Méthode d'études AA et protéines

[inviteb875f8a1]

Bonjour bonjour,

Est-ce que quelqu'un pourrait me confirmer ou m'infirmer les méthodes d'études utilisés pour déterminer une séquence en AA (structure I) et protéines ?

Protéines :
- Chromatographie couche mince (partage)
- Chomatographie d'affinité
- Chromatographie d'exclusion
- Electrophorèse
- Electrophorèse sur acétate de cellulose
- Electrophorèse sur gel de polyacrylamide (+sds et compagnie)
- Chromatographie échangeuse d'ions
- Isoelectrofocalisation
- Ultra-centrifugation de masse et isopycnique
- Traitement par l'urée

Structure primaire :
- Chromatographie couche mince (partage)
- Chromatographie HPLC
- Chromatographie en phase gazeuse
- Electrophorèse
- Chromatographie échangeuse d'ions
- Edman
- Carboxypeptidase
- Hydrolases (trypsine, etc)

Et dernière question, peut-on considérer (ça me paraîtrait logique mais jprefrère demander) que les méthodes utilisés pour déterminer la séquence en aa sont les mêmes pour déterminer la structure primaire ?

Merci !
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[Yoyo]

SAlut

Seuls les techniques suivantes pourront te donner la séquence de ta protéine:
- Edman
et ces deux la, a condition de les coupler a une analyse en spectrometrie de masse.
- Carboxypeptidase
- Hydrolases (trypsine, etc)

Yoyo

[fabien.che]

Bonjour,

attention à ne pas mélanger techniques d'isolement des protéines et techniques de séquençage.

Par exemple, les électrophorèses, l'isoélectrofocalisation sont des techniques d'isolement (on peut même combiner les deux : SDS-PAGE 2D).

Pour séquencer une protéine il faut bien sûr l'isoler et la purifier avant, mais ce sont pas des techniques de séquençage proprement dites.

Concernant le séquençage stricto sensu :

Les hydrolases permettent seulement de fractionner ta protéine en peptides.

Ces peptides peuvent ensuite être séquencés par spectrométrie de masse (http://www.icsn.cnrs-gif.fr/article.php3?id_article=93) ou encore par la méthode historique (et de référence) d'Edman (http://ead.univ-angers.fr/~jaspard/P...etermSeqAA.htm), qui a le désavantage d'être laborieuse.

Concernant ta dernière question, quelle différence fais-tu entre séquence d'AA et structure primaire ?

[inviteb875f8a1]

Structure primaire, c'est pour moi l'enchaînement des AA liés entre eux par liaisons peptidiques (=amides).
Merci à vous deux, j'ai en effectivement confondu isolement et séquencage.

Donc si on parle de séquençage, on a vu edman, carboxy et hydrolases. OK
Par contre si on parle cette fois d'isolement, est-ce que cette liste est correcte :

Isolement protéines :
- Chromatographie couche mince (partage)
- Chomatographie d'affinité
- Chromatographie d'exclusion
- Electrophorèse
- Electrophorèse sur acétate de cellulose
- Electrophorèse sur gel de polyacrylamide (+sds et compagnie)
- Chromatographie échangeuse d'ions
- Isoelectrofocalisation
- Ultra-centrifugation de masse et isopycnique
- Traitement par l'urée

Isolement AA
- Chromatographie couche mince (partage)
- Chromatographie HPLC
- Chromatographie en phase gazeuse
- Electrophorèse
- Chromatographie échangeuse d'ions

Merci

[A voir en vidéo sur Futura]

[fabien.che]

Je comprends mieux ta question, tu te demandes comment on fait pour remettre les AA dans l'ordre ?

En fait, grâce aux hydrolases par exemple, dont tu connais les sites de coupures, tu vas pouvoir générer différents peptides à partir de la même protéine. Après le séquençage de ces différents peptides, tu vas pouvoir recouper les informations car certains peptides vont se "chevaucher". Tu obtiendras ainsi ta séquence primaire.

Concernant la liste des techniques pour l'isolement et en particulier pour les chromatographies, tu trouveras toutes les réponses et même plus ici : http://ead.univ-angers.fr/~jaspard/Page2/COURS/6CoursDEUST/CHROMATOGRAPHIE/1Chromatographie.htm#1.%20Desc ription.

Je ne crois pas que l'électrophorèse soit une méthode suffisante pour isoler des AA, c'est même limite concernant les protéines.

Ultra-centrifugation de masse et isopycnique : connait pas, désolé.

En espérant t'avoir été utile.

[inviteb875f8a1]

Merci bien, jpense avoir imprimé ça. ^^
J'en profite pour poser une autre question.
Est-ce que deux cystéines adjacentes sur une chaine d'AA sont reliées entre-elles par un pont disulfure ou juste une liaison peptidique ?

[Flyingbike]

non, deux cistéines adjacentes sont reliees par une liaison peptidique, comme tous les aa adjacents.

[fabien.che]

Les ponts disulfures s'établissent entre les chaînes latérales des cystéines.

[inviteb875f8a1]

Merci à vous deux.