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Biochimie des Protéines




  1. #1
    Sandriine

    Biochimie des Protéines

    Bonjour,
    Après avoir cherché pas mal de temps sur un exercice je viens chercher un petit peu d'aide.

    Voici l'énoncé :
    http://www.casimages.com/img.php?i=1...1622793223.jpg

    Pour la question a), aucun soucis.
    Pour la b), j'ai utilisé la formule de Beer-Lambert mais en faisant la soustraction des deux valeurs d'absorbances trouvées, c'est bien ça ?
    Après pour la question c) et d) j'ai un peu plus de mal. Je pense qu'il me manque une formule pour avancer, mais je ne la trouve pas dans mon cours. Il faudrait déjà calculer la concentration molaire de la protéine non ?

    Merci d'avance.

    Bonne journée

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    piwi

    Re : Biochimie des Protéines

    Bonjour.
    On peut considérer que la première DO donne la concentration du NEM à t0, avant qu'il n'interagisse avec les cystéines. La seconde DO correspond à la concentration du NEM à l'équilibre, après qu'il ait interagit avec l'ensemble des cystéines libres. La différence entre les deux DO vous donne la concentration molaire de NEM qui a interagit avec les cystéines. Si une molécule de NEM interagit avec une cystéine alors la concentration moléaire des molécules interagissant avec les cystéines donne la concentration molaire en cystéines dans la solution.

    Dès lors que vous avez la concentration molaire en cystéines vous pouvez trouver la concentration molaire en protéines en considérant que les protéines portent les cystéines. Si vous avez 3 cystéines par molécules alors, si vous avez [cystéine], [protéine]=1/3[cystéine].
    Vous avez la concentration molaire, vous avez le volume, vous pouvez donc avoir le nombre de moles. Et comme vous avez aussi la masse de protéines dissoute, vous pouvez facilement retrouver la masse molaire.

    Pour la question d, il faut simplement avoir conscience que si deux des trois cystéines sont engagées dans un pont disulfure, alors le NEM n'interagit pas avec. La concentration molaire en cystéine libre correspondrait alors à la concentration molaires des protéines en solution.

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  4. #3
    Sandriine

    Re : Biochimie des Protéines

    Merci beaucoup pour votre aide !

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    Dès lors que vous avez la concentration molaire en cystéines vous pouvez trouver la concentration molaire en protéines en considérant que les protéines portent les cystéines. Si vous avez 3 cystéines par molécules alors, si vous avez [cystéine], [protéine]=1/3[cystéine].
    Ce que je ne comprends pas, c'est que sachant qu'il y a 3 cystéines par molécule, j'aurai plutôt eu tendance à multiplier par 3 étant donné que nous avons la concentration d'une cystéine.


    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    Pour la question d, il faut simplement avoir conscience que si deux des trois cystéines sont engagées dans un pont disulfure, alors le NEM n'interagit pas avec. La concentration molaire en cystéine libre correspondrait alors à la concentration molaires des protéines en solution.
    SI j'ai bien compris, il faut donc dans ce cas là que je reprenne la concentration trouvée en b) à savoir celle des groupements sulfhydryles ?

    Merci bien.


  5. #4
    smsfre

    Re : Biochimie des Protéines

    Bonjour,

    Ce que je ne comprends pas, c'est que sachant qu'il y a 3 cystéines par molécule, j'aurai plutôt eu tendance à multiplier par 3 étant donné que nous avons la concentration d'une cystéine.
    La concentration calculée est ici celle en cystéines de toute la solution. Chaque protéine possède 3 cystéines, autrement dit, il y a trois fois plus de cystéines que de protéines. On peut l'écrire nCys = 3 nProt, ce qui équivaut à : nProt = 1/3 nCys. En divisant par le volume, c'est donc CProt = 1/3 nCys.

    SI j'ai bien compris, il faut donc dans ce cas là que je reprenne la concentration trouvée en b) à savoir celle des groupements sulfhydryles ?
    Dans cette situation, une seule cystéine peut réagir par protéine. Il y a donc autant de cystéines ayant réagi que de protéines, quantitativement parlant. Par analogie avec précédemment, tu obtiens bien CProt = CCys.

    Il ne te reste qu'à exprimer la masse molaire en fonction des concentrations pondérale et molaire.

    Bonne journée
    Dernière modification par smsfre ; 14/02/2010 à 13h21.

