Différences entre les types de Taq ?

[invite4efaad31]

Bonjour à tous,

Quelle est la différence entre les types de Taq (qo tag, biotools, bioline...). Donnent t-elles les mêmes résultats? si non quelle est la bonne pour faire une commande, sachant quelle est destinée pour une PCR d'un ADN de dermatophyte (champignon filamenteux). une autre question SVP comment je peux interpréter le gel d'électrophorèse losque la PCR n'a pas marcher? c a dire quant je dis qu'il s'agit d'un excès d'amorces ou d'ADN ou mgcl2?
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[invite1f0474b9]

Concernant les taqs,

Les différences de ces enzymes résultent d'un point de vue

- efficacité (à chaque cycle de PCR, ta quantité d'ADN est multipliée par 1+E ou en théorie E=1)
- fidélité de réplication (estimation du nombre d'erreur par million de paire de base)
- de la notoriété de la compagnie (certaines compagnies ont une bonne image de marque et le font payer sur leurs produits)

Concernant laquelle est la meilleure, tout dépend du but de ta PCR.
Si tu génotype des champignons, la qualité de la taq est peu importante vu que tu cherches à savoir si un gène est exprimé ou non.
Si tu amplifie un vecteur, il faut privilégier une taq qui engendre peu d'erreurs de copie (mutations) dans le but de garder le plus de vecteur originaux.

Concernant ta PCR qui n'a pas marchée, je ne vois pas personnellement de façon de l'interpréter. Tu dois la recommencer. As tu inclus un contrôle positif? As tu vérifié dans la notice de ton kit pour PCR que tu respectais les concentrations recommendées?

[kamor]

L'efficacité va aussi dépendre de la qualité de l'ADN, du cycle utilisé, s'il est bien optimisé, des quantités d'ions mises, etc.

Tu peux aussi avoir une différence de rapidité de la Taq, certaines ont été retravaillées pour amplifier plus vite.

[invite4efaad31]

Concernant les taqs,

Les différences de ces enzymes résultent d'un point de vue

- efficacité (à chaque cycle de PCR, ta quantité d'ADN est multipliée par 1+E ou en théorie E=1)
- fidélité de réplication (estimation du nombre d'erreur par million de paire de base)
- de la notoriété de la compagnie (certaines compagnies ont une bonne image de marque et le font payer sur leurs produits)

Concernant laquelle est la meilleure, tout dépend du but de ta PCR.
Si tu génotype des champignons, la qualité de la taq est peu importante vu que tu cherches à savoir si un gène est exprimé ou non.
Si tu amplifie un vecteur, il faut privilégier une taq qui engendre peu d'erreurs de copie (mutations) dans le but de garder le plus de vecteur originaux.

Concernant ta PCR qui n'a pas marchée, je ne vois pas personnellement de façon de l'interpréter. Tu dois la recommencer. As tu inclus un contrôle positif? As tu vérifié dans la notice de ton kit pour PCR que tu respectais les concentrations recommendées?

Merci Nicolas et Kamor,
Vos réponses m'ont clarifié certaines ambiguïtés.
Je dois refaire la PCR, Merci.

[A voir en vidéo sur Futura]

[kamor]

Concernant ta question sur le MgCl2, la concentration est en relation avec le Tm et la force de liaison entre les différentes molécules d'ADN présentes dans ton tube.
Donc il faut faire des tests, avec plusieurs quantités de MgCl2 pour trouver la plus favorable.