migration des AA proline glutamine

[invitef69f87d5]

Bonjour tout le monde.
Je me demande si quelqu'un connait l'influence des acides aminés proline et glutamine sur la migration de protéine en condition dénaturante.
En effet j'ai fais migré une protéine composée de ces deux acides aminés, et au lieu d'arriver à la taille attendue de 30kDa, elle arrive à 40kDa. Je sais qu'avec les western c'est rare de trouver la taille attendue, sans parler des modifications post-traductionnelles possibles...Mais je me demande quand même si le fait qu'elle ne soit composéee que de ces deux acides aminés puissent influencer la migration.
Merci d'avance, en espérant avoir été à peu prés claire.
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[vpharmaco]

Bonjour,

Pour ma culture generale, rassures moi, ce n'est pas une proteine naturelle ??? Si c'est le cas, je veux bien que tu nous dises comment elle s'appelle parce que c'est une bete curieuse.

Sinon, pour en revenir à ta question, ton résultat ne m'étonne pas trop en fait. La migration en WB SDS PAGE a lieu du fait de l'association de SDS (chargé -) à la protéine. Habituellement, on considère que le nombre de SDS associés à une proteine est fonction uniquement de sa taille mais vu la très faible diversité d'aa contenue dans ta prot, il n'est pas choquant qu'elle ne se comporte pas de la même façon que le marqueur de taille.

Une autre hypothèse pourrait être que la présence d'un très grand nombre de prolines (aa cyclique) soit à l'origine de structures secondaires très rigides qui ne soit pas dénaturées malgré les conditions de dénaturation.

D'autres avis sont bien venus.

[invitef69f87d5]

Merci pour ta réponse, ça me donne déjà une piste de réflexion.
Pour répondre à la tienne, ce n'est qu'un domaine d'une protéine. Je fais un double-hybride avec ce domaine, et je vérifais qu'il était bien exprimé dans les levures aprés transformation.

[nowell]

Vous me dites, si je me trompe, mais je n'ai encore jamais vu deux a.a formant un oligopeptide de 30kDa. En effet, 300Da, je verrais, ce serait d'ailleurs normal.

Dans le cas d'a.a chargés on pourrait avoir des interactions avec le PAGE et donc ralentir ou limiter la migration du peptide... Mais là ce n'est même pas le cas, les aa cités ne sont pas chargés.


Pour ce qui des néoformations post trad sur les aa, aller oui, mais de là à en mettre pour une telle masse, il faut déja en caler un paquets des sucres et autres molécules...

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitef69f87d5]

ALors, il n'y a pas seulement 2 AA, mais c'est un peptide de 30kDa composés de ces deux AA.
merci pour ta réponse