un père A et d'une mère B , les autres cas de figure étant pas ( ou peu) fertiles , alors on n'aura (presque) que les Y et les mitochondries de B, pas ceux de A.

[minushabens]

Ton hypothèse n'est pas déraisonnable mais à mon avis inutile. Le chromosome Y comme la mitochondrie neanderthéliens ont pu disparaître par simple dérive. C'est ce que semble penser Paabo.

[Amanuensis]

C'est ce que j'indiquais message #24.

Mais une explication reste nécessaire pour la persistance d'allèles venant de néander. Car l'explication du manque de mito ou de Y par dérive neutre peut se généraliser à tout apport néandertalien. Il y a en gros trois pistes (non incompatibles) pour distinguer les deux cas:

1) Une transmission particulière du génome lié au sexe (mtDNA ou Y) ;

2) Une dérive neutre générale, mais avec suffisamment d'entrées pour que statistiquement une partie des apports soient restés (et alors le cas des mito ou du Y est juste «pas de pot»);

3) Peu d'entrées (si peu que par dérive neutre tout aurait dû disparaître), mais une sélection positive importante d'allèles néander (et alors le cas des mito et du Y est qu'ils n'amènent rien qui ait été positivement sélectionné, à l'instar de toute une collection d'allèles autosomiques).

On voit dans la littérature une certaine attirance pour le 1) (attraction pour les «belles histoires» ?). Perso je pencherais pour le 3), i.e., que même si 1) a pu jouer, 3) aurait amené au même résultat (ce qui ne permet pas de conclure sur 1)).

[Autre point: 3) n'est pas politiquement correct ; ce qui peut influencer les opinions...]

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[minushabens]

Là pour le coup j'ai une explication: la mitochondrie et le chromosome Y ne recombinant pas ils ont tendance à disparaître plus vite que les autosomes. C'est ce qui explique que l'Eve mitochondriale et l'Adam datent de plus de cent mille ans alors qu'on estime que tous les humains ont un ancêtre commun il y a plus ou moins dix mille ans.

[Archi3]

Là pour le coup j'ai une explication: la mitochondrie et le chromosome Y ne recombinant pas ils ont tendance à disparaître plus vite que les autosomes. C'est ce qui explique que l'Eve mitochondriale et l'Adam datent de plus de cent mille ans alors qu'on estime que tous les humains ont un ancêtre commun il y a plus ou moins dix mille ans.

comment ça? ça me semble incompatible avec l'absence de gènes néandertal en Afrique, par exemple, non ?

[minushabens]

Il doit pourtant y avoir des gènes d'origine neanderthalienne en Afrique puisqu'il y en a en Europe et que les Européens et les Africains ont toujours été en contact.

[Archi3]

Il doit pourtant y avoir des gènes d'origine neanderthalienne en Afrique puisqu'il y en a en Europe et que les Européens et les Africains ont toujours été en contact.

il y en a eu très peu jusqu'à une époque récente, en tout cas les gènes néandertaliens n'ont pas été mélangés en meme proportion que chez les eurasiatiques, ce qui me semble incompatible avec ce que tu dis vu qu'il a disparu il y a 40 000 ans ... (d'où sors tu cette valeur de 10 000 ans pour le dernier ancêtre commun ?)


https://fr.wikipedia.org/wiki/Homme_de_Néandertal

Un séquençage partiel de l'ADN nucléaire d'ossements de Néandertaliens a été effectué en 2010 par une équipe de l'Institut Max Planck coordonnée par Svante Pääbo16,181. La comparaison avec les mêmes séquences d'humains modernes montre que 1 à 4 % des polymorphismes nucléotidiques de l'ADN est commun aux Néandertaliens et aux Homo sapiens eurasiatiques mais pas africains ; ces croisements auraient pu survenir il y a 150 000 à 80 000 ans au Moyen-Orient182. L'une des hypothèses des auteurs était que les Néandertaliens ont contribué au génome des populations d'humains modernes non africaines.

[Archi3]

a y réfléchir, ce n'est pas incompatible, et meme le wiki donne une date encore plus récente ( il y aurait 2000 à 5000 ans mais c'est le résultat d'un modèle mathématique).

Selon une étude publiée en 2005, si l'on considère toutes les lignes d'ascendance et pas seulement les lignes féminines ou masculines pures, le dernier individu ancêtre commun de tous les humains vivant aujourd'hui aurait vécu il y a entre 2 000 et 5 000 ans7. D'autres modèles rapportés par une autre étude suggèrent que le dernier ancêtre commun aux Européens de l'Ouest aurait vécu vers l'an 10008. Ces estimations sont basées sur des modèles mathématiques théoriques et non sur des études génétiques

[minushabens]

Rien ne dit que l'ancêtre commun était européen. L'estimation de 5000 ans est basée sur les taux de migrations. J'ai lu le papier et je ne l'ai pas trouvé très convainquant. L'estimation de 10000 ans (peut-être que c'est un peu plus, je ne me souviens pas bien) est basée sur l'étude des génomes.

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[Amanuensis]

a y réfléchir, ce n'est pas incompatible

Surtout parce qu'on parle de choses totalement différentes. C'est une différence de type quantificateurs universels.

On a d'un côté : «Individu A tel qu'il existe un allèle (ou mtDNA ou Y) tel que tout humain actuel (restreint à mâle pour le Y) a hérité cet allèle via son ascendance à A», et de l'autre «Individu A tel que tout humain a hérité d'au moins un allèle, tous loci confondus, via son ascendance à A».

(Dans le deux cas on va parler du plus récent; et alors dans le premier cas faut différencier entre le plus récent pour l'allèle (ou mtDNA, ou Y) donné, et quand on prend sur tous les allèles.)

Ce n'est évidemment pas comparable.

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Quant au modèle mathématique ayant donné ce résultat, ce serait intéressant de voir comment il modélise les obstacles géographiques à la diffusion des gènes. Car il y a au moins deux populations qui semblent avoir été pas mal isolées du reste il y a 5000 ans, les Australiens et les Américains.

Notons que l'ancêtre «au moins un allèle» peut rajeunir très vite avec l'évolution de la population. (L'augmentation des échanges vers les Américains et les Australiens--par exemple, peut le rajeunir très vite! D'ailleurs qu'il soit européen n'est pas impossible, non pas que les h. sapiens viendraient d'Europe, mais parce que les euros ont mis leurs gènes un peu partout sur la planète ces 500 dernières années...)

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Bref, cela me donne l'impression d'une «connaissance» qui peut passer mal comprise dans la «folk science» grâce à la «vulgarisation».