Questions d'approfondissement diverses et variées

[MaliciaR]

Bonjour, tout le monde,

J'aurais quelques questions d'approfondissement. Merci à tous ceux qui pourront contribuer

* Est-ce que quelqu'un aurait des infos sur le mode de reconnaissance de l'ADN non étranger par le transformosome de H. influenzae? Je sais qu'il y a une séquence particulière de 9 nucléotides qui est reconnue, mais comment?

* Comment est assurée la protection des îlots CpG au niveau du 5' d'un gène chez l'humain? Je m'explique. La fréquence attendue du dinucléotide CpG dans le génome humain est de 4%; or, ce que l'on a observé (LE papier sur le génome humain séquencé de Nature), c'est que cette fréquence est de 1/5 de la valeur attendue. Cela est expliqué par la fréquente méthylation de la C laquelle est naturellement réparée par désamination et donne une T : donc, on a un TpG très souvent. Soit. Mais ensuite, il semblerait qu'au niveau des promoteurs et exon n°1 des gènes il y ait une protection contre la méthylation, ce qui explique le fait que CpG là reste CpG. Qu'est-ce que ce mécanisme de protection?

* Pourquoi dit-on que lors du séquençage, les substitutions sont rares, mais les indels fréquents?

* Est-ce que quelqu'un aurait des infos sur la quantité et la distribution de sites dif chez B. subtilis en comparaison avec E. coli? Je m'explique : j'étais en train de regarder les deux cartes montrant des directions de réplications et de transcriptions chez ces deux bébêtes et c'est assez marrant comme profils... Du coup, je me demandais si des différences de nombre/position de sites dif pourraient y être our quelque chose...?

* Autre question un peu bizarre : il semblerait que l'orientation des séquences chi d'E. coli soit contrainte par rapport à l'ORI. Je ne comprends pas trop : les séquences chi sont indispensables à la recombinaison homologue assurée par recABCD, mais encore...? Autrement dit, quelle est la dépendance existant entre la réplication et la recombinaison homologue (RH)? Est-ce la réparation assurée par RH?

Bon, pour 3 pages de cours lues, ça suffit comme questions

A plus tard pour les 3 pages suivantes


Cordialement,
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[MaliciaR]

Bouhouhou, je vois que mes questions n'intéressent personne...

Ceci n'empêche, j'en ai une autre Lorsque l'on parle de mutation neutre, on dit qu'elle peut être fixée dans la population du fait du hasard : ça s'appelle la dérive génétique. Il paraît que dans ce cas la fréquence de substitution est égale à la fréquence de mutation. Bien. Dans ce cas, on est content, on peut appliquer l'horloge moléculaire à notre petit arbre.
Mais qu'en est-il des mutations à effet positif? Je veux bien que dans ce cas il n'y a pas d'horloge pouisque les vitesses de divergence seront différentes. Peut-on dire quoi que ce soit sur les fréquences de substitutions?

J'espère que c'est clair comme question


Cordialement,

[MaliciaR]

Euh... au fait, j'ai une autre question
Lorsque l'on parle de reconstruction phylogénétique par la méthode de distances, on rencontre une méthode dérivée du NJ qui est la suivante : l'arbre sélectionné est celui présentant la somme des carrés des écarts entre les distances observées et les distances calculées la plus faible. Il existe, dans Phylip, le programme FITCH utilisant cette méthode : FITCH donne un arbre où la longueur des branches n'est pas proportionnelle au temps écoulé et la racine n'est pas localisée dans l'arbre.
Mais késkeucé que ça? Là, je n'ai rien compris de l'utilité de la chose, je n'arrive même pas à piger quelle histoire évolutive je pourrais déduire d'un tel arbre...

Si un phylogeny-lover passait par là, je ne serait pas mécontente


Cordialement,

[John78]

C'est vraiment au programme du M1 tout ça ?????????????????

A+
J

[A voir en vidéo sur Futura]

[MaliciaR]

C'est vraiment au programme du M1 tout ça ?????????????????

A+
J

Euh... Non, pas vraiment, c'est moi qui cherche à comprendre Pourquoi? (Enfin, l'horloge moléculaire, les définitions des différentes méthodes de reconstruction phylogénétique, les bases de BLAST, oui ).