Dosage de l'ADN

[Freders]

Bonjour à tous,
J'ai un peu de mal avec le dosage de l'ADN...
Voici un exercice que je n'arrive pas à faire :

"Le dosage d'une solution d'ADN par spectroscopie à 260nm indique une absorbance (DO) de 0,78. Quelle est la quantité d'ADN contenue dans 15µl de cette solution?"

La réponse est 585ng mais je ne sais pas comment y arriver

Rappel : ADN : 1DO -> 50ng/µl
ADN dénaturé : 1DO -> 37ng/µl

Merci d'avance

[MaliciaR]

Salut,

A quoi correspond le nombre 0.78 à ton avis? Tu ne vois pas un lien à faire entre la concentration et les unités DO par hasard...?

[Freders]

Si justement mais je ne trouve pas le bon résultat...
J'aurai fait :
DO : 1 => 50ng/µl
0.78 => 0.78 * 50 = 39ng/µl

Mais comment trouver 585?

Suis-je bête J'ai trouvé !!
Je n'avais pas fait attention au 15µl !
En multipliant par 15, on trouve 585

Merci

[Freders]

Pour voir si j'ai bien compris...
"La concentration d'une solution d'ADN est déterminé par spectroscopie UV. La valeur de DO mesurée est de 0.456. Parmi les propositions suivantes, quelle est la seule proposition fausse?

A- La longueur d'onde utilisées pour réaliser ce dosage est de 260 nm => vrai

B- Les bases azotées des nucléotides sont responsables de l'absorbance dans le spectre UV de l'ADN => vrai

C- Sachant que la DO de cette même solution mesurée à la longueur d'onde de 280nm est de 0.230, on peut considérer que cette solution n'est pas signifiquement contaminée par des protéines => je ne sais pas

D- La concentration en ADN de cette solution est de 109.65 mg/l => Faux ?

0.456 * 50ng/µl = 22.8ng/µl !

E- Après dénaturation de l'ADN par la chaleur, la DO de cette même solution mesurée à 260nm serait supérieure à 0.456 => Vrai

La réponse fausse serait donc la D, est-ce exact ?

[MaliciaR]

C- Sachant que la DO de cette même solution mesurée à la longueur d'onde de 280nm est de 0.230, on peut considérer que cette solution n'est pas signifiquement contaminée par des protéines => je ne sais pas

Qui absorbe parmi les acides aminés?

D- La concentration en ADN de cette solution est de 109.65 mg/l => Faux ?

0.456 * 50ng/µl = 22.8ng/µl !

Je n'ai pas pigé pourquoi tu as mis 0.456...

E- Après dénaturation de l'ADN par la chaleur, la DO de cette même solution mesurée à 260nm serait supérieure à 0.456 => Vrai

La réponse fausse serait donc la D, est-ce exact ?

Il se passe quoi quand on dénature l'ADN?

[Freders]

Qui absorbe parmi les acides aminés?

Justement, je ne sais pas...

Je n'ai pas pigé pourquoi tu as mis 0.456...

J'ai abordé l'exercice comme précédemment avec le 0.78.

Il se passe quoi quand on dénature l'ADN?

Les bases sont "+ espacées" ce qui permet une meilleure absorption, donc la DO diminue... la réponse est donc fausse !! MERCI

Mais alors, comment fait-on pour trouver la concentration en ADN de cette solution à 109.65 mg/l?

Merci de ton aide, c'est sympa !

[MaliciaR]

C- Sachant que la DO de cette même solution mesurée à la longueur d'onde de 280nm est de 0.230, on peut considérer que cette solution n'est pas signifiquement contaminée par des protéines => je ne sais pas

D- La concentration en ADN de cette solution est de 109.65 mg/l => Faux ?

0.456 * 50ng/µl = 22.8ng/µl !

J'ai abordé l'exercice comme précédemment avec le 0.78.

Je n'ai toujours pas pigé le pourquoi de 0.456

Justement, je ne sais pas...

Allez, Google est ton ami

Les bases sont "+ espacées" ce qui permet une meilleure absorption, donc la DO diminue... la réponse est donc fausse !! MERCI

Ce n'est pas ce que j'ai dit
Lorsqu'il y a dénaturation, il y a rupture des liaisons H, si je ne m'abuse. Maintenant, deux questions pour que tu déduises ce qui se passe avec l'absorption si dénaturation :
* les liaisons entre les bases au sein d'un brin d'ADN sont de quelle nature?
* comment est organisé le squelette de la double hélice? (ie, les bases sont-elles orientées vers l'intérieur ou vers l'extérieur de l'hélice?)

Bon, retour à la programmation pour moi

[Freders]

Qui absorbe parmi les acides aminés?

Oups, je n'avais pas réfléchi car je ne vois pas trop le rapport mais bon...
Phe : 258nm
Tyr, Trp : 280nm
Mon cerveau est mon ami

"La concentration d'une solution d'ADN est déterminé par spectroscopie UV. La valeur de DO mesurée est de 0.456. Parmi les propositions suivantes, quelle est la seule proposition fausse?

Voilà pourquoi 0.456

Lorsqu'il y a dénaturation, il y a rupture des liaisons H, si je ne m'abuse. Maintenant, deux questions pour que tu déduises ce qui se passe avec l'absorption si dénaturation :
* les liaisons entre les bases au sein d'un brin d'ADN sont de quelle nature?
* comment est organisé le squelette de la double hélice? (ie, les bases sont-elles orientées vers l'intérieur ou vers l'extérieur de l'hélice?)

