absence d'hybridation southern : interpretation?

[bonnin]

on a realise en TP un southern blot
temoin de transfert : OK
temoin d'hybridation : OK
pourtant aucune hybridation de notre sonde sur nos fragments de restriction que ce soit mutant ou sauvage.
Qu'est ce qui n'as pas marché?
Merci de votre aide

[Yoyo]

salut

c'est quoi tes temoins? ils ont été fait comment?
La réponse la plus simple, est que ta sonde ne reconnait aucune sequence sur ton ADNg

Yoyo

[bonnin]

sur l'autoradiographie on as bien les 2 marqueur (lambda et biotinyle) c qui signifie que le trnasfert a fonctionné.
On a egalement deposer de l'ADN plasmidique ayant servi a preparer la sonde et il y a hybridation.
La sonde reconnait l'ADNg car c'est notre prof qui nous l'as donné.
Je comprend pas pourquoi il y a pas hybridation, c'est a rendre pour demain matin help please

[Yoyo]

Salut

et il est comment ton ADNg? il est propre? pas dégradé?
Yoyo

[bonnin]

Salut
ADN propre pas de degradation ni de contamination avec des ARN.
Digestion propre aussi pas de spot mais seulement un smear sur electrophorese

[Yoyo]

Le smear de ton electrophorese se reparti sur toute la hauteur de ton gel?
Sinon a moins d'un probleme purement technique je ne vois pas pourquoi ta sonde s'hybride pas. Mais peut etre qu'en précisant un peu le but exact du tp on aurait plus de piste.

- typiquement l'absence de signal pourrait indiquer qu'il y a eut un rearrangement chromosomique et que la partie correspondante a ta sonde a disparu. Ou plus simplement une délétion de la région concernée.
- il pourrait y avoir du polymorphisme au niveau de ta sequence sur ton ADNg empechant ta sonde de s'apparier correctement.

Si tu finis par avoir la réponse, n'hesite pas a venir nous la donner

YOyo