electrophorese

[invite5c3f4ec1]

bonjour,comment expliquer la presence de plusieurs fragments sur une electrophorese en gel d agarose d un plasmide pbr322
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[Vinc]

Bonjour!
- dégradation, DNase
- plusieurs formes différentes du plasmide (avec insert, sans insert,...)

V.

[Abricote]

Bonjour,

Je rajouterais "formes plus ou moins surenroulées du plasmide circulaire (dans ce cas, on aurait plutôt un smear) et/ou plasmide sous forme linéaire" à la liste ci dessus.

Bon courage!

[piwi]

Oui les plasmides peuvent prendre plusieurs conformations qui lui confèrent alors un poid moléculaire apparent différent de celui du plasmide tel qu'on l'attend (du au fait des variation d'encombrement). On peut aussi trouver du plasmide simple brin dans les prep.
Du coup quand on fait migrer un plasmide circulaire, on ne doit pas s'étonner de voir plusieurs bandes apparaitre. Je note que les différents superenroulements sont en quantités discretes donc on ne voit pas un smear mais bien plusieurs bandes.
En général, pour résoudre ces problème on linéarise le plasmide ce qui résoud tous les superenroulements et on n'a plus qu'une seule bande de la taille du plasmide. Si il reste des bandes c'est soit que l'enzyme coupe mal soit qu'il y a du simple brin.

Cordialement,
piwi

[A voir en vidéo sur Futura]

[Vinc]

C'est aussi ce que je sous-entendais par "plusieurs formes de plasmides" sans l'écrire explicitement... Merci d'avoir précisé.

V.

[invite5c3f4ec1]

merci pour votre aide

[jmbowie]

Il y a aussi la contamination (par un autre ADN, plasmide ou non).