Bonjour,
Actuellement en 1ere année de thèse, j'utilise le logiciel Paups pour construire mes arbres phylogénétiques malheuresement lorsque je vais sur treeview je n'arrive pas à afficher les valeurs de boostraps sur l'arbre.Quelqu'un pourrait il m'aider?merci d'avance
sous PAUP*, je suppose que tu as réalisé au préalable une recherche (heuristique), avant de passer aux bootstrap.
tu as différentes options de sauvegarde pour tes fichiers .tre, tu dois être bien sûr d'avoir coché l'option (si tu es sur Mac) qui te permet de garder les valeurs de support au noeuds. Si tu es sur PC, tu dois avoir accès à une ligne de commande adéquate (tape help puis regarde les différentes options associées à savetrees).
sous TreeView, normalement si ton fichier .tre contient les valeurs de boot. tu dois pouvoir les afficher en cochant une option (c'est variable selon que tu utilises TreeViewX sous Mac ou TreeView v1.66 sous PC).
n'hésite pas sinon à utiliser d'autres Soft d'édition d'arbre (type Figtree, TreeDyn, TreeEdit) ... bien plus complet que Treeview.
idem pour ta recherche de topologie, en parcimonie le must (selon moi) est TNT, en vraisemblance, il est temps de passer à MrBayes ou Bayesphylogenies.
Re : Valeurs de boostraps
Merci gnetum pour ta réponse, le hic c'est que sur treeview il ne me laisse pas la main pour afficher les valeurs de boostraps . J'ai essayer de télécharger les trois logiciels d'éditions d'arbre dont tu parles, pour figtree il me demande un mot de passe et pour les deux autres le fichier .exe ne s'execute pas (j'ai même installé la dernière version de java comme il le préconise dans la notice).
.Et c'est quoi TNT stp?
Bonjour,
Si Treeview ne te laisse pas la main c'est que les valeurs de ton analyse de bootstrap n'ont pas été sauvegardées dans ton fichier .tre
Tu peux le vérifier simplement en ouvrant ton fichier .tre à l'aide d'un éditeur de texte, afin de regarder si tu as bien les valeurs de boot. entre les noms et les parenthèses qui donnent la topologie de ton arbre bootstrapé.
Si tu es sur PAUP* Mac coche bien l'option qui permet de sauver ces valeurs (il doit avoir un menu "savetrees".
Si tu es sous PC (ça marche aussi sur Mac), tu peux directement taper la ligne de commande suivante:
Savetrees Savebootp=both (ou Savetrees /Savebootp=both si la première ne marche pas).
De cette façon tu sera sûre de sauvegarder les valeurs de boot aux noeuds.
Pour TNT, c'est un excellent logiciel pour faire des arbres phyloG en parcimonie, très puissant au niveau des algorithmes de recherches (il fait la totale, tree drifting, tree fusing, parsimony ratchet ...) et très rapide.
Disponible (gratuitement) ici : http://www.cladistics.com/aboutTNT.html
Si tu as d'autres questions, n'hésites pas.
Bonne journée.
G.