  6. #5
    smsfre

    Re : Biochimie des Protéines

    Petite faute de frappe, il faut bien sûr lire CProt = 1/3 CCys à la fin de mon premier paragraphe.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    stannislase

    Re : Biochimie des Protéines

    b)
    A=e*l*[c]
    [c]= A/(e*l)
    [c]= 0.06/(620*1)
    [c]=9.677*10^-5 mol.L-1 de cystéine dans toute la solution

    c)
    il y a donc [X]=[c]/3 de cystéine dans un protéine
    soit 3.226*10^-5 mol.L-1 de cytéine
    donc pour 1L de protéine
    et on a 2g.L-1 de solution
    donc 2g dans 1L de solution.

    b)
    A=e*l*[c]
    [c]= A/(e*l)
    [c]= 0.06/(620*1)
    [c]=9.677*10^-5 mol.L-1 de cystéine dans toute la solution.

    c)
    il y a donc [X]=[c]/3 de cystéine dans une protéine P.
    soit 3.226*10^-5 mol.L-1.
    donc 3.226*10^-5mol de cystéine dans 1L d'une protéine P.

    et on a 2g.L-1 de solution
    donc 2g dans 1L de solution.

    Et on veut une masse molaire en g.mol-1

    Comment fait-on?
    2/3.226*10^-5=61996g.mol ???
    je dois me tromper qq part et je ne vois pas où. Pouvez vous m'aider s'il vous plait.

  9. #7
    smsfre

    Re : Biochimie des Protéines

    Bonsoir,

    b)
    A=e*l*[c]
    [c]= A/(e*l)
    [c]= 0.06/(620*1)
    [c]=9.677*10^-5 mol.L-1 de cystéine dans toute la solution
    Alors, plusieurs petites choses ici :
    • On parle de variations de concentration, donc la formule à appliquer est : (ok ok, c'est un peu un détail !);
    • Je crois qu'il y a une erreur d'application de la formule, est ici remplacé par 1 : pourquoi ? De même, il ne faudra pas oublier d'être homogène dans tes unités, car est en nm alors que en M-1.cm-1.

    Comment fait-on?
    2/3.226*10^-5=61996g.mol ???
    je dois me tromper qq part et je ne vois pas où. Pouvez vous m'aider s'il vous plait.
    Il existe une relation simple entre la masse molaire, la concentration massique et la concentration molaire de ta solution de protéines. Je te rapelle juste les définitions dont tu as besoin :
    • avec la quantité de matière, la masse de protéine, la masse molaire de protéine.
    • La concentration massique s'exprime : avec le volume de la solution
    • La concentration molaire s'exprime :

    Bon courage !

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  11. #8
    stannislase

    Re : Biochimie des Protéines

    On parle de variations de concentration, donc la formule à appliquer est : (ok ok, c'est un peu un détail !);
    Milles excuses mais j'avais pris en compte ce paramètre en ayant déjà fait la différence (d'où le 0.6 ^^ et non le 20.6-20.0), j'avais la flemme de chercher la commande du delta sur mon clavier

    # Je crois qu'il y a une erreur d'application de la formule, est ici remplacé par 1 : pourquoi ? De même, il ne faudra pas oublier d'être homogène dans tes unités, car est en nm alors que en M-1.cm-1.
    Je peux me tromper mais pour moi (et selon mon cours ^^) la loi de Beer Lambert ne prend pas en compte la longueur d'onde mais bel et bien la longueur de la cuve (que j'ai supposé de 1 cm). Avec
    Absorbance = epsilon*[concentration]*longueur de la cuve

    l existe une relation simple entre la masse molaire, la concentration massique et la concentration molaire de ta solution de protéines. Je te rapelle juste les définitions dont tu as besoin :

    * avec la quantité de matière, la masse de protéine, la masse molaire de protéine.
    * La concentration massique s'exprime : avec le volume de la solution
    * La concentration molaire s'exprime :
    donc ce que j'obtiens doit être bon (ou pas...) puisque en synthétisant cela me donne que:
    la concentration = concentration massique / masse molaire

    p.s: dsl je ne sais vraiment pas comment insérer des formules ^^ mais on me pardonne

  12. #9
    smsfre

    Re : Biochimie des Protéines

    Tu as raison (j'ai lu un poil trop vite mon cours) pour l'épaisseur de la cuve.

    Après calcul j'aboutis à un résultat du même ordre de grandeur. Ce n'est pas abérrant du tout, l'albumine a une masse molaire proche de 65.103 g/mol.

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