Isochores G, isochores R

[Alegs]

Bonjour!!
Je voulais savoir simplement ce qu'était un isochore!
Je sais juste qu'il en existe 2 types, G (pauvre en gène) et R (riche en gène)

Merci!!
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[MaliciaR]

Hello,

Je suppose que tu ne parles pas de l'isochore en physique

Il me semble que ce papier en parle : Macaya G, Thiery JP, Bernardi G. (1976). "An approach to the organization of eukaryotic genomes at a macromolecular level.". J Mol Biol. 108 (1): 237-54. Perso, je ne me souviens plus très bien

Cordialement,

[invite8c1e373f]

bonsoir
pareil, je ne m'en souviens plus très bien. il me semble que les isochores sont obtenus par coloration (d'ailleurs R et G c'est pour la coloration, G pour Giemsa) et se distinguent par leur composition en GC.

[MaliciaR]

Bonjour,

J'ai lu deux-trois lignes sur les isochores, histoire de se rafraîchir la mémoire

Il s'agit donc de choses explicitées au sein de génomes de Vertébrés. Ce sont de longues séquences (taille > 300 kb) avec une composition homogène en bases (pour une taille > 3 kb).Quelques familles peuvent être définies en fonction de la composition en bases justement (pour le génome humain) :
* "light" (familles L1 et L2) : isochores pauvres en GC; représente 62% du génome;
* "heavy" : familles H1 et H2 (isochores riches en GC; représentent 22% et 9% respectivement du génome); famille H3 (très riche en GC; représente 3-4% du génome).
(Les quelques % restant représentent l'ADN satellite et ribosomal, lequel peut aussi être considéré en tant qu'isochores puisque la composition en bases est homogène, mais passons ).
NB : ce que je dis ici est valable pour les génomes de Mammifères. Les génomes d'Amphibiens sont particuliers, mais ce n'est pas le propos.

L'idée de départ concernant la distribution de gènes est que les gènes ne sont pas distribués de façon aléatoire au sein du génome humain; de plus, on a vu que la majorité des gènes étudiés ont été localisés au sein des (rares) isochores les plus riches en GC. Ensuite, il y a eu des études montrant des corrélations entre des isochores et le niveau de GC à la 3e position du codon ainsi que d'autres études (moins intéressants pour moi ) et l'idée a été confirmée et augmentée : la concentration de gènes est basse dans les isochores "light", augmente dans les isochores H1 et H2 pour devenir maximal au sein des isochores H3.

Bon, la petite intro finie, on en arrive à la corrélation entre isochores et bandes chromosomiques. Donc, à partir d'hybridations in situ, on a établi :
* bandes G (positives pour Giemsa) : pratiquement exclusivement formées par des isochores "light", avec une participation négligeable d'isochores H1.
* bandes R (pour faire très simple) : isochores H2 et H3.


J'espère que c'est clair et intéressant


Cordialement,

[A voir en vidéo sur Futura]

[Alegs]

Bonjour et oui en fait ça me permet de comprendre beaucoup mieux mon passage de cours en fait!!! C'était la passerelle manquante!!

6/ Les bandes chromosomiques :

En interphase, l'organisation du génome est relié à la structure des chromosomes dont les différentes régions organisées en bandes peuvent être visualisées au microscope après coloration par le colorant de Giemsa précédée d'une dénaturation de la préparation chromosomique par la chaleur en tampon salin (bandes R et T), ou une enzyme protéolytique comme la trypsine (bandes G et C). Ces bandes qui peuvent être également visualisées par différentes techniques de coloration mises au point dans las années 1970, forment des systèmes de marquages transversaux spécifiques de chaque chromosome qui sont couramment utilisés en cytogénétique pour établir le caryotype. Elles correspondent à des niveaux de condensation croissant de la chromatine du début de la mitose (prophase) à la métaphase. Les chromosomes métaphasiques comportent environ 850 bandes qui résultent de la condensation d'environ 2000 sous bandes visibles en prophase.

Les bandes R et G définissent un système de marquage complémentaire en miroir : les bandes qui apparaissent foncées après coloration par le Giemsa dans le système R (bandes R+), apparaissent pales dans le système G (bandes G-), et réciproquement (bandes G+ et R-). Ces propriétés dont les mécanismes moléculaires sont encore discutés traduisent une organisation fondamentale du génome en deux compartiment majeurs appelés isochores, apparue au cours de l'évolution chez les vertébrés à sang chaud. Le génome est donc organisé en une mosaïque de segments homogène de plusieurs centaines de milliers de nucléotides.

L'isochore R :
*Correspond aux régions relativement riches en séquences GC (40-55%) et en "îlots" GC situés dans les régions régulatrices des gènes
*Représente moins de 40% du génome
*Sa fraction la plus riche en G-C (50 à 60%) dite H3 représente 3-4% du génome et renferme 70-80% des gènes
*Est particulièrement concentré dans les bandes T télomériques
*Se réplique dans la première moitié de la phase S et se condense tardivement en M

L'isochore G :
*Correspond aux régions relativement pauvres en séquences GC (30-40%)
*Représente plus de 60% du génome
*Est distribué le long des bras, sans localisation préférentielle
* Se réplique tardivement en phase S et se condense en M

[Alegs]

Un an plus tard, je suis le chapitre en temps réel.
Bizarrement le polycopié était incompréhensible, enfin il ne me parlait pas en tout cas.

Donc en fait les bandes G (de Giemsa effectivement) sont obtenues en utilisant des enzymes protéolytiques de la digestion (le prof nous a précisé qu'à l'époque on utilisait vraiment de tout et n'importe quoi), Les bandes R étaient obtenus en faisant bouillir à 95°, et pis comme on observait une coloration en "miroir opposé", on a appelé ça Reverse.

Ensuite, on a poussé à l'extrême ces deux techniques: augmentation du nombre d'enzymes et prolongation de la durée de la température, et on a obtenu d'une part les bandes C, plutôt centromériques, en poussant la technique de la bande G, et T, plutôt télomérique, en poussant la technique de la bande R.

Après on a défini rapidement un L et les 3 H.

Je ne m'étends pas d'avantage, mais en bref c'est ce que tu disais MaliciaR (reverse Malicia? ), mais je n'avais pas les notions de base et donc je n'y comprenais rien à l'époque!!

Bref, maintenant que j'y vois plus clair, je trouve ça nettement plus intéressant!!