PCR - hybridation de l'amorce

[Sinistro]

Salut, salut,

je me pose une question sur l'hybridation des amorces, particulièrement en pcr mais ma question reste valable en southern blot...

Dans quelle mesure une amorce se fixe à un brin d'ADN ? Si on a une seule base de différence par rapport à l'ADN, est-ce que l'amorce se fixe quand même quitte à faire une "bulle" au niveau de la paire de base qui diffère ?

ex : amorce AATTAATTAATT et brin d'ADN contenant la séquence AATTAATGAATT

Faut-il toujours une parfaite complémentation des 2 brins ? Je suppose que non quand on regarde la formation d'hétéroduplex lors de cross-over...

Merci de m'éclairer !
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[berzelius]

hey!

pour répondre court: non

reponse longue: pour une PCR "classique" il faut que les amorces soient identiques, c'est mieux pour insérer le gène si par exemple tu veux faire des vaccins, par contre pour etudier un gène on essaye parfois de le muter et par exemple on peut en échangeant une base de l'amorce introduire une mutation.

pour un bon appariement de l'amorce , il faut que les interactions soient quand même assez fortes ( je parle de liaisons faibles ...) pour une amorce "classique" il faut compter environ 18 nucléotides si tu utilise une amorce avec une mutation à l'intérieur comme celle dont tu parle il va falloir que l'amorce soit plus longue car comme les bases sont mésapariées à l'endroit de la mutation, il faut que les forces de cohésions soient assez fortes pour que le brin ne se détache pas tout seul avant le passage de la Taq polymérase

En espérant avoir été clair ^^

[Sinistro]

Bonmatin,

D'accord, c'est bien ce que je pensais : ça dépend surtout de la longueur de l'amorce.
L'appariement se passe bien dans le cas des hétéroduplex parce que tout le reste de la chaine est attaché au chromosome. Mais dans le cas des pcr, c'est impossible vu qu'on a des bases de 9/12 paires de bases.

merci pour ta réponse claire,

[berzelius]

attention j'aidit que l'on s'en sert en PCR !!!!
mais dans certaine techniques seulement... on utilise une amorce un peu plus longue ou alors on crée une amorce avec un bout flottant:

[A voir en vidéo sur Futura]

[SARAH3123]

c'est quoi une amorce à queue flottante? et pourquoi on l'utilise pas toujours