Ce sont des liaisons hydrogènes.
Dans le brin d'ADN, enchainement ose-phosphate avec les bases qui n'interviennent donc pas (vers l'extérieur).
Alors que dans la double hélice, le rôle des bases est primordial (vers l'intérieur) !
Je sais que lorsque l'ADN est sous forme dénaturé, la DO est de 37ng/µl et absorbe + ! C'est l'effet hyperchrome !

Mon problème se pose + pour cette proposition :

D- La concentration en ADN de cette solution est de 109.65 mg/l

MERCI

[Freders]

Alors, quand est-il? Etant en révision, je n'ai pas énormément de temps.
Cette question me posait problème, j'attendais donc une aide pour mieux comprendre... mais maintenant je ne comprend plus rien
Ne me laisse pas tomber stp
Merci

[MaliciaR]

Je comprends que tu sois en periode de revisions, mais il ne faut pas que tu oublies que les gens participant aux forums le font par plaisir. Il est hors de question que je laisse de cote mon stage pour t'expliquer des choses. Un conseil : refais tes exos au fur et a mesure que l'annee avance. Se retrouver de la sorte bloque a quelques jours d'exam n'est pas super...

Je vais manger et je trouve un pitit moment pour la suite si quelqu'un d'autre ne l'a pas fait entre temps

Sinon, revois un peu les reponses aux questions que je t'avais posees plus haut

[Freders]

Oui je le comprends bien !

Je pense avoir répondu à tes questions...
Pour le 109.65 mg/l , on peut le multiplier par 0.456 et on tombe sur 50, qui correspond à l'absorbance de l'ADN.
Mais bon....

Merci

[MaliciaR]

Ce sont des liaisons hydrogènes.
Dans le brin d'ADN, enchainement ose-phosphate avec les bases qui n'interviennent donc pas (vers l'extérieur).
Alors que dans la double hélice, le rôle des bases est primordial (vers l'intérieur) !
Je sais que lorsque l'ADN est sous forme dénaturé, la DO est de 37ng/µl et absorbe + ! C'est l'effet hyperchrome !

Alors, dans ces quelques lignes...
Les liaisons entre les bases sont des liaisons H lorsqu'on parle d'une double helice. Or, ici, je t'ai (volontairement mal) pose la question concernant un brin d'ADN. Tu etais donc cense me corriger en me disant que les bases ne sont pas liees entre elles au sein du brin, mais plutot les liaisons se font entre les groupements phosphate et les desoxyriboses. Ainsi, on parle de liaisons phosphodiester qui ne sont pas des liaisons H.
Donc, lorsque je regarde un zoli double-brin, j'ai effectivement les bases orientees vers l'interieur. Elles absorbent comme elles peuvent. En revanche, si je denature, je n'ai plus ce double-brin, mais j'ai des fragments simple-brin. La, les bases ne sont plus "enfermees" a l'interieur du double-brin, donc elles peuvent absorber mieux. Voila pourquoi l'absorbance augmente.
L'effet hyperchrome est du justement a cette perte de la structure en double helice, la structure primaire (ie, l'enchainement des nucleotides) ne changeant pas.

Rappel : ADN : 1DO -> 50ng/µl
ADN dénaturé : 1DO -> 37ng/µl

Pour le 109.65 mg/l , on peut le multiplier par 0.456 et on tombe sur 50, qui correspond à l'absorbance de l'ADN.
Mais bon....

Merci

La premiere citation ici est ce que tu connais pour calculer la quantite de l'ADN en fonction de l'absorbance.
La 2e est ton bricolage pour tomber sur le chiffre demande
Mais la ou je ne suis pas d'accord avec toi c'est que le nombre 0.456 vient dans l'enonce E, alors que l'on te dit que tu mesures 0.230 dans l'enonce C et on te dit que la quantite d'ADN de la solution en question est 109,65 mg/l en D. Donc, pour moi, il faut faire le calcul avec les donnees de C et D, avant de prendre une donnee de E.

Hope that helps

[Freders]

Moi j'utilise l'énoncé !

La concentration d'une solution d'ADN est déterminé par spectroscopie UV. La valeur de DO mesurée est de 0.456. Parmi les propositions suivantes, quelle est la seule proposition fausse?

Je n'utilise pas les propositions car rien ne me dit qu'elles sont vraies ^^

E- Après dénaturation de l'ADN par la chaleur, la DO de cette même solution mesurée à 260nm serait supérieure à 0.456

C'est donc faux car sous forme simple brin, l'ADN absorbe + (vu que sous forme double brin la DO est de 0.456, après dénaturation, la DO diminue)

Les autres propositions sont donc bonnes!

[Freders]

Dans ce cas, peux-tu me dire comment trouver ce 109.65 mg/l autrement qu'avec mon bricolage?

[MaliciaR]

Moi j'utilise l'énoncé !

Ah autant pour moi, je l'avais saute Shame on me...

C'est donc faux car sous forme simple brin, l'ADN absorbe + (vu que sous forme double brin la DO est de 0.456, après dénaturation, la DO diminue)

Beh si le simple-brin absorbe davantage et qu'avec les calculs plus haut tu trouves que tu as une concentration d'ADN correspondant a de l'ADN natif, la DO devrait augmenter s'il y a denaturation...


Si l'on considere les choses ainsi, pour moi la seule proposition fausse est la C (je me disais depuis le debut qu'il y avait un truc qui me genait dans cet exo, mais manque de concentration ...). Parce que :
* de 1, tu n'as aucun temoin, autrement dit tu ne sais pas quelle est la DO d'un ADN significativment contamine par des proteines ni celle d'un ADN non contamine;
* de 2, parce que ton ADN peut tres bien etre bien contamine par des proteines mais qu'elles ne contiennent pas ou tres peu d'aa qui absorbent. Dans ce cas, en spectroscopie, tu ne detecteras pas grand-chose.

Bon appetit