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Déterminer l'ORF d'un gène?

  1. bonetti200

    Date d'inscription
    février 2009
    Messages
    16

    Exclamation Déterminer l'ORF d'un gène?

    bonjour,

    j'ai un problème, j'ai une séquence d'un gène et je voudrais trouver son ORF . En recherchant les ATG je trouve des dizaines de possibilités!! HELP y a t il des sequences consensus qui peuvent m'aider à l'identifier???

    merci d'avance à tous

    -----

     


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  2. Bacillus 100

    Date d'inscription
    juin 2007
    Âge
    31
    Messages
    139

    Re : déterminer l'ORF d'un gène?

    regarde sur ORFfinder tu lui entre tout simplement ta séquence et lui il te donne les différentes ORF possible avec plus ou moins de propabilités.
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html

    Si tu as une séquence génomique GENSCAN te donne une prédiction de tes exons
    http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
     

  3. bonetti200

    Date d'inscription
    février 2009
    Messages
    16

    Re : déterminer l'ORF d'un gène?

    ok merci! j'y vais de ce pas!
     

  4. Bacillus 100

    Date d'inscription
    juin 2007
    Âge
    31
    Messages
    139

    Re : déterminer l'ORF d'un gène?

    ta séquence est connus? elle est répertoriée dans les banques? donne nous plus de détails conernant ta séquence qu'on puisse essayé de mieux t'aider
     

  5. bonetti200

    Date d'inscription
    février 2009
    Messages
    16

    Re : déterminer l'ORF d'un gène?

    oui j'ai accès à sa séquence sur NCBI.
    je l'ai rentré dans genescan et le logiciel a trouvé 4 ORF probables, j'ai pris celle qui générait le fragment le plus long. ( les autres généraient un fragment de 10 pb à peu près )
    c'est vraiment bien ce logiciel, mieux que ORF finder je trouve.
    merci beaucoup
    Dernière modification par bonetti200 ; 18/03/2009 à 15h47.
     


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  6. Bacillus 100

    Date d'inscription
    juin 2007
    Âge
    31
    Messages
    139

    Re : déterminer l'ORF d'un gène?

    Fait comme même attention par rapport à ton choix tout dépend ce que tu as fait avec ta séquence si c'est un clonage si c'est le résultats d'un séquençage... tu peux avoir des surprises donc toujours rester vigilant avec la bioinformatique.

    A plus
     


